BtaINT0046179 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000023549 | CYP2C19
Description
Bos taurus cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 19 (CYP2C19), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001109792]
Coordinates
chr26:16339067-16361975:-
Coord C1 exon
chr26:16361788-16361975
Coord A exon
chr26:16339209-16361787
Coord C2 exon
chr26:16339067-16339208
Length
22579 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TGTGTTTTTCCTTATCTCAGGGC
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAAGTTCAGGAAGAAATTGATCGTGTGGTTGGCAGAAACCGAAGCCCCTGCATGCAGGACAAGAGCTGCATGCCCTACACAGATGCTGTGCTGCATGAGATCCAGAGATACATTGACCTTGTCCCCAGCAGTATGCCCCATGCAGCAACTCAGGATGTTAAGTTCAGAGAATACCTCATTCCCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000023549:ENSBTAT00000032167:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]