BtaINT0046412 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008329 | CYTIP
Description
Bos taurus cytohesin 1 interacting protein (CYTIP), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102243]
Coordinates
chr2:38682030-38690785:+
Coord C1 exon
chr2:38682030-38682244
Coord A exon
chr2:38682245-38690735
Coord C2 exon
chr2:38690736-38690785
Length
8491 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TGTGTACTTTTATTTTTCAGCTT
3' ss Score
9.95
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCAACCATGTGCTAGCTGGAGTTATCTTTACTCACAATGTCTTTACAAAAGCTCAGGAAACAGAACAGCAATGGCAATTTCATGGAGTACTGCGCTGGTCCAGGGCATAGCTCTTACTCCACACTCACAGGCAGTTTTACCGTGGATGATGATAATAGAAGGCTTCAAATGCTGGCAGATACTGTGGCTACTTTGCCTCGGGGAAGAAAGCAG
Seq A exon
GTATGAGTGCTATTTTTTACCTTTTACAGTGTTCTTGTTCTCTTGAGAGCAGAGTGATATGTTTGTCTGACTGCATGTTAAAAATGTTATTTCAGATCCTTTGAAATTAGTGGCTCAGAGTATGGGTAAAGAGAGAGGCAAGGAGCCCAGAGAACTCACACTCTAGTCATTAAGTCTTAAGATTTAAGACCATAAGAAGACATTTTTAAGCAAAACCTGAAAGAAGATTATTTTCTCACTACAAGAGGTATTCTGATGAATTAAAAATCATTAAGCATATCAACTTGAAGATGGTGTGTATTGTAGGCACAACCAGTTTGAGAATTATTGTTCCTTTTTCTTGTATGTCTCCCATTGAGTCCTTCCCTCCCAGACTCTCTCCCAGTCTCTAATAGTCATGTCAATTCATAATCCAAGGCGAATACATTATTTTTTAGTGTAAGTTTTGTTGACAAAATTATCTTTAGTTCTGAGCACTGGCATGTACCTCACACTATTGGGAATTAAGACTTTTATTGGATAAATGAGTGCAAGATCTGCCACTTAGTAGCTGTGGAACCTTGAGTAAGTCATTTTTCTTCTCTAAGATTCAGTTTGCTTTTTTTCTGAAATGAAGATAGTAATAGAACCATCCTGTGGAGCTCTTCTGTGGTGTAAGTGAAGAAATGCACAGTGTTTAATAGAATGACTGATACGTAGTATGTGCTAAATAACTCAGTAATTATGTTATTATTTTAATTGTGATTGCAAAGTATTTCCCTAGAGAGGAAAACTCATTTGGGAAAATCCATGTCCAGCTGGATTTATTGCAAGTTTTTTTCAATTTCCAACTTGTAAAAAAGAATTAAACCAAAAAATCTCTTTAGATTTTGGTTAGTTAGCTTGCTATAATGCTCCACGTACACATCTGAATACAAAATATTTAGAATTTTTTTAAAGCATGAAGTTTTCCCTTAAATCTTGCATGCACATTGTATGTTCCTCTTAAGCCTTCTAATTTCAGGATTACAGAGTTATAGCATAGTGGAAGAGTCATGATCTTTTTTCAGGGATGCACATAGCTGATTCTTTGGTATGTTTCAAAAGAGATAAGGGAATAATTTGTTCTGGTTTGGATGATTGATCTTTTTCAATTCCAAAGTGCCTTTATGACATTAAGTTTAATAAAAAACATTCCTATCGAGTTACTGTCTGAAAATAAAGCCCCTGTGGGAAGTACCAAAACCTTTATTCACTTTTCAGGTGTATAGCAGTGTTGGGTGTATAAAGATGAGAAGGAAAATTTCCTGGCCTTATAGGGTTTACGATTGAGTAGACAGAACAAGTAGGTGTTATACAATATAAAGTAACATACATGCTCTAACCCAAGTACATGTCTGAATACAACCTTCAAGGATAGATATACTGGATATTGATGGGTATTCCAGAGCAAAGGAATAATTAAAATGCTGAGGTACAGATCTTGGGGCCCTTAGGGCAGTTTAAGTAACAGTACATCACTGTGTTAGGTGGACCCGATAAGTGTCTGTGTGGGAGAGGAGGGGAGACTTCAGAGCTGGGCTGCTTTTCATAAGACTTGGACACTTACCCCGAGGAAGTAGTAATCTGACCAGCACACAGGGAACCAACTGAGCATGACTGAATACAAGGTTTTCAGTCTAAGGTTCAGTCCAGAACCTTACTGTGGAAACTTGCTTGTTGGTAAGTGAGTAGAGACTAGTGGTGCGGGAGCAATTTTTGCAGTAGTTGGAGAAAGAGGAACTGAAGGAATGGAGAAGAGACACAAAGACTTGGCTGTGAAAAGCAGTGAAGAAGAGGGAGCCACATTTGGTTTTAAGTCTGAGTAAAGAAAGCATGAACTGCAAAGAAGCAATCAGGGAGGTTATGGGAGAAGATGAGAATGATTTAGGTATATGAGATACAGATGTGGTGTGTGTGTGTGTGTAATCTGAATATCTATGTACACATACACACACACTTCCTCACCAATTATTTTATTTATATGTTCACATCTTTTGTAGGTCCTTTCTTCTCCCTTTCCTCTTATTCTTTCCTGTGGTGAGACTCCTCCTATTTAGATGGCTTTTTGTTACCATTGTGAAATTTACTTAAGGAAAATAAAAAGCAAAACAAAGCATTTGTATATGATATATTTAATTCTGTACAATTATCATCAATGAGACTTGATGCAAGTTTATTCCAACCGTTTAGAATTTTCCAAATGGATGTTCATTTCCTTTAACTGGTCTTTAGAGAATAACTCTTCATTTGGCACTGACTGCATTGCAGGCAACGAGATCCCTGTGAAGCAATCCCACAGCAGGTGTTTTCTGCCCACTGTTATTTTCAACCCTTTCAGTGCTGACGTCAACAATTCATACTTCTTGTTATCGTTGGCTCTGGTTTCTGCAAAGCTGTATCTGGTTAGCCCGTAGTTTCAGATTAATCTTCAGAATCATTGGGGTGTTTGCACTCAACATTATTTAAAAATAGATTTCTCTGTGTTTATATTATCTCAATGCCTGTATTTGTAGGAGGTGACATACTCCCAGTGCGGTCTCCTACTTTTGAACACAGTTTTAGGGAAAAAAAATCCCTGCAATGGAAAATGCTGTAGGAAGGAGATGGTATGAAGTAAGGTTATCTTGATGAATGTTGTGATACTGAGAGTAGCCATAGGCCTTACACCCATTTCCTCAAGGGCAGTAGGTCACCCTTGGAAAGCAGTTTTCACTGAATGCTATAGAGAAAAACTGACAAACAGAGGGGAAGACTGAATCTGCATTCGTGGAACCACAAACTGCTTCTCTTTGTTTGCTTTTCTTTGGTTATCAAATTATTACTAAATGGACAACTTCTGGAAGGGTGATTTCAGTTATAAGTCAGATATAGAATATTGTGCTGACTTTGTATGTATTTTTGAGATGGGTTCTGCCCTTCAGGAGCTTTTATTTTATTTCTGGCCACACACTCATCTGTCACCAAAATTCCTAAGTGTTCTTGATGACAACAAGATATTTTGATCATTTAATGAATACTTTTAGTAGAAAACTGTTAACTTCATCACAAAAGAATTTGATAAGTATTCTCTAATCCATATTGTAGTGCGCTTAGAGAATATATCCAAAAATTTTTCTTGAAAGAGATTCATGAGCCCACAATAAGATTTTCTTGAGAAGCTGCAAAGTTGTACAGTATTTACATTCCGCAAGAGCACTTACAGTTAAGAAATTGAGTTCAGCTCCATTATTTTGTTAGTCTTAAAATATTTCTGCAGAGCCATGTTATTCTAAGCTTCCTGACTCGAAAAGGGGAAAAACCTGTATTCATGGAAGAATTGGGAGAATGAGGTAGGGTACTGGAAAGGGAGCAGAACACATAATTTGTGGACTTCTGAAACAAACAACAAAAATATCTCATCTGTGAATAGGTATCTGCCCCTTCCCCCACTCATGACACTTTCAGGAAATGAGTACACAGTGGGGAGAGGAAGTAGCAGGCTGTTACTTAGCAGCAGAAGTACCTACAGTATGAACCTACAAGCTCCTCTACAGGGCTGAATATCTGGCTCTGCTACAGAGTATTCCTATTTTTTGCAAACTGACTGTTGAAATATTTGGTATTTGTTTCCCACTAAAGAGGGACCTTGTGAATCATCTCATAGCAGCAAAAACTACGTTACATTTTTTGGTAAGCTTTTAAATCACCTGACTAAAAACCCAAGAGTGGGATCCTCAGCCCAAACCCCAGGCATCTTTATATTAGAAGCTGAAAAAAAGTGAAAGCGTTAGTTGCTCAGTCATGTCCGACTATTTGTGACCCCATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGAAATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTAGCCATTCCCTTCTCCAGAGGATCTTCCCACCCCAGGGATCAGAAGCTAGCAAGGGGTTAAGGAGCTTTGTCTTCTCAGGAGACATAATTGAATGTGTAGTTTGCAGCCCTGCCAAATTGCTAAACCTAGATTTCTCATATTAGATAATGTGTAATAAAAGACAGCTGTTGCCAGCATATGCTGTTTGTTGCATACCAGTTCCTCATTCAAGAGTTTTGGTGTCATCCCTCCAGCCCCGAGAAAAGACTCCGGTTGGGAGGGCAGTCTAGGGAGCAGAGACTCCACTGGTCAGATTCTAAAAGAAGGCTGCTCACTCCAGGGAGAGGGCTGCAGACAAAACTTGTTCTAAAATGTAAAATCTTTGATAAGACTTCAGACATACTTCTTTTCACTTAGACAGATAGTTTGGTTGAACCCTAAGAACATTCTTTTGGTTGAACCCTAAGAACATTCCACATTGCCTGAGTCTGAGAGTTCAGATCAAAAACAAGTAGGTACTGTGTCTGGATGTGGCATGTGTCAGAGAATTTGATGGTTTTAATTTAAATGTTAGGTGCCTATGACAGGCTCATTGCTGATCCAGAGTGGAAACTAATTTATAATTTGATTTAGTTTGAGTTTTTTCTTTTTCTCACTGAACCCAAGTCAGTCCACAAGAACTGAGTTTCTGCTCTGCATCTCATGCTGTGCTAGGTAGAAATTTCCATTTTAATCTAATTAGCTAGAGTAGAAAGGTTAGCCCAAGAGAGGTGGGGAAATTTCCTTTTCTACAGAGGTCTTGGATTTGTCTTGTGGACTTAATTTTGTATTTGAATCTATCTAGAATGATTTTTTTGATTTAGAAGGCAGGTTAATGGAGGATGAGATGAAATCTTGAGATTCTCATCAATGCTATGATTATTTGCTTAGCAAAGGTGTATTTAAAATTGGTGAGGAAAAAGTCTCGAAACTTTAAGAATTCATTAATTCCTGCTAAATGAATGAAAATGAACTATTCATTCATTTAGCAGTTGTGTATTTAATGTTAAGTGCCTATGACAGGCACATTGCTGATCCAGAGTGGGAACTAATTCATAATTTGATTTAGTCTGACTTTTTTCTTTGTTTCACT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Seq C2 exon
CTTGCTCTGACAAGGTCAAGTTCTGTAGGTGACTTTTCCTGGTCTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008329:ENSBTAT00000010968:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]