BtaINT0050285 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013078 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr4:30661824-30670626:+
Coord C1 exon
chr4:30661824-30661970
Coord A exon
chr4:30661971-30670512
Coord C2 exon
chr4:30670513-30670626
Length
8542 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGG
5' ss Score
6.23
3' ss Seq
GCTTTTTCTTCTTTGATTAGGTG
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGGAGAGCTGAAAGCCAGACTTGCCTCTCAAGAAGCTGAGTTACAACTGAGAAATCAGGATGCTGAAGCTCTGATCGCAAAGATGGGGCTTCAGACAGAGAAACTGAGCCGGGAAAAGGCCATCGCCGACGCCGAGGAGCGAAAG
Seq A exon
GTCAGGCTAATTCCACCCTTTGGAGTGCAGAGCTATATTTAGCACAAAATAAACCTTTGTAGGTGAACAATTTTGAACAACTTCCCCTCCAGGGAGCGTAAAATCTAAAGAATTATGATAGTTACACATGTAACAGCATTTCACACCATGATTACCACTTGACCTTTCTTTACATTATGAATTTTCCCACCCTTTTAGCTCTTTTAATGACACAAAAGAACAATAAATACTGAGCTCATTCAAGCATATAATGGATGTGGATTTTGAACATCAGGCCTATTTGTAATACAGTAAAGGTCATGAAGTCACCGCAGAGGTTTCTAAAGGTTTTCAGTTTTTAGGCAAATTGAACAACTCAATTGTTAACAAAGCCCATTCCGTCACTCTGCAAGATGGTTTTCAAATTTTGCATTTTAATAATACAACTTGAGGTTATTATTATATCCCAAGCTAAATTTGTCCTTTTCGAGTCCGTGGAGGCCCTGGCATTCTGTATTATGTTTTATTGTTGGAAACAGTTACTTTTAAGATTATATAGATTGGCTTTCTTTGTACTTAGGTTTCCAGTAATTCTGAAATAAATATAACTTATTTTGTCATCTTCTCTTACTGAAACTTCAGCAGCAAGTAGAACGTACTTCATTTTTGTATATCTCACTTCCCAAGAGAAACAGAATGATTACTAAATGTTTAGTAAATAGCAAACAGAATAATTAGCAATTAGTAAAAAGCAAACAGAATGATTAGTAAATATCTTTAAAAAACTGAATGAATGTATATGTGCAAGTTCTATTTTAAACAAAAGATTATAATCAAGGCTTTCTGACTCTTTGTGACCCCATGGACTATATAGACCATGGACTTCTCCAGGCCAGAACACTGGAGTGGGTGGCCTTTCCCTTCTCCAGGTTATCGACTCAATCCATGTATCGAACCCATGTCTCCCATATTGTAGGCTGATTCTTTACCAGCTGAGCCACCAGGGAACCCCAAGAAAACTGGAGTGGGTAGCCTATCCCTTCTCCAGTAAATCTTCCTGACCCAGGAATCAAATCAGGATCTCCTGCTTTGCAGAAGGATTCTTTACCAGCTGAGCTACCAGGGAAGGCCTAAAATCAAGGCTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGTCGCTTCAGTCATGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACTAGGCTCCTCTGTCCCTGGGCTTAGTTAATACAAAATATAAATTATGAATACTCATAGAGCCAGTGATTCTGTCACCATTATGCTATTATTCTGCATTAATCATAGCAGAAAATATTTGAGTTTTTCCAGTGATGTTACCATTCATTCGTAGACAGATGAACTGTTTTCCTTTTGTTCTAATGTGCATTCAGCATATCTGCCTTTAACTTGCACACTAAAGACTTGAAAAGTGTATAGAATTTTTTTTTTTTTAACTTATTTTTGAAGTTAAAGATAAGGCATGTTTGGCTTGGCCAATAAGCATATAATTCCTAATTCTGGTAATAAATATTTCCATTGAGTTTCAGATAAGTGGAGGATATCTTTAAAGGTATATGTTTATATACGTTTAAAGTAACTGGGTATCACACATGGTGTGATGATCATAAGCTGATTTCACCCAGGGGTATTTTTCAGGCACTAACAAATATGTGATGTTCCAGTAGGTACTACTTCATAACTCATGCCCCCCTCCAGGAGATTTTGCAGACCCAGGTATCAAACCCACCTCCCTTATGTCTCCTGCATTGGTGGGCATGTTCTTTACCACTAGTACCACCTGGGAAGCCAAAATCCATTTTTACAGATCTTAAACTATAACAAGTACTGTGGAGGTCTTTTTACATTTTTGCACATGAATTTCTAAGGCAAAATTTTCCTCACAACGAGGGGTAAATGTTTTAGCAAATTAGAACTCATCTGACAGGTTGTTTCATGAAGTTCTTCAGACATGGAAAAGATACATGCTATTTTTAAATATCTGATCCATACCAAAAGTAAGAATACTTCAAAATATTTTCATTTTATTCATGAGGCTCAATTAAAAATAAATTTAAATAAATTTAAAATGTCACAAATGCCATTAATATTAAAAAAAAATTAACAAATATTGTCTGAGCACCAATGTGTTTTTTTTTTTTTGGCCTGGAACTTTTCTAGGCTCTTAAAGATATATAATAGGCAGGGTTCCTGCATGTTGCTTACATTGTAATGGGAAAGATAGGAGATGAGTGACAGTGTTGATAGACAAGATATTTTATGCTAATGAGAAGGGCTATGATGAAAGTCAAATAGATGCAATAGTGGAAAAAACTATTTTAAATTGCTTATGGAAGAAAGGTCTATTTGTAATTAAATTATGTAGAGTCAGGTATTAATCAAATATATGCCGTGAGCTCACATTGGTTATATGCACAGCAACATACTAGATTCTATGTGGTTCTTATAAAGGGGTGTATATGAACTCTTTGATTCCATGAAATTGAAGTCTCAAGGTTTAATACATAAGAAGTACTTTAAAAGTAACAAAAGCACATTGCAAGATGTAATATGGCTAAACAAATATTGGAGTTGGAAGACCGTCTTCCTGAACATCTTGACAATCCATATAGAGAAGCCAGTTGAAATTGTTGCTTCAAATGTGTAAGATCATCAAGGATTATTCAGATCACAGGTGTTGCTAGCAGTGACTTCAAATAACAGAAGTACCATTAAGCTTGTGAAAATCAGATCTTCCGTCTTTGATGTATCAGCTTCAGGTTCTAAGAATCCTCTGATCCCTTTGAAATTGCCTTCTTTGTTGAGTGTAAGCCTCATGAGTGAGAATGCCTTCCATATTGCAGAGCTCGTATAATCTCTTGGAAAGATAAACGTCCTCCCTGATTTTGAATGGTCTTCAGGTTTTTAATGTTTCTTTTCTAAAGATGGATGGGATTGAATTTTGGAGGACCATCAGGAATTTCTTATAGTCTAAATGTAAGGGAGAGTCATGTATTTGTTAACTGGAGCTGCCATAACAAAATATCACAGACTAGGAGGCTTAAACAATGTTGTTCAGTTGCTCAGTCATGTCAGACTCTTTGCAACCCCATGATATGCAGCACGCCAGGCTTCCCTGTCTTTCACCATCACCATCTCCCAGAGCTTGCTCAAACTCATGTCTGTTGAGTCAGTGATGCCATCCAAGCATCTTGTCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTCCTGCCTTCAGTCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCTAATGATTCCACTCTTTTCATCAGGTGGCCACAGGTGAAGTGTTGAAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAATACTCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATTGGCTGGTTTGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGGCTCTCAAGAATCTTCTCCACTCCAACGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAACACTCAGCCTTCTTTATGGTCCAACTCTCACGTCTGTACATGGCTACTGGAAAAACCATAGCTTTGACTAGATGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTTAATACACTGTCTAGGTTTGTCATAGTTTTTCTTTCGAGGAGCAAGTGTCTTTTAATTCTATGGCTGCAGTCACTGTACACAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATAAAGTCTGTCACTGTTTCCATTGTTTCCCCATCTGTTCGCCATGAAGTGACGGCACTGGATCCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGTTTTAAGCCAACTTTTTCATTCTCCTCTTTTACCTTCTCTGGAGGCTCTCTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCAGCATATCTGAGGTTATTGATATTCCTCCCAGCAGTCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCATCTAGCCCAGCATTTTGCATGACGTACTCTGCCTGTAGGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACATACTCCTTTTCCAATTGTGAACCAGTCCATTTTTCCATGTCCTTTTCTACCTATTGCTTAAAACTGGCTTAAACAGTAGAGATTTATTTTCTCAGAGTTCTGGAGTCTGGTAGTCCCAGGTCAAGCTGTTGGCGGCTTTGGTTTCTCCCGAGGCCTCTCTCCACTGGGTCTGCAGACAGCCACCTTCCCACTTGTCCTCACAAGTTTCTCCTCAGTTCACACACCCTTGCCGACTCATGTGTGTGACTAGATTTCCTCCTGTTACAGAGACACTAGTCAGATTGGATTAAGCCTCACCCTAACAGGCTTAGTTTAATTTAACCATTCTTTAAAGGCTCTCTCTGTAAACACAGTGACATTCAGAGGTCCTGGGTGTAAGGCTTCAACCTGAGAATTTTGAATGGACACAGTTCAGCCCAATACAAGCAGTTATTGTGACTTTATCCTCTTGTGACCACCACTAAATTTCATGAGCCATCTGCAAGGAGCTTTTGACGAGTAGAGGGCAGGAGGAGTCTGATGTTCCCATGAATGGGGCTGTCTTCAAATCCGTTTTAATAGACGATAGTAAAGAGAAAGCACACACTCTAAGCTTCCCTGCAGCTCTTCCACCTTCCCCAGGTTGGGCCTCGTTAACCAGTCCCCAGGAGCCTTGTGGGAGGGAGGCAGAGAAAAAGTGCACAGTCAGGCTTACCAAGTCACCGTGATACACAGCAGGTTCACAGCTCCGGTAAGGCTGCGCTTAGGGTGAGAGGCATTGGGAATGAGAAGTCAGTTGACCAGCCTGCAGTATTTTTTTCATTGGCATTTGTGGGGTTTAGTTGTTAAATGTTCTAAATTGCCCTGTCTATCAGATTACCCAAAGGGATAAAACTCCATTAACAGTAAAGGAAGAGAGAGTAGTATGTACGACCCCAGTCTTGTTGAAATAGCATTTAGGAGAAATATTCCCTAGGGTTTCTTCTAAATATTAAAAATCTATGATCCCACGTCCAGTTTTAAGCCAGAAAGAAAAACACCAATACA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Seq C2 exon
GTGACAGCCATTCAGACTGAAGTGTCCCAGAAACAGAGGGAGTGTGAGGCAGACTTACTGAAAGCTGAGCCCGCGCTGGTGGCTGCGACAGCTGCCCTCAATACACTCAACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013078:ENSBTAT00000061103:57
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.092 A=NA C2=0.158
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127772=MT=FE(13.9=100)
A:
NA
C2:
PF127772=MT=FE(10.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]