BtaINT0050607 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021972 | DNAH5
Description
dynein, axonemal, heavy chain 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2950]
Coordinates
chr20:59493914-59508003:+
Coord C1 exon
chr20:59493914-59494096
Coord A exon
chr20:59494097-59507759
Coord C2 exon
chr20:59507760-59508003
Length
13663 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
ATATTTATGCAAATTAACAGGAA
3' ss Score
4.45
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021972:ENSBTAT00000061278:65
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.146
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127812=AAA_9=FE(26.0=100)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PD(25.1=70.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]