DreINT0058128 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087373 | dnah5
Description
dynein, axonemal, heavy chain 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110411-177]
Coordinates
chr16:9324829-9333385:+
Coord C1 exon
chr16:9324829-9325011
Coord A exon
chr16:9325012-9333141
Coord C2 exon
chr16:9333142-9333385
Length
8130 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CATATGCTTTGGATTGTCAGGAA
3' ss Score
3.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAATCGGGGATAAAGAAGTGGACGTAATGAAGGGCTTCCGTCTCTATGTGACCACTAAGCTGCCCAACCCTGCTTACACTCCTGAGATCAGTGCACGGACATCCATTATTGACTTTACAGTGACGATGAGGGGCCTGGAAGATCAGCTACTGGGCAGAGTTATTCTCACTGAGAAACAG
Seq A exon
GTACGTGCTCTTTAAAAGTGGTGGAGGAATTGATGAATGATCAATATCTGGATTGGAACGCACTGTTATATGAGCAATATCACATGTGTAGCAGTGGGATGTGGCTGTATATCGGCACTGGTGGGAGCCGTACGTTGGTACAAGGCCACAGGCTGAGTACCTTAGGCACCGTTTACACTGCCAGTTAAATGTGACCCAATTTCGATTTTTTGTTCGTGTGACACAGATCAGATCTGTTCTATGACTGTGTAAACATGAAAAAATTCTGATTGGTTTCAGGCCTCCTTCATATGTGGAAATAAATCAGATATAAATCAGATATGTGACAATGCGACTATCATGAACACAGGCAGATCATTTATAGAATATTTATAGAATAATATAGAATTATTGAGGCATTCTGTTTTGTACATCATTAAACTTGCAACAATGTGGTACTTCTCCATGGTTTAATGACGTAGAAGGAAGAGTGTGTTTGGAGACATCGACACGGTAAACAACAACAGCAGAGGAACATGGGCAAACTTTGACAGCATATTAAATGTTGGTTTGCTCATCCTAAAATTTCGGACCCACCACTTCTCATTAAATACTCCCAAAAAAATCATCGAAATGGTGGAGGACAACATATATAAACCATATGGCAAAGCTGCAAAGATGGCCCTTTCCCTCCTCCTCAACCTCAAAATCATTTTAAAGTTGGGCAAACTTCGCAAAAAAGCTTTGCTAAAAGCAAAACGATTTCTTTCATTGTGGCTAGCGTGGCTCAAATGCTATAACCCGCCTTTATGCATGTGCAACGTCGTAAATTGTATGGCAAGTGTAAACACATGAATCGGACATGGTTCACAGTTAAATGAATGTGTAAACAGACAGAAAAAAAAACAGATAGGCAACAGATTGGAATTGGGCATCAAAACCTGACAGTGTAAAGGTGACCTTAGTGTCCCACAAGTGACGATATACCGCTATATCGCACTGCTACGAGTGTGATATTGTGTTTATACAAGAGGTTGATGGTATAATCGTGTGCATAAAAAAAGAAAATCAAACACAGAAAGTTAAAAAACCCTTTTGTATAAGGAACTACTTTCTTCCGCTGTCAATACACATCTAGAGCTGCTTCATCTAGAGCTACTTCACAAACATCACTTTAGAAATAGTATTTGAATGATTCTCCTGTATTATGTAAGGTTTTGTAGACAAAACAGATGATTTTGCTGAATTTTGGAATTATAAGGCTGAACTGCATGAAATGCCTTCAGTCTACATAGATCTTCCAGTATTTCTCAGTAAAAAGTTACCACCAAAGCAAAGCAATCGCTGCAAAATTACTATGGCATAAATACATTCATTCATTTTCTTATCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCAGGGTCACCACAGCTGAATGAACCGCCAACTTACCCAGCATGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCACAACCCATCTCTGGGAAACCTCCACACACACACATACACACACACTCATACACTATGGACAATTTAGAAATTAAATATGAAATTTATTTATTGATCAATTACATTTAGCATACAACAATATAAATACCAGTAATCAGTCAAAAGAATGACAACCGAGTTTTCATTCAGCATTAAGCTAAACTTATCATTGCAGTCAAATCTGTTTGCTCTGGAGTAAATAACCGAGGACTGTGACCAAAATATTGCCTGCCTTACAGCAGACTAAAATAAAGACACCCACCATACTTTTAATTAGTAACCGTCAGAGGAGTGCTCGTAATGTGCAATGTCAATATTATCAATAAACTGCGTAGTTGCAATCTAGACAACTACATTTTCGACTAAAAGAGCCTCAAAAGTACATTATGTTGTCCAACAGCTGCAATATTTGTCAAACTGTGGAGAGATTTGTTTAGCCTTCTTGATGTCGCTGGTGTGAGCGGAGTAATACACAGGGGTGAAGAGGCTGTCGTAGTGCTGATATTACTTTAATTTCTCACGGCTATCAGCCAATAAGATTCAAAAACCAGACAGAACTGTTCTATAACAATCTATATAGGTTGGCCTTTGAATATTAAAGGGATAGTTCACTTAAAATGAAAATTCTGTCAATATTTCCTCCCACTTAACTTGTTCCAAACCAGTTAGAGTTTATTGGGGGATGTTCTGTTTAACACAAAAGAAGAAACCGGTAACCATTGACATCTCAAGTAAGAAAAGAAAATATGTAAGAAGTGGTTACCTAAAAATGTAAAAATGTTAGTCAGTGGTTATATGTATGAAAGATTCTTCAATATATCAACAGAACAAAAAAAACTTGTCTGGATCAAGTCAAGAGTGAGTAAATCATGACAGATTTTTCATTATTGTGTATTACAAAAACACAGTAGTGTGTGCTTTTAGCTTAAGCCATAAATAAATCCCAGAAACATGTTTCTGTTGCAGAGCAAACACAAGGGAGTAGCGCTTCTAGTATTCTTGGGTCACTGGACAAAGAGTGTGAATTGCAAATCTTTGTACTACAGTATTGGAGACTTAAGGGTTTTATCTTGTTTTTTCTTCTTTCTTAGCACTGCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTTGTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGATTGATTCTTTATCATTGAATCAATTACATCATTACTGGTTTTAGGCCGGCATGGTGGCTCAATGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGTTGGTAATGTTTAAAGTCTCATTTTCTTGGTTCGAGCAAAAATCTGTATGATCTATACACTTTTACATTTTGATATCAGATGTCTTACCTTCAATGCAGACAACAGAAAACTGCTGTAGTCACAGTCTAGCCATATCTGTAGTGAATATACAGCTGACAGGGTGAGTTCTCTATGGCGAGTTCTGTGTAGGCAAAAGTAACGATACACTATGTGGAGTGAAACCGGACACTGCGTGACTTGTGAAAAGGGTCGTAGTGTATGAGTGTGTATGGGTGTATCCCAGTACTGGTTTGTTGCTGGAAGGGCATGTGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGTTGGTTCATTCCGCTGTGACGCTCTCTGAAATAGAGACTAAGCCGAAGGAAATTGAGTGAATGAATGAAACTTATTTGAAACTGCATATACACTTTTACTTTTTATTCGAAAGAAATGGAACAAGTCTTGTCATCAAAATATTGCTAATATTGTGAGTACCGGTGTTTAACATGGAAAATAAATTGGAGTAAAGTGAATGTTAATCTGAATCAAAGCAATAGTATCTTCCTACACATTGTTATGGAGAATCGCTGTCACGTGTGCTCATTTCGGCCTAGCACAGTCAGGTTGACTTTGATAGCTCCTGCAGATTCCCAGGTAGAGAAAATTAAAGTAGTATTCAGAACACATTCACTGCTGGACATTGATTTGCCAAGCAGGAATAAGGGCCTGAAACCTGCGTCACTTTTTACTCTCAGCCTAATAAGAGTGCAGATCCCCATGCCAGCCAGCACTGCGTCATTCTGAATTATAACAGCTTTCTGGCCTGGCCTCGGTCTAGTTAGTCATCTCTGCATGATGGAAAACTGCATTTTAGACTTTTAAAATTAATAAGGGCCTTTGTTAAGTGAACACAAAAAGCTGTGACTGCTTGGATTGTGAAACTACTTGATTAAATAATATACCATCAACTGATCTAAAGCTCTATAATTTACTAAAAAGCATTTCCGCGTAAGTACTGTACCTCACACAGAGAACCCTTCTTAGTAGAAAAGGAAGAAACAGGAAATTACTTGACACACTTGTACTGAACGGAACTGAATCATCATTGAACTAACTAGAACCAGCATCTAGTGAAAGTGAATGTGGCTAACGAACTGAAGTTGTTTCCTGATTTTCAATTGTTGCCTGTGTTCTTTGTAAAGCTACTTTGACCATGAACCAAGTGACCCCTTTAGATGTTGCTGGAGGGTTTGACTGTTTTTGAAATGTTAGAGTTCAAGCAATTTCAGTTAAATAAGTATAAAAACACTTTATGAAAGTTTATTTATGGGGATACACCATGCAAAATATTTCTAACCGTTATCAATAAATGGTAATTAAATACTTTTTCATGCTCGTTTCTCATAACAATAATCAGTTAGTTCTTATTTTGATATTATAATGTTCATTTTATCTGCAGTTTGTTCACCCAGGAGAATAAAAAATAAATATATATATATATATATATAATATATAAATATATAAATATATAAATATATATATATATACACATACATACATACATACATACATATATATATACATATACATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCTTTTGCTAAACTTTGCATGGTTCTCACACTTCTTCAAAGTGCTTAAAGACAAGCATAAGTTCTTAAAAGTGCTTAAATTAATTTAAAAATAAATTTTGTTTAACCTGGGATTCCTAGGACCTAGGATTCAGGAGGAACAATGTGGTTTTTGTCCAGACCGTGGTACACTGGACCAGCACTATACCCTCACCAGGGTGCTCGAGGGTTCATAGGAGTATGCCTAACCAGTCCACTTGTGTTTTGTGGACTTGGAGAAGGCATTCGACCGTGTCCCTCCTGGCATTGTGTGAAGGGTGCTCTGGGAGTATGGGGTCAAAGGCGCTCTGTTAGGGGCTGTATAAACAAAGTAGGAGTGTGGTTTGCATTGCTGGCAATAAGTCAAACTTGTTTCCAGTGCATGTTGGACTCTGGCAGGACTGCTTTTGTCACCAATTCTGTTCATAATTTTTATGGACAGAATTTCAAAGCACAGCCTTGGTCTGGAAGGGGTCCAGTTTGGCGACCACAGAATTTCATCTTTTATTCACAGACAATGTTATTTTAATGGTTTCATCAAGCATGGACCTTCAGCATGCACTGGGGGGGTTTGCTGCCGAGTGTGACGTGGCTTGAATGAGAATTAGCATCTCCAAGTCTGAGGCCATGGTGCTTCGCCAGAAAAAAGGAAATTTGCCATCTCCAGTTTGGAGGTAAGTCCTTACCCCAGGTGGAGGAGTTCAGGTATCTCGGGGTTTTGTTCACGAGTAAGGGAAGGATGGTACAAGACATTGACAGGCGGATTGGTGCACTGGCAGCAGTAATGCGGTCAATGTACCGGTTTGTTATGGTAAAGAAGGAGCTGAGCCAAAAGGCAATGCTCTCAATTTACCGGTCAATCTACGTTCTTACTCTTACCTATGGTCATGAGCTTTGGGTTATGAGCGAATAGAGTTTCCTTTGCAGGGTGGCAGGCCGCACCCTTATAGATAGGGTGAAGAGCTCTCTCCCCCGGGATAGAACGGTACAACTGCTGCTCCTTATCATCGAGAGAAGTCAGCTGAAGTCGGCTGACTCCTGGACGCCTACCTACCCTTGTTGCCCTCAATCTTTGCATGATGTAGCCATACTTTTGATCGCTTAAACATCGTTTGCGTTAAATTTATGCTATGCTTTAAAAGTTCAATGTACGCATTACAGCCTCACATTTGACAAGCTTGGGGCGAGTGGGCGTACCGCTGTAAACTATTGATTTTCAAGGCAGCCTCGCCGCAGCCAATCACCTGCATTTGATTCGGGCACGTTAAGGATTTTCTAGCTAACTGACGTTGACAAGATTATACCCTTGGGTATCGAAATTTAGTACCGAACGAAAATGATTTTTTGGATACTCGATAGTATCGAGTCAGTGCTTAAAAAGTATCGAACTCGATACCCAGCCCTACTTTGGGGTGCAACGTCAATATGCCGTCATGTTGACGTCTTGTTCCTGCAGGGTAGTAAGCATTTCTAGCATATGTTTTTGCACTTAGATAATTATTAATGGCATGTAGCTAATTGTTATTAGCATTTAGTTAATCGTTACTTTCTTAAGCCAACATAGTAATGCACATTTTATCAATATTTCAGAAACTGCATTTGAATACCACCAGTGTTCAAGTCAACTAATTTTATTAAAGTTTACATTTCATAAAAAAAATGACTGGCATTTTTAATGTAAACATTAAGTGTCAGGAAACTATTAAGTACAGTAGGACTTTCGTGGCATTACATATGCTGGGGTATGAATTACAAAGGTGCTTGATTTAAATTCAGTGCTGCTTTTAAAAAGTCCTTGAATCTGCAGTTCATGAAAGCGTGGGAACCCTGACTATAGTAAACATCAGTCCTCACTATTCAACAGATATTTTAAAGATTTTTGTACTGCTTTATTATTTCATAAAAAATCCAACCAAGGACTAAGACTGCAAATTAGCATACTCACATAAAACATCATATAACGTATAGCATATTCACATACTTTTCAAATACTTTAAAAATCTTTTGACATTTACCATCCTTGAAAAGATATTCAATTCAAATTTAATTTCAATTTAAAGCACTTTAAAACAACACAGTTGACCAAAGTGCTGACGACAACGAGTAAAACAAATTTTAAAATACAAATAAATAAACATAAAATGTCAACATCTCACACTGTGCTAAAAGCCAAATTGAACAAATGAGTTTTAAGAAGAGATTTAAAAACAGTAATGGAAGAGGCTTGTCTAATATACAACAGCAACTCATTCCACAATTTTGGTGCAGCCACAGCAAAAGCCTCTCCTCTGAGCTTTCGACTGGTCCTGGGCACACCCATGAGAAGCTGGTCGGCTGAACTAAGTGAACGAGAAGGTGTGTAAGGACAGAGAAGCTCAGAGGTAAAGGGGTGCAGTACCATTTAGACACTCAAAAACAAATAAAAGTTAAACTTAAAATGGATCCTGAAATGCACGGGCAGCAATTAAATAGAAGATAACCAAGAGAATAAATGAAAAACATCTATCCTGAAAAATAAACAGCATCCTCAAAATTATATATGGCATTATTGATATTTTTCAGAAATCTAGTTTAACATTATTATTATAATAAAAACATGTGGGCGATGCGGTGGCGCAGTGGGTAGCATGTTTAGCTCACAGCAAGAAGATCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCTTGTTCGCGTGGGTTTTCTTTGGTTGCTCCAGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGACATGCGCTATAGGTAAATTGGGTATGCTAAAATTGACCGTTGTGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCCCTGTGACGACCCCAGATCAATAATAAAGGGACTAAGCCGAAAATTAATGAATGAATTATTGAATAAAAACATGTAAAGTTATTTGGCTGCATGGTGGCTAAGTGGTTAGCACAGTTTTCCTCATGGTAAGAAGTTTCAAGTTCTGGCCTTAGCCAGTTAGCATTTCTGTCTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCATGTTCGGTGGGTTTCTTCCTGTCACTCTGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCTGCTAGAAGGGCATCCACTGTGTAAAATATAAGCTGGAATAGTCGGTGGTTCATTCCTTTGTGGCGACCTCTAATATATACAGTAAAGGACAAAGTCAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATCAGGAGGCCTTTCTGTGTGGATATTTATGTTCTCCCTGTGTTTGCATGACTTCTATTGTGTAAAACAATTGCCATGAGAATTGGCGGTTCACTTTGCTTTGGTGACCCCAGATAAAGAAAAAATTAACAGATAAAACAATAAAAGTATAAAATATGCTTTATTCATTTAATATATCTTTAATATTGTTATTGACCGTGTTGTTTATGTGGTGATAAATGACAGTCATATGCTTTGGATTGTCAG
Seq C2 exon
GAACTGGAAAAGGAGCGGACTGACTTGCTAGAGGATGTAACTGCTAATAAGCGTAAGATGAAGGAACTGGAGGATAATCTACTTTTTCGGCTGACCAGCACGCAGGGCTCCCTGGTGGATGACGAAAGTCTCATCACAGTTCTGGGAAATACCAAACGCACTGCGGAGGAGGTCACACAGAAACTTCAAATCGCTGCCGAGACTGAGATCCAGATCAATGCAGCTCGAGAGGAATACAGGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087373:ENSDART00000149818:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127812=AAA_9=FE(26.0=100),PF123243=HTH_15=PU(2.6=3.3)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PD(25.1=70.7),PF123243=HTH_15=PD(94.8=89.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]