HsaINT0049796 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000039139 | DNAH5
Description
dynein axonemal heavy chain 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2950]
Coordinates
chr5:13737252-13751260:-
Coord C1 exon
chr5:13751078-13751260
Coord A exon
chr5:13737496-13751077
Coord C2 exon
chr5:13737252-13737495
Length
13582 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ATATTTATGCAAATTAATAGGAA
3' ss Score
3.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAGTTGGTGACAAGGAAGTAGATGTGTTGGATGGCTTTAGACTCTACATTACCACCAAATTGCCTAACCCAGCCTACACCCCTGAGATAAGTGCCCGTACCTCCATCATTGACTTCACTGTCACCATGAAAGGTCTAGAAGATCAGTTACTGGGGAGGGTCATTCTCACAGAGAAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATTGGAGAAAGAAAGAACTCATCTGATGGAAGATGTAACTGCAAACAAAAGAAGGATGAAGGAACTAGAAGATAACTTGCTTTACCGCCTGACAAGTACCCAGGGGTCCCTGGTAGAAGATGAAAGTCTCATTGTCGTGCTGAGTAACACAAAAAGGACAGCCGAGGAGGTGACACAGAAGCTAGAAATTTCTGCTGAGACAGAAGTTCAAATTAACTCAGCCCGGGAGGAATACAGACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000039139:ENST00000265104:65
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.146
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127812=AAA_9=FE(26.0=100)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PD(25.1=70.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development