BtaINT0052096 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000046957 | DOK6
Description
docking protein 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28301]
Coordinates
chr24:7927126-7958689:-
Coord C1 exon
chr24:7958582-7958689
Coord A exon
chr24:7927241-7958581
Coord C2 exon
chr24:7927126-7927240
Length
31341 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
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3' ss Score
7.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAACTGAACTGCACAACATCAAAAACATAACCAGGCTGCCTCGAGAGACAAAGAAGCATGCAGTGGCAATTATCTTTCATGATGAAACGTCAAAGACATTTGCCTGTGAATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000046957:ENSBTAT00000064953:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(33.7=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(36.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]