GgaINT0100034 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013753 | DOK6
Description
NA
Coordinates
chr2:96265185-96285204:-
Coord C1 exon
chr2:96285097-96285204
Coord A exon
chr2:96265300-96285096
Coord C2 exon
chr2:96265185-96265299
Length
19797 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTATTTTTCTTCATTTTAAGGTA
3' ss Score
11.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAACCGAGCTGCACAATATCAAAAACATAACTAGATTGCCTCGAGAGACAAAGAAACATGCAGTGGCGATTATCTTTCATGATGAGACGTCAAAGACATTTGCGTGTGAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013753:ENSGALT00000022344:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(35.0=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(38.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]