DreINT0059468 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063032 | dok6
Description
docking protein 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-50]
Coordinates
chr24:14875983-14887439:+
Coord C1 exon
chr24:14875983-14876091
Coord A exon
chr24:14876092-14887324
Coord C2 exon
chr24:14887325-14887439
Length
11233 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTTTTACAGATA
3' ss Score
12.53
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCTTCAGAAGATGCTGGCTTGTGTTCAAAAAGGCGTCTAGTAAAGGTCCACGGCGATTAGAGAAATATCCAGATGAAAAAGCGGCTTACTTCAGAAGCTTTCACAAG
Seq A exon
GTAATTATGACTTTCATCTTTAATGTCAGAAATGTTGCGTCCTTTATTTTTAAAGCAAGTAACAGTTACCATACATCCAGGCCCGTGCAGAGACCGTCAAAAGGGCATGTGCAGGATAAATTTTTTAAAAAGCGGGGGTTGGGGGGTGGGGGGGGCTGTTGTTGCGCGTGTACTGAAGAGCGGTGTTGTCGCGTGCGTTCTGATCAGCTGTGTTGTCGCGCGCGTACTCAAGAGCGGTGTTGTCGCGCGCGCGCGTACTCAAGAGTGGTGTTGTCGCGCGCATACTCAAGAGCGGTGTTGTCGCGAGCGTACTCAAGAGCGGTGTTGTCGCGAGCGTACTCAAGAGCGGTGTTGTCGCGGGACCGAGGGTGTGCGGCGTAGCGGGGGCACTTTTGATCATTTTGGAAGGGCATTTTCTATCCAAGACTAAAAATGGCATGTGCACTGCACAGGTTGAGCCCTATGTGTGCACGTGCCTGCATACATCCCATGTTTGATTACAACCACAAAAGCAACTTTTTTTGTATCTCATGTTTTACTTTAAATGGATTGTTCACCCACAAGTAAAAAGTTACTCGCTGTAGTCATCCTCAAGTGGTTGCAAACCTTTATTAGTTTGATGTAGTAGTAGGAAGTCAATGGTTACAGATCTTCAGCTTTCTTCGAAGTATAGTCTAATGACAATTTTCAGTTTTGGGTGAACCATTCCTTTATATATGGTTTAAATATGCAAATAGACATTATTTAGTTAAGTATGTGGTCATTTTACATACATTTCTAGCTTAAAGATCTAAGCATTTGATGAAGCTAGGTTCAAGCTGCTTGTTTCTTTTTTATTTTTACATATCAGAGTCAAATGTAATCACAAAGGCGATTTTGGGAATCTCTATCACTTAAACAAGTAGAAAAAAATATTCACATTTGCTTTTTTCGAGTAACATGTTATGTTTTATATAATCAGGCATAAACAAATGTAATGTAAACAAAACACATAAAAACCTTCAAAATACATTTATGGATAAAAAAACAAAAACAATAATTTAAAGAAAACTATGCATTTTAATAGACGTCTTTAGAAACAAATTGATACATTTCTACAAAGGAAACAAATTAAAGTCAGTGTGAACCAGAATTTGCTGAGCCTTTTGTTTTAGTAAATTAACATATTGAAATGAAATGGAATATTGATTAGGAGCTTGGCTTTAACTTTGCACATTATTCCTTTGTAGCTAATTAACGGCAAGTGGGATGGGGTTAAGAATATTGTGGTTGAAGCCGTCAAAAAGCAGGGAAGGACCATCATTAAACTTGGAAGCAAATGGTCAGATTTTAATTTGAAGATTACAAAAACAAATCTTTTTTTTTTAGTGGATCGACTTGCATGGATTAATTGCTCACCTAAAGCATAACAAGCATAACAATATGTGCTAGCAAAAGAAAAAAAAAATATTTCAAACAGACTTTAAAGGTCCATTGAAATGAAAATAAAAACTTGATGTTACCTTCACTCGGGTGCTCCAAAACAACAACAATAATAATCACTTACTTACTTGGTGCGCTTGATATCAACTGGCAGAGCGAATAGTGTCTATCTGCGCTGCAAGACAGGGGAGTAACTTGTAATACGTCAGAGGCAGAACTTAAAGTAATGGAGACCGACATGTCAAAACTATGTAGACAGTGAGATGGTGCTGTACATCAGTTATTAATGTCTACACTCCACACCTAAACCCAACCATAACAGTTAGTAACCTTCATACCTACCACAGCCCTTAACCCAATCATCATCGTTATTAACGTCCATACCTACCACAATCCTAAACCCAACCATCACAGTTATTAATGTCTACACCTTCCCCAACCCTTAACCCAACATCACAGTTATTAATGTCTACACCTTCCCCATACCTAAACCCAACCATCACAGTTATTAACGTCTACACCTTCCCCATACCTAAACCCATCCATCACAGTGACCGTTATTAACGTCTACACCAACCCCAAACCAAAACCCAACCATCCCAATTATTAAAGTCTACACCTTCCCCACACCTAAACCCAACAATCACTGTTATTAATGTCTACACCTTCCCTAAACCTAAGCCCAACCATCACAGTTATTAATGTCTACACCTTCCCCAACCCTAAACCCAACCATCACAGTTATTGACGTCTACACCTTCCCCAACCCTTAACCCAACCATCACTGTTATTAACGTCTACACCTTCCCCAACCCTTAACCCAACCATCACTGTTATTAACGTCTACACCTTGCCTAAACCTAAACCCATCCATCACAGTGACAGTTAATAACATCTACATCTTCCCTAAACCCATCCATCACAGTGACCGTTAATAGCGTCTACATCTTCCCCAAACCTAAACCCAACCATCACAGTGACAGTTATTAATGTTTACACCTTCCCCAAACCTAAACCCAACCATAACAGTTATTAACATCTACACCTTTCCCAAACCTAATCCCAACCATCACAGTAATGGTTATTAATGTCTACACCTTCCCCAAACCTAAACCCAATCATCAAAGTTATTAACATCTACACCTTCCCCAACCCTTAACCGAACCATGACAGTTATTAACGTCTACACCTTGCCCAACCCTAAACCCAACCATGACAGTTATTAACTTCTACACCTTCCCCAAACCTAAACCCAACAATCACGGTTATTAATGTCTATACCTACCACAACCCTAAACCCAACTTTTTTTTTTTCAGTGGATCGACTTGCATGAATTTAATTGTTCACCTAAAAAATAACAAAACACGCTAGCAAAATAAACAATGTCAAGTTTGATTTCGCACAGACTTTAAAGGTCCCATGAAATTAAAACAATTTTTTAATTTTACATTTAGTCTGTTCATTTTAAGGATATGCATTAGCTTGTGTGCTACAAAACAATAACAAAATTCATTTTTGAAAAAATTAAAACGGAAATAAACATCTAAAGCTTGCAGTTTGTCAATTCTGCCTAAATCGTTCAAATTTTTTTTTTACGTCACCTTATGTTTCAGTTTCTCATCAAATCTTGACCAATCACATGCTCTCGATTACCTGACATGCTCGCACCTTCAAGACGCTATTTGCTTTTTATTTGGTGCACTTGATCTCAACCACATTCACTAGGCTTGGTTTGTGCACTGCAAAACAGGAGCGTAACATGTACCACACAAATGTACCACAAACAGTAATTAACATCTACACCTACCCCAAATCTTAACCCAACAATCACAGTTAATAATGTCTACAACTACTCCAACCCTTAACCCAACCTTCACAGTTATCAACGTCTACACCTACCTCAACCATCACAGTTATTCATGTCTACACCTACCCCAACCTTTAACCGAACCATCACAGTTAATAAAGTCTACACCTACACCAACTCTAAACCCAACCATGACAATTATTAACGTAGTTGTGGAGACTCTTATACTTGAGGATCACAATTGTACTGCAATTTGCAACCACAGGGGGGAGATGCTGAGTAGGCTACCTGTCATGAGAAAATGGATGAGGAAGTCAGTGAGTTGCATGGTGGAGCAATTGAATGAAATATAACAATGTATCAAATGAACAGATTGTGGATAAACTTGGAGAAACTCATGAAAACGTTCTGTGGTGAAAATGTTCTCTGCTACTGTAAGTATTTCCACCATCTTGCTTGCAACATGTAATGTGACATCTCGCATGATTCAATGAGATCTTGATAACTACAAGTTACACCTCTTCATGTTATGCCCCCGTCTTGCAGTCTGCAGACAGCTACACTCGGGCAGAGCTGTGATTAAAACAAAACTTTATAGGCTGTTTTTTTTTAAGAGGTGGAGCTACTCTATGCCCCACCCGCTTTTTATTTTTCAGCTGAGATTACGTCAAACATTGAATTAAAAAATGCACATTTTAAAGCACTTCACGGGACCTTTTAATGATATTTTGGGGTTTTATTTTTACATTCAACTGAAAACAATGCTTTATGAATAGCCATAATCTTAAATCTGTATTTTTCCCTGCAGTGTCTAATCTTTAAGTGCAGATTTAGACATTCTTGATTAATCACTTAATTTTCTTGACGTTTACAAATCACTGAATTAGTAGATGTATACGGTCTGTTCTGTTTGACATGTAGGCTCAAGGATTGCTCTATTCATACCTGTGTGATTTATTTCCACAGCGGCCCTCGTGAGCAGCTTCTCTGACGGGAACTCTGTCTAATGATTTAGTTAGCAGGGGTCGCAGGCGTGACGGAGCGAGGGTGGTGTAATTCTACTGCTGCTGACAGTAGCTCAGGTTAAAGCTGTAAATGAAAGCATGTGTCTGTTTTTGTGTTTGTTTGTGTTTTTTTTCTGGCAGATCATAATAGCAATGCTTTCTGGTCAGAGACTTGTATCTGATATTGGCACCGCTGTAATGGCTTTGAAAGTCACTGCCATAGAGAATTTGATCAGATGGTTTAGCGGTATAGAATATCTGCTATTTCAGCTGGTTGAACAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATATATATTTATATATATATATATAACTATGAAGCACTATGGGAACTATGAAGCACTGTTTATTTCATTTGTTTGGTTGTAATTGGTCTATTATATGTTATCCAGATGTACTGGCCAAACAAATGTTCCCAATCAATCTAAAATTACAAAGTCATACCATTGATGTCATCTGGTGAAATTATACTCAATATGTATTGTAGAAAGTTAAAATATTGTAATGTCAGTTTTTTTTTCCAATTTAACGCAGGCCTATATGCTTAAAAAACTGAACATTTGAAATAAAATAAAAAAAGTTTTCTTTTTTAAACATTTATCTATTTAACATTTTTTAAAGGTATGATCCACATTTCTAAACACAT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Seq C2 exon
ATAACCGAGCTCCACAACATAAAGAACATCACACGAATGCCACGAGAGACCAAGAAACACGCAGTGGCCATTATTTTCTGTGATGAGACGTCAAAGACATTTGCCTGTGAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063032:ENSDART00000148102:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=PU(39.3=94.6)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(36.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]