BtaINT0052836 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004754 | DSCAM
Description
Down syndrome cell adhesion molecule [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3039]
Coordinates
chr1:141966753-141976674:-
Coord C1 exon
chr1:141976399-141976674
Coord A exon
chr1:141967050-141976398
Coord C2 exon
chr1:141966753-141967049
Length
9349 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CGTGATTTGTCTTCCTGCAGATG
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCACTGAAAGCTACCATCAGCCCCAGGAAAGTTAAAAGCAGCGTGGGCAGCCAGGTTTCCTTGTCCTGCAGCGTGACTGGAAGTGAGGACCAGGAACTCTCCTGGTACCGAAATGGTGAAATACTCAACCCTGGAAAAAATGTGAGGATCACAGGGATCAACCACGAAAACCTTATAATGGATCACATGGTCCGAAGTGACGGCGGAGCCTACCAGTGCTTTGTGCGCAAGGACAGGCTGTCCGCTCAAGACTTTGTGCAGGTGGTCCTTGAAG
Seq A exon
GTCAGTGGGCCTCGTTGCAGGGTTCAGCCGAAAAAAAGAACTCAAACCCAGGGCACTCAAAAGCAAGAGCAAAGGGTGAAGTGGAGCTCATAACTCAGTTTTAAGATTTCTGTCTGATCAGCTAGTAACTCTCCTCTAGTTTTCTAGCTCAGTTGGGCAAATAAAAGATTAATTTCTGATGAAGTGATCATTGTTTCTAGTAGAAGTAACATAAGTAATGTGATTTAACATAAAGTCAAGTAACATAAATGCTGCTCACTCAGTGTTTAAAGTTACTTGTCAAGATATGAACCAAAGAGACTTGAGACTGATGGTTCGGTGGCTAATCCATCATCCTCTTGACCAGGGTTTCTCAGGGGTGCTTGGTTGGGTAGGCTGCTGTATGCACTCTAGGATGCTGAGTGGAGTCTCACCTCTATCTGCTAAATGCTCGCTGTGCCTCCCTCCAGTTATGACAAACAAGTGTCCTTTGGGGGAGCAAAATAGCCCCCCCAAAGTTGATAAGCACATCCGTGGATGCAACACTTAGAGCAACATTTCAACGTCATGTTTGGTGGACTGTAAAAATGGCATCTGGGTTGTAGAGTTGTCCAAATTTGGGTCCAGAGAGTCACAGATTTAGGTGAATGGAATTTTTGAAGAATTGCTTTGTGTTATCATAATGAGTTTTAGGCTTTTTTTTAACTGCCTACTGCTTACTTACATCTTCAAGCTTATCAATCAGCCAGGGAAAGACACTGTCCAGGTAACATTCAAGCAAGAGACATGTTTATCACTAGATAATTGAACTAGCTTTTATCTGTAAATTTACATGTCTTGTTGGAAATTGTGCCTTTATATATAATTTAAAATTCATCTGTTATCAACTGATTAAAATAACTACATGACTTTCATATAGCCTAAAGCAGGGGAAAAGAAAATCCATTTAATATGAAAATAAGTTTAAATATCTCTTGACGCTAAGTGTCTATTTCTCTTATTACTTTTTTAACCTTAGCTAATTTTTAAGAAGAAACGGGCTTAGGATAACATTCTTATTTTGATTCAAGCAGTTCCTTGCAGACAGTGAGCATTTTAAAGCACAGGTGAATATAGCTGAAGGCACAGGACTCATATTAAAAGCCTGATGCTGTGTTTCCATAATAATTAAGTGCAGAAAGTAATCAATTTGCACAGAGCCAGTTTGCTAATGGCGATGCCCTGCAGTCCTCACATAGCCACTATTTTTAGATTCTTTGTAGAAAAGGGAGAGATTACCTGTCTAGGCCTTGTTACCTTGGAAACCACCTCGTGTGACCAAGAAAACCTAAGGAGTATATTGATAATCCATAATAATGTCGAAAGAGGTGAGGTTATCAGAGAGTGACAGCAAGAAAGATTTCAAAGACACTCCAGTCTCACTGGGAAAATAATGTCTGCTTTCATCTCCAAAAAAGCCTGTCGCTTGAATAAAAAGAGGGGTGAGAGGAGCCCACTGAGCCCACTCACGGATTTATTTGTTGCCTGTCAGTTTCTGTTCAGGACAAGAAGCTTCACTTATTTTTTTTTTTTTTTTTCTCATCTGAGAAATGACAGTGCTAATGTCGCCAAAGACAGCAGAAATGGAATTACAAACACATACCCAGTAACTGCCTTAAGATGGTGTCTAACTAGACTCTTATGATTTAACATCCTGTAACCGCTATGAATTAACTGATTCTAAAAACTCACAATACTATCAACTAAGAATGGCCACTGATATAATGTAGAATTTTGGAATATTTCCCATGAGGACAAAGAAACTGGAAAGGAAGTTTAAAGAAACTGGAACTAATAATTATAGGTTCAAGATCAGACCAGAACACCTAGAAAGTAGAATCATAAAAAAGAAGAACAGGTCTTATTTCTGGAAATTATGGAGTAGTGTGTATCACACTAACCTGAGAGAAGATGAAAATAATGAACTTTGGGAAAAGCAAAATAATTTACAGACCCTGCAGCAATACCCCAAATCAGGCAGAAAGAACTTGACCCTTGGAAGAAGGGGAAATATCAGTAATTTTCTACACAAATATCACACGTCCCTTGAGGATATTTTCCAGTGCTAGTGGGGTGGGGCTTCACAGCTGGTGCTAGTGGTAAAGAATATTCCTGCCAGTGTAGGAGACATAAGGGACAAGGGTTCGATCCCTGGGCCAAAAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCCTTCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGAACAGAGGAGCCTGCAGGCTACCGTCCATAGAGTTACAAAGAATTAGACATGACTGAGCACACACACACAGTCTTACTAAGATTATGATGAATTTTATTTTTAATTTACTGTTTTCAACATTCAAAAACCCCATCAACGTGCATGACTACATCTATCAAAAATAGTCTTTAAAAGTTAAAACCAAATAAAGATATTTTCAATAAACAAAAGGTTGTGAAGAGCATGATGCCAGAAGTCCTACATGCTAAGAAACAGTAAATGAAACCATTCATGATGAAGAAAATGACCTGAATCTGGAAACTCAGATAGAAATGAAGTACATGAAAAATGACAAATGTATTATTAACCATTTAGCAAAATTGTTTTCTCATTTAATTTTTCTAAATCAGTTCAGTTCAGTCACTCAGTCATGTCTGACTCTCTGTGACCCCATGAAATGCAGTATGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGTTCACTCAAACCCATGTCCATTGAGTCAGTGATGCCATCCAATCATCTCATCCTCTGTCGTTCCCTTACTGGACTTTCAGCTTCAACATCAGTTCTTCCAGTGAACACCCAGGACTGATCTCCTTCAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTACAGTCCAAGAGACTCTCAAGAGTCTTCTCTAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAGCGCTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTAACAAAGTAATGTCGCTGCTTTTCAATATGCTATCTAGGTTGCTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAGAAAAATAAAGTCAGCCACTGTTTCCACTGTTTCCCCTTCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCGGATGCCATGATCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCACTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATACGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGCGGTTATTAATATTTCTCCTGGTAATCTTGATTACAGCTTGTGCTTCCCCCAGCCCAGCATTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGATGACAATATACAGCCTTGACGTACTGCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTTTTGTTTCATGTCCAGTTCGAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAAGAGGCAGATCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGACGTTGTTCTGGAACTCTCTTGCTATTTCCATGATCCAGTGGATGTTGGCAATTTGATCTTTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCACGGTTCATGTATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAAAATTTTAAGCATTACTTTACTAGCTTGTGAGATGAGTGCAATTGTGTGATAGTTTGAGCATTCTTTGGCGTTGCCTTTCTTTGGGATTGGGATGAAAACTGACCTGTTCGAGTCCTGTGGCCACCGCTGAGTTTTCCAAATTTGTTGGCATATTGAATGCAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAGTAGCTCCACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTTCGTAGTGATGCTTTCTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGGATGTCTGGCTCTAGGTGAATGGTCATACCATCATGATTATCTGGGTCATGAAGATCTTTTTTGTACAGTTCTGTGTATTTTTGCCACCTCTTCTTAATATCTTCTGCTTCTGTTAGGTCCATACCATTTTTTTCCTTTATTGAGCCCATCTTTGCATGAAATGTTCCTTTGGTATCTCCAATTTTCTTGAAGAGATTTCTAGTCTTTCCTATTCTATTGCTTTCCTCTATATCTTTGCATTGGTCGCTGAAAAAGGCTTTCTTATCTCTCCTGGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAAATGGGTATATCTTTCCTTTTCTCCTTTGCTTTTCTCTTCTCTTCTTTTCACAGCTATTTGTAAGGCCTCCCCAGACAGCCATTTTGCTTTTTTGCATTTATTTTTCTTGGGGATGGTCTTGATTCCTGTCCCCTGTACAGTGTCACGAACCTCTATCCATAGTTCATCAAGCACTCTGTCTATCAGATCTAGGCCCTTAAATCTATTTCTCACTTCCACTGTATAGTCATAAGGGATTTGATTTAGGTCATACCTGAATGGTCTAGTGGTTTTCCTTACTTTCCTCAATTTCAGTCTGTATTTGGCAATAAGGAGTTCATGATCTGAGCCACAGTCAGCTCCTGGTCTTGTTTTTGCTGACTGTATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTGCAAAGAATATAATCAATCTGATTTCAGTGTCAACCATCTGGTGATATCCATGTGTAGAGTCTTCTCTTGTGTTGTTGGAAGAGGGTGTTTGCTATGACCAGTGCATTCTCTTGGCAGAACTCTATTAGCCTTTGCTCTGCTTCATTCTGTATTCCAAGGCCAAATTTGTCTGTTACTCCAGGTGTTTCTTGACTTCCTACTTTTGCATTTTTCTAAATAGCAACTGACAAATTATAACATTACATCATTG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Seq C2 exon
ATGGAACTCCCAAAATCATTTCCGCCTTTAGTGAGAAAGTGGTGAGTCCGGCAGAGGCCGTCTCCCTGATGTGCAACGTGAAGGGAACGCCGCTGCCCACGATCACGTGGACCCTGGACGACGACCCCATCCTCAAGGGCGGCAGCCACCGCATCAGCCAGATGATCACGTCGGAGGGCAACGTGGTCAGCTACCTGAACATCTCCAGCTCTCAGGTCCGCGACGGGGGCGTCTATCGCTGCACGGCCAACAACTCTGCAGGCGTCGTCCTCTACCAGGCTCGAATAAACGTAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004754:ENSBTAT00000006240:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.011 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=WD(100=94.6)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development