DreINT0060121 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028118 | dscamb
Description
Down syndrome cell adhesion molecule b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031118-67]
Coordinates
chr15:6246082-6250432:-
Coord C1 exon
chr15:6250157-6250432
Coord A exon
chr15:6246379-6250156
Coord C2 exon
chr15:6246082-6246378
Length
3778 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCTGTCTTTGATTCCTCCAGATG
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCTCTGAAAGCAGTGGTGAGCCCACGGAAGGTGAGGGGCAGCGTGGGTAGCCAAGTGTCTCTGTTCTGTAGTGTGACTGGCTCAGACGAGTTTGACATCACCTGGTACAGGAATGCGGAGAAGATCTATCAGGGTATAAATGTACGAATCACGGGCATTAACAACGAGAACCTGGTGATGGAGGGAATGGCCAAGAGCGATGGAGGAGCGTATCAGTGCTTTGCTCGAAATGGAAAGATGTCCACCCAAGACTTAGTTCAGGTCGTCTTGGAAG
Seq A exon
GTGAGTCCATCTTGGTGGTTCTGTTCTGGGACGTAATGTCATGTGCTTCAAGCATTGCTGGAACAAAAATCTTCATTTAATATTCATTCTAATCTCATGTCATATACTTCATTTATTTTTCCTAAATAGTATGAATAGTATGAATAATATGTGAATAATTATAATAATAATAAATAATAATAAAAAAGATTTTAGCTAGATGATTTCAATTGAACTGACATAAATCCCTGTCATTTAAACAACTGCTTACGTTATCAATAAATTAAGTGTTCAAATTTTTATTTTAAATGTTTTTTATGCAGTCACCAAACCACATTAACTCAGTATTACTGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATTTAGATAGATAGATAGATAGATAGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTCAATCATTGATTCATTTATTCATTGATACATTTATTTATTAATTTACTAAATGACTGACTGACTGACTGATTCATTCATTTATTCATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATGGATTCATTGATTAATTAATTAATTAATTAATTAATGTATTAATGTATTATATGTACACATTTTGTACATATAATACACATTTTAGACTTTATTTTAAACAACTGTTCATTTAGGTTAATAAAGCTTGTGTTCATCTGCCAGCACATTTTAATACAACACCCACATCTGAATATCAATGCACACAGTTATTTTTCTTTGTTGAACATACATGTAACTGTGCGTGTGTTAATTAATTAATTCATTCATTCATTCGTTCATTCAATTATTCATTTATTTATTTATTGACTGGCTGACTGACTGTCTAACTGGTTGAATGGTTATTTAGTTAGATGATTAATTGAATGATTAAATAATTAAATAATTAATTAATTCATTCATTCATTCATTGACTGACTGACAGTTTGAATGGTTGATTGGTTGGTTGGTTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGACTGACTTAATTAATTAATTCATTTAATCAATGACTGACTGACCGACTGATTCATTCATTCATTCATTCATTTATTCATTCATCAATTGACTGGTTGAATGGTTGGTTGGATGAATAATTGATTGATTCATTTATTGATTCATTCATTTATTTAATCAATGACTGACTGACTTACTCATTCATTTATTCATTCATTTATTAATTAATTCATTCATGAATTCATTGACTGACTGACTGGTCGAATGGTTGGTCGAATGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGATTGATTTCATGTTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTATTTATTTTTTGCAAATGCCTTGAAATTGTACATATAATACACACTTTAGACTTTATTTTAAACAGCTGTTCATTTAGGTTAATAAAGCTTGTGTTCATCTGCCAGCACATTTTAATACAACACCCACATCTGAATATCAATGCACACAGTTATTTTTCTTTGTTGAACATACATGTAACTGTGCGTGTGTTCTAATAAAACTCTTTCCTGGACTTTACTGAAGCTACTCTGCCCTGCAGCTGAATAGATTTTTTTGTTTCTGCTTGGTTGCTGGGGCAACTGTCTCCTGTTGCCACAAAACCGCATAAAGAGGATATTGATAATCTATAACGATGTTTTAAAAAAGCCACAATGATCAGAGAGTAAAGACTTCAATGGCACTAGGCTCAAAACGCAACTATTTTCCTGCAAAGTGTCAGTTCTATAGGAAAACGGGACTGAAAAGAAATTGAAGTAATGTCTGGCCAAGCGTAGTGTTTTTTTTTTTATTGTTCATAATTGAAAAATGTTAATATGAAGGAGCAGTTTTACAATCATGTTTTTTAGGTCTTGTATCAGGTTTTATTTCAACTGGGAACTAAATGCATTTTTTCTGCATTTTTTTCGAACTCCTTGGACACAAAAACCTTAAAGAATGTCCAGAACACATTGAAAAGACTCGATATTCTGCAACCTTGTTAGAAAGTTCTGCTTGTTAGAATGAAACTTCTTGAGACAGACATTTTTGAAATTCTTGATGGCTTTATTCTGGGTTCAGACTAATTATTCAGGCACAATTATAGCAGATTGTAGATTTGTAAACCTTTAATGACAGAAATTGAATGGCAATGGGTATATAAAATTTATAATTTTCCACATTTTGAAGATATTTTCCCATTATTAAAAATTAAACTAAAACACAACATACTCAAAACACATACCTCTCAAAGGCAAATCCAGACAACCAATAATAATGTAGTCTCTTAATTGTATCCAGAGCTTTATGTTACATTCAGTAAAGCTTATTCCATACTGCTGTACACTCTTAGAAATACAAAACCTGTCACTTTTTCAAAAGGTACATATTTGTATCATACAGGTAGACTTTAGCACCTTTAGGGTACACTATTGTACCCTAGTCTCACCTGTGCCTACACATTTGTACTGTTTAGGCATTAATATGTGCCTTTAAAGGTTCAAGACTCCCTCGAGTACTTAAATTATTATTATTATTATTTTTTATAGATTTGTGTGTGTTGAGCCTCAGTTAAGACAACATTAGCATCGGGCAGCTTTAATTGTTAGACAAACTGGATTATTTGATATTTTGTTAGCTAATTTCATCTTCCGGGTTTAAAATAATATTTGGATGAAGATCTGTGATGTATCATTTTTCTGCTAGTGGAGGGATGACGCGTCTGTTTCTCGTTATTATTCAAAGCTGACTTTTCTTATCCTATGAGAAGACCCTGCTTCCTAATTATTCATGAGAGCACGTGCTTTCTGAAGTCAAGGCAGACCTACTAAGCTGTAAGACCCAATGACTGGGTGAGACTGCATACGGCAAGCAGTATTTAGCCGTTCATGAAGGGTCATAACGTTATGTGTTTGTTTCCATGATTCATATGGTTTGTTGCATGTGTTTCCCCACGATGCTGTCCGGGCCAATACAGCAAAGCTGTTGGTTTGCTGCAAGCATTTTTGTCTAGAGAGCTGTATACAAAAATTGGAGAATGGTGGACTTCATCAGTTGAGTTCGTTACCATTCAGACACATTGCCTATATCCATGCTGCTGTGATCACCTATGTTTAAAATCCTACAGATTACCGGCAGGGTTAACGGTTGCGTTAGACAAGGCTAGAAACCTGCTTCACTGCTATCCATTGTGTCTGCATTTAGACCTGGGGATTCAGAAGGAAAGAAGTCCAACTGATTTATAGTGGTTCTCTTTATAATGAAATAAATTGTGGTTATATGTATATGAAATTATGAATAAGATATGTAGCAGGGCATTAAATTACTGTTTATTTCTTTGCATTTTAACTTTGCAAACTCTAAAATCATACGTCTCCTCATGGTTTGTGTCTCATTTTGTGAGCCAACTGACAACAGTTGTTCCCTCCCCTTTTTCCCCTGCTCTGCTGACCACGCCCACTCTTCGCTCTGCTCGCAGCGCTCGATGAAGCATGTTTTGAAAAAATTACGAGGTAGACTTAAACCGAATGCGTGTCTCTTGGCTCTTTAAGAAACTTTTTGAAACAAAAACCTTTTGAAAAGTGACCGCCCCAGTGACAGATTTTGTACCTTTATTTCTGAGAGCGTATGTAACAGGAGCAAAAATAAAACAGTAAGTCAAATCTGTCTTTGATTCCTCCAG
Seq C2 exon
ATGGGACACCAAAGATCCTCTCTGCCTTCAGCGAGAAGGTTGTGAGCCCGAATGAGCCCATCTCGCTGGTGTGTCACGTGAAAGGAACCCCCCTCCCCACCGTCACCTGGACCCTGGACGACGACCCCGTCATCAAAGACAGCAACCACCGCATGGACCGCATCATCACCACAGAAGGCCACGTGCTCAGCTACCTGAATGTTTCTCACACGCAGGTCAGCGATGGGGGGGTCTACCGCTGCACCTGCAACAACTCGGCCGGATCGGTCTCCTATCAGGCTCGAATAAACGTAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028118:ENSDART00000148350:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.030
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=WD(100=95.7)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]