BtaINT0058299 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011363 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr3:50962144-50984696:+
Coord C1 exon
chr3:50962144-50962176
Coord A exon
chr3:50962177-50984561
Coord C2 exon
chr3:50984562-50984696
Length
22385 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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C1=0.000 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]