MmuINT0059524 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000011831 | Evi5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:104736]
Coordinates
chr5:108228145-108241430:-
Coord C1 exon
chr5:108241377-108241430
Coord A exon
chr5:108228280-108241376
Coord C2 exon
chr5:108228145-108228279
Length
13097 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
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3' ss Score
5.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CATAAATGCAGTTCCACCTACAACGAAGATTTCGTGCTGCAGCTGGAGAAGGAATTGGTTCAAGCCAGACTGAGTGAAGCCGAGTCTCAGTGTGCACTGAAGGAGATGCAGGATAAAGTGTTGGATATAGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000011831-Evi5:NM_007964:11
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.056 A=NA C2=0.072
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138511=GAS=FE(15.5=100)
A:
NA
C2:
PF065706=DUF1129=PU(90.9=88.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: