BtaINT0061098 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015307 | FBN2
Description
fibrillin 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3604]
Coordinates
chr7:26711109-26756327:+
Coord C1 exon
chr7:26711109-26711204
Coord A exon
chr7:26711205-26756129
Coord C2 exon
chr7:26756130-26756327
Length
44925 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTACAGGACAGGTCCGTGTTTCACTCAGGTCAACAACCAGATGTGCCAGGGGCAGCTCACAGGCATCGTGTGTACAAAGACTCTGTGCTGCGCCACCACTGGGCGGGCCTGGGGTCACCCCTGCGAGATGTGCCCAGCCCAGCCTCAGCCCTGCCGACGGGGCTTCATCCCCAACATACGCACTGGAGCTTGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015307:ENSBTAT00000020360:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0068312=TB=WD(100=64.2),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]