GgaINT0062389 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014686 | fbn2
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1C3A6]
Coordinates
chrZ:56710576-56742248:-
Coord C1 exon
chrZ:56742153-56742248
Coord A exon
chrZ:56710774-56742152
Coord C2 exon
chrZ:56710576-56710773
Length
31379 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAA
5' ss Score
7.3
3' ss Seq
TGATGTTTCTTCTTTTCCAGATT
3' ss Score
10.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGTCTGTGAAAAAGGCTGCCAGAATGGAGGACGGTGTATTGGACCTAATCGCTGTGCATGTGTCTACGGGTTTACTGGTCCTCAGTGTGAAAGAG
Seq A exon
GTAAAAGAAATAAATAAGGCAGTTATGAGCAGTTATATGCAACGATGTGCATGTGCAAGCTTTGAGTAATGTATTTGCCAGCTGAGCCTGTAAGTTTACAAGTCGTTTGTTATTTGTACTTTTAGAAAGCTTGTCTTTATGGCTGGGTAGCCACAGTTCAAGATGGCAAATACAAAGCTGGCACAGCTGGGAGGAACTCGAGTTGATTCTGTTTTGTGTGATAGTTGAAAGATGAACCATCTTTTTCTTCCAGCTACATGATGTAATATGAGAGCAAATTGCAGCTCAAATTGCTGTGTATTAGAATCACACATGTGTAACTAGATGAGGATTTTTTTCTGTATAAGAATTCTTTTATAGGAGGATCTTGAAAAGTTACTTGCTCTGTTAATTTTATTGTACAGGAAAAGTAAGACAAGGAAGAAACTTTTCTCATTCATGAAAACAACTGAAAAGTTAGCTTAAATTAAAGTGCTTTTGTTAATTGGGTGATCAATATAGGATTTTATTTAAAAATTTTAGAGAAAATCTTCAGCTTTCTTGTGTAATGGTCATTGAGACACTGACAAAAGTCAGTTTTAATGATGCTGAATACAATGTTTTTAGTGTTACACTATGTGATTAGCACACAAATAATTAAAGCACTAAGTCTCCATATATCCATTTATTCTAAATCTGTTTTCACTCTGAGAAATCTAAACTCTTTGCTTTTTAGTAAATGGGAACATTGTTTTTATTTTGAAACAAAGGTAACTCTAGAGAAAAAGTAATGTAGAATTGCTGCTCAACATTAGTTGTAACTGTAGAACGTATTTTGTGCGTATCAAACTAACAAGTGTAACCCAATTGGCTGTCCTGCTAGGGTGGATTTTTAAAGAGAGGATATAAATGGGAACTGCTTTTCAAAATGATGATAAGAATCGTACATTCTTTACAATAAAGTTGTCAACAATAATCAAAGCTGATGCTGAACAGCTTAGCAGAAATATAATTCTTTATCTTCCTTTAAGTCTGTGTTTGCAAATATGTTCTCATCAAAAAGGACACTGAAGAACTGAACAACAGTGTTGTGAAATTCCAAGTGCTCTAAATATTGTTGTCTCACTCCTTTAAATGTTCAACAGGTTGTTAATATTAAAAAGCAGGATGGGGTCATTTACATCAGAAGAAAATAGTCTACGGTTACTCTTGTAACATCACATTCTTACTTCACATCAGTCGTGGGTAAGACACTCACTCAGAGCAAAGTCAGGCTTAGAATCATAGAATAATGTAAATGTGAAGGGCATCTAGTCCAACCCTTCACTTAGTGATCTGATTAGCTTGCTCAGGTATGTGTCCTGTCTGTAATGTTATATTGTGAGGACCTCCAGAGTTGGAAATTTCACCTTCCCTGTACAACCTGTTCCACTATTTGACCATGTTCATGGTAGAAACTTCTACATTAATATCTAATCAGGGTTTTGCATGTTCCAGTTTGTGTTTCTTGCCTCTTGTCTGAGTCCTGTGAGACTCCAAGAGGAATCTAGCTCTGATTTCTCTGCATCCTGTTGTAGGCAGCAGTATACCCCTCTTAAAACTGCCTCTTGTTAAGGCTGCGCAAACTTTGGTCCATCAGCCTCCTCACACAGGGCAGATGCTTCAGCTCCCTGAGGAGTGTGGTGCCCCTTCCCTGAATGTTCTTCAGTATGTCCATATCTTTTCTTCTCTTGGAGAGTAAAAACTACACATTACTCTGGTGCAGTCTAACAAGTGCCCGATAGGGGCAGAGTGCCACTTTGCTGGAATAGATGCTTCTCTGATACTGATAAAGCCCATAGAACTGGTGGTGTTTGCTGCAGGGATGGACAGCCAATGCATATGAACGTTTTTGTCTAATTGGACCCCCATAATCCTTTTCTCAGAGCCTCCTGGCTGGCGGTTGACCTCTAGCCTGCGTTGTTCCATTGGGTTTGTCCATGCTGGTTGTGAGACTTCATCTGCTCCAAGCTGGCTGAAAGTGTGTTCTTGTGCCATCATCCAAGTTGTTAATGAACACATTAACTTGTTACTCGTCCCAGTAGTGCTCCCTGAGGTCTGCACTATTTTTCTGACCTTCAGCTGCACTTTGCACAACTCTTTAAGCCAGCAGTCTAGTTATCTGCTCACCTTATTTATTGTTTGCATATTCAGTCTATTTCTCACAAATGCCAGTATCATGATGGACGGCTTCTGCTAGGTCAGGCAGACTTTAGCGGACTGCCCTCCTGTCTTTGTATTAGTTACCTCACGTTTGAAAGCAGTGATGGCAATTACCCTTGACTCATGCTGTCTGCTCATAAATATCTTGCCTTTCTGTGTTCTGAAATGGCTTCTGCTGTAGAATTCTGTGTTGCAAATTCATCTGCAAGGTACTCAAAGCTGTATGTTAATTGTGAAAACAGCTTACACTGTTTCTGACATTTGTTGACTGGGAAAGTAAAAATAACATACGCCTGGAAGACAAATATCTGAATCAAACTGGAAAAAGCAGGAATTTGTATTTGCTATTCCAAGTTTGTTTTATATACCCACTAGGTGTCACAAGCAACAGAGAAATGTAAAGTATGAATTTGTTTCTTTGTCTTTAATTGCTTATTGTTTTCATTCTTAAAACCAGGTTTACACTTACTGCTGTTGGTTTAGTTTTTGCTGCTGTGTTATATATATCCAGCCCATTCCTAATCATTAATTCTTGTTAACAAAGCTCAAGTGCCCAATTCTTTCATATTTATGTTAGTGTGGAAAGTAGGAAGCATCAGTCTGTTAAGAACTCTGTTAGGGTTTGTAACTGTTTTCAGCAGTCTGTCTTTGTAGAATGAACAGTTTCATCTAGCAATAGGAAACACTACCTGTCTATCAATTTAGGATGGATTTTCAAAGCAACCTGAAGTGGTTGGACAATATGAATTTGCTTTATAGTTTGAGTCATTGTTCATATGGAGCTTATATTTGGACATCTTCAGTAGATAGATAATAGTTATATCTGGACAATAATGTGACAGAATCATAATACTGAAAATGAATTGTTATATTATTATTTTTAGTGTGGACTGCATTCAGAAATATTCTATTTAATGTGAGAAAACTTGGTAGGCTTTCATTTTGTGAGAAGCAGTCATCCATGATTAAGATTTGCTCTTAGTTTAGTATCTGATTAGTTTCAGCACTTTGGAATCTTATTAAGAGACAGGACAGACTCCAACTGTGGGAATGGCTTAGTCTTTTTTAAGGATGATTATGTGCAAGATAGGTTGACTTCTGTAAAAGATTCTAGTGCTTACAGATGTTGTAACTTCATTTTTGCTGTGACGAAAGCTTTAGAGTCTGTTTTCTTAGAATTCTGTGTGAAAATATAAAACTACAGAATTCAAGAGACAAAGGAAGTAAACATCTGTATTTTGGCTTCTCTGTTAGCTGTCTTTCAAAGTCATATACTCAATCTACTATTGAAACACGATGTGCAGAATGTTACTGTTTCAGGACAATTAAGCTATAGCTTTTGTGTTCTTGGGTTTTTTTGTTCTTTTTTTAGTTGGAAAGTATGTTGTATTTAGAAGTCTGAAGCTTCTTGCTTGAAATTAGAGGTAGTAGGCAAAATTTACTTCTTCTACTGACACCAAACCATAGCACATATAAACTATATATTTAATATACACATAAACTATATATATTGTAATATGCTTTTGTAAAGTGGAAAGGATTAAATTTCTCCTCATCTTTTCTCTTGATGTTGCATAGCCTTTCTCGGTTTAGTTGTAATATCAGGATCATAAAAAGAACGAAATGAATAAAGAAGGGTATATGCATTCAGAGAAGTTCTGGCTTTGTTATTCTTACGTGGCATCCATTACTTACTCCTAATTCATGCTTGCTGTACAGGAAAAAAATACTGTGATAGGAGTTGATCTACAGTGCAACGTGTGGTAGTATACTTTTCATGTATGTTTTAAACATATTAGGCATTTGTAAAATACTGAGAAAACTAGTTGTAGGCGAGGCAACATATATACTACTGTACCTGTCAGGTTAAGCAGAGTATGATGTGCCTATAGGGAGGGATTAATTTCTCTAAAATAAATAAACAGTTTCTCTGTTTTTCATAGCTACCTAAGGTTGTAATTGTGGAAATGGCTCATTGCACAGTATTTAACCCATCAAACACGTGCAAAGAACTTATAAGGTGGCACAGTATTTTTCTTACGGCTGCTCTTGTATGCACTGCTCTGTAGTTGGTTCTGGTATTGCCTTTATTATGAGGGTGACCACTAGCTTGAATGAATGTAAACGCATTGGTTGCTGTTGATCATTTATTAGACATAAATATCTTGTCTTTCATTTTCATCTCATTGGCTTGCAAATTTTAGACTTAAATGGTGTAGAGCATCTCTGAAGACACTGGATTTTAGAGTTGATTGGCATAGCATGCTTTGCTGACTTTCAGAAAATTTTGTCATATTTCCAAGTATAAATGACAAGACAAAATTTGCCAAAGAAGCTACCAACTTACTGTACTTTTGTTCAGTAAAAGAAAGATGATTTCTGTAGTATATACTGGTAGTGACTATTAACAGTCTGTTATGTAATACTTCTAATTTATGTCAGCTGAATTACATGAAAAAAAAATGTAAAGGATACCTTAAACATTTTTTCTATCCAACAGTAATTTATAGTTCACATTTTTAACCTAATAAGAAGTTCATAATTTACAAAACACAGAAGTCAATGATTTCTTTATCTGTAGAAGTTCCACAGTGCTTTACAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCTCTGTACTTTAAAGTGAGTTTAGCAACAGTTCATAACTTCTTAATCAAATTCATATAGTTTGTGATTGGCAAGGAAAGTTCACATAATCTTATCAAGAGTTATAAGGGATTTTGTTTTGTTGTTGTTTTTTTAACATTGCTGTTTTTTGAATGCATACTTCTTATTGTTCTGTAAATTAAGTTCTTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]