BtaINT0086857 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000024632 | LRP1B
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr2:56849269-56871774:+
Coord C1 exon
chr2:56849269-56849510
Coord A exon
chr2:56849511-56871550
Coord C2 exon
chr2:56871551-56871774
Length
22040 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTAAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
GTTGTTTTGTTTTCTTTTAGTGT
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTCCTGAATTTAGAAGGCCCAGGGACATTGCAGTTGACTGGGTTGCTGGAAATATTTATTGGACCGACCATTCTCGAATGCACTGGTTCAGTTATTACACTACTCACTGGACCAGTTTGAGGTACTCTATCAACGTAGGGCAGCTGAGTGGCCCCAACTGTACCAGACTCTTAACAAATATGGCTGGAGAACCCTATGCCATTGCTGTAAATCCTAAAAGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000024632:ENSBTAT00000034302:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]