GgaINT0048838 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012407 | LRP1B
Description
NA
Coordinates
chr7:33509224-33514590:-
Coord C1 exon
chr7:33514349-33514590
Coord A exon
chr7:33509448-33514348
Coord C2 exon
chr7:33509224-33509447
Length
4901 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
TTAACATCTGTTCCTTTCAGTGT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCTGAAGAACAAGTTCTCTATGTTGCTAATGACACTGACATCCTGGGTTTTGCATATCCATTCAACTACAGTGATGTTCATCAACAAATATCACATATTGAACATAATTCAAGGATAACTGGAATGGATGCATATTTTCAAGGGAACATGATTGTTTGGAGTACTCAGTTTAATCCTGGAGGAATTTTCTACAAAAAACTTCATGACAAAGAGAAAAGACAAAGTAACAGTGGTTTGATA
Seq A exon
GTAAGTAAAACAAAACAAAAAAACAGATTCGTTTCCATTCACTTTTTCAATCAAAATATCTCTGTGGTAATTATTTTATTCAAATTATATACATTAAATTAAATGACTATGCCTTTCCATTCAAGACTGAAATGTTTTGTCAAGTCTAAGAGAACGCCAATGTAGTATTTAAATGTTTTCTAACCAGCAATAACCAAACGCTAGAGGGAGATAAACTGCGAATGTGGAGTAATTCTACTGTAATATTTTTTCATATAATTGAAAATCTCTAGACAGATTGCTATATCAAGTTCTATAAGTAAAGAAACATGAAGCTTGTAAATCTTGTGAAGTTAATGTTTGGTTTCTTTGTTGTTATTTTTAATGATTTATTTTAGTTCTTTGTGCTTTATATCCAGATAAGTTATGCAATGGTAAGTGTAGTCTGCTGGTCTGCAACCACTTTAATGGATCTGCATTTTATTATGGGTCCATAAAACTGAGCATAAGCTTCCTCAAGATTTCTTAATAGTCTGGGGGTTGTAATTTTCATAATGGATTTGATGTTATCTCCCAGCTTAAACTAACAAAGAAAAAATGTTCTCACAATTACTATGATTTTATATTGCTTTCTATATTCCTGTTTTGCCATCATTTCAAAATACTTTGTGGTCACTTTCTCCTAGTTTGAGGCTACTGAAATAGAGCTTTGTTTTCCCCAGTGCTGGGCAAAAGCTTATATTTTTCTTTATATGCTATTTTTCTCCAAATCTCCTGGAAGGTAGATTCTGGTGAAGGTATTTCATCCAAATCATACAAAGGTTTTGACAAATCTGTGTGCAGAAAATGTACTGATGACTGACTGTATATAACTTGAATATGATTCGTATACCATAGAATGGTTTGGGTTGGAAGGGACTTTAAATACCATTGAGTTCCAACCTCTTCTGCAATCATATTTGTGGAGCACTTATTTCTCACTGTACTAACCTATTCAGACTATTTTCCCAATTTTATCTCATTAATACTCAAATGTTATTGCCATATGTATAGCTGATCAGTAAGCTAATTAATTTTGCAGTGTTGCTCTAATGCCGTCACTTAAATTTTGGTTTTGAAAAGGTTGAGAATTCCTTATTTTTTACTCAAGTTTTAATGGATAAGTTTTCAAAGGTTACATTATAACTTTTATATCTAGACTTTGATATGTAAATCCAGATGGCAAACTTGAACAAACTCACCTGCATTTTCAGGTAATTGCATTAATGTAAAAATCCATCTCAATTGAAATTGCTCCATGGAATTAGCATATCAAGAGACTTCCTCAGAGAATAGCTTTAAGTATCTCTTGTATTTCTCTGTGAAAAGGGCTTTAAACTTGGCACAAATTGAAGTATTAAAGGAAATAGTAAATATCAACTCTTCAGAGTTTATTGACAGATGCAGAAGAGGATTCTGATAGAGTTGATACACGTGAATTGGTGATAACTGCTGCAGCTGTTTACTGGTATAATCCTTTGAGAGAGGATATATAAGTTATCTGAGGCGAATATTCAACATAGTGATTTGCCACTTAAACTAGAGTGCTGCTTTTCATGGAAGAGGATACAAAGCTGAACATTAAAATAATTGTACTGTAAAGCAGGAAGAAAAACATGTTTTGTGATGTATTTAGTCACTATATTAGAAGCTTGCTCAAGGCTTACTGTTCCAAGAGGTTAGCAAGGGCCCTTAACCACTCCTATCACATATCCATCCATCTACTCACAACTTTGCCCCAGGACCCAGAGAATTTCAATCCATGGTTTTACCTGGAAACAATTTCTAGACTGCTTTCTCTAAGTACTACTTTTTGGACTCTATTATAACCTAAAATCTGTCATTTGCAAAAAAATAAAATAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAGTAATGAGGTTTTATAACTGAAAAATTTCCCTTAAAGAACATACCTAAACTTAGTTTCTATCTATCCCAGCTAAGATATGTCATAGCTTTAATATACTCTGCTAATAGACACTGTATGAAGTGGTATCTGATTAAGATTGCAGACAGTAGTTTTAAATCTATAAAGCATTGATGTTTGGTCTACAGCCATTTTTCAGGTTACTCTTACAAATATTTTCTGTAACTCCTCTGTTTCATGCAGTCAATTTAACATATCTCATGGTATATTAATTATGCAGAAGATGTTTTCAAAGGGCTGAGAAATACTGTTGTTTTTTTTTAAAGTTTCCTGCTCTGATCTATATACTGGTATGATCAGGTTAACACCAAGATAACACCAGTACAAGAGAGCTCCTATCCAAGCACTTACTGATGTTAGCAGGCATTCAAGCTCAAGGAACATTCAAGGAATATCTAGGCTACTCTTCTCAGCTGTTAACTGATTTAAACAGTATCCTTCCAGCAGACTTCCTCCTTTTTTAGCAGTGCTTATCATTGGAAGGTTTTTAACATAAACTTTCTCCTGTCAAATTCAGCTTCAGAGTATGAATTGTTTTCTGTAATTTACCATTGTACCAAAATGGTTTCCAGATCCAAGTCGTTACTAGTTGGTACTGTAGCTTTAAAATAAATAAGCAGTTTTAAACTAAGACAACATTTTTCAGTTGACAAGAATTGAGCTCAAAAGTGATCAAGCTGACACGTTCTGTACATGAGTGGAAACTACCTTAGTTTAAGAGGTGATTTAAACCCCTAGATTTTCTACTAAGTTGTAGTAAATTATATTCAGCATCTGAGTAGGCTAAAAGAACTGTAAATATATATAGAGAGAGAGAGGTGATTTTGCTCCTGTATTTTTGACCATGTTCTGTATGCAAAAATCATTCATCGTTAACGTAGTCCAAATGAGGTAAAAGCTCATTTAAAATAAGTAATTCTCCTAGACAGTACAAGAGGGTGCATAAGACATCAGAAACATGATATGGCAAGGCTGAAACATAATGAAGACAACTGAGAATTAAACGGCAGTAGCATCAGCTTGTGTTCTTTTTATTCTCTTTTTATCTCTTACACCAGATGGTGGCTTTCCCTTTCTTATGATTATCTCCTTGTTAATTCGATATTTAATATAAGTCCCAGCTTTACTGGAATTTCACTCTTCCTGTTTGGTTGGGAAAGGGTCAATGTTAGAAGCAACCCAGCGTTGTGCCAGAATGTTTTGGTGATCCCTTTGTCTCATCTGTGTCACAGGATCTTGTGTCAATTATTTGCTAGGTTCCAAAAAGATAAAGAAGAAACAGTCTAAATAAAAACAGTGGTTCACGAACAGTCCAAAGGGAGGCAACGAACTGTGCTTGCCTTGATAGCTCCTGTCCTTTTAAAAGAATATTGGTTTCAATGTTGTAGTTTGTTGCTTCCAGGTAGATCATGAATTCTCACAGTCTCCAAAGTAGTAGCTGGAGATGTCAAGGCATTAGAGGCTTCTGGATACAGATAGCTGAATATTATCCTGAATTAAAAGCTGTTTGGATTGAAAAAATACAATGAAAACTATCAGAAAACACATACACTGTCAGGTATCTTTTCTTCTGTTTGAAGTTCTTTAAGCAATTTGTAGATAACAAGGAAAAGAGCAGGATATTGTATGCAGGTACTACACTACTTGAAAAAATAATTTTTTGATGTATTTGTGAATCCATATGCTGCCAGTATTGTTTTGTGGAAAAAAAAAATTAGTATTAGAAAATTAAATTAGTATGATCCTGTTTTTAAAGTACTTGTTTCTAAATGTAGTGTTTAATTATTTTGTTCTAATATTCATCTAAAAAAAAAAGTTAGGGTTCTGTATGTCTTTATAACATTCATTCTATGATATTTTTAGAGATGAAAATTGTACAGACTGTCTAAATTCACCATTACAAGTTCTGTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTGGATTCTGTTGTCTTTATAACTTCATTCTATGAATTTTTAGAGATCATTTTGTACAGACTGTCTAAATTCACCATTACAAGTTCTGCTCTTCAACTAGAGATGGAAATGACCTTTAATCTATGATGAAAAAAAAAACCTTATAAGTCTTTGCTGTATAGAGTGTTAGGTTTTTGTTCATAATTAGACTTGATATCCTCGTATGTCAACCAGCAAACAATTGCATATGTATTTAGTTCATGCAAGTATTAATTTTTGATGATATGCTTCATTTATGTAAGAAATAACTGGACAGTCCTATTTTACAGATTTTATTTCTCTCTTCAAGACTTTTAGTGAAGTACAGAGAATTCTAGTCATATCTGTCTCCTGTTTGCAATATGAACTTTTACTATTAGGACTGTATTTTAGGAACTACACCTTAATTGTAAATGTGAAATTATAACGGAGATATTACTGTTTATGATCTCAAAGTTTTAATCAGCCAAGCCTTGTTCACATATGGAGCCCTAGTTTTAGTTGATGGTGGAGCACAAGTACACTGAACAACAAGGGAGGAGTGCTTCAATAGCTTCCTTGTTACTGCCTACTAATACCGGTCAGAATTCAGAGGTAATTTTTGACAATGTTCTAAATGCAGTCATTTTATTTACCCTTGGCATTCTCCTGAGGAGTCATATCTCAGGATGGTATAAACCATCATTTCCAGTGAGAGGTTTAGGATGGGATATCATTGAATAGTTCTTCATAGAGTTCAATAAATGTATAACCTCAATTCTTTGTTGCTGTTGTTTTTTTTTTTTCCCTTTAGAATTACAATATATTTCATTTGTTTGCTTCAGCAGCAATAGTTCAAATAGTTCAGTGTTTTTGAATATTTCAGCACATATATACAAAAGGTAAAAGTTACTTGCCAGTACAGATCTGTAACTGTGCAGCTGCTTTAAGCGATCATTTCATTACATCTGACTTTAACATCTGTTCCTTTCAG
Seq C2 exon
TGTCCAGAATTTAAAAGACCTAGGGGCATTGCTGTTGACTGGATTGCTGGAAACATTTACTGGACTGATCATTCCAGAATGCACTGGTTCAGCTACTACACAACTCACTGGACTAGTCTGAGATATTCCATCAACGTAGGTCAATTGAATGGACCTAACTGCACAAGACTCCTCACAAGTATTGCAGGAGAACCATATGCAATTGCTGTAAATCCTAAAAAGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012407:ENSGALT00000020272:76
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]