DreINT0090680 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061517 | lrp1bb
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-401]
Coordinates
chr9:36840793-36843934:+
Coord C1 exon
chr9:36840793-36841034
Coord A exon
chr9:36841035-36843710
Coord C2 exon
chr9:36843711-36843934
Length
2676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
TATCTGGCTGACTTTTGCAGTGT
3' ss Score
6.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCAGAAGATCGAGTGCTCTACATAGCTAATGACACTGAAATCCGAAGTTTTGTGTATCCATTTAACCAGAGCCATGGACACAAAGTACATGCTCGCATCGAGGAAAATGCCCGCATTATTGGGATGGATGCTCTGTTTCACCAACAAAAGTTTATCTGGGCTACTCAATTTAATCCCGGTGGACTTTTTTACAAAGACATCCTAAACAGGAGTCAAACTAAAACAAATGTTGGCATCATA
Seq A exon
GTAAGTATCCTGAGTCTTGTGTGAAGCATACCATCATATTTGACAGGAAATGCTTTGGATGTTTTTTCAAGATAGATTTAATTAAAAAGTAAATGTAATGACTGAGACATACAGTAAACATTCTCTCTGCTTCTATGTTGGTATGTGTACACTTTTCTTTTATTACTTATGCAATTTTTGGAAAAAAAAAACTTGATATTGTTTAACTATTTTATAAATGCAAATGTCAGATACATTATATTGATCTTGATACAGTATATAATCTATATGTGATATATAATCAGAGGGAAGATCATGATATATTGATCTTTTTCCCTGTAATGTGTTTGTTGGTTTGTTTGCATAAAACATTAAGGCTAGACACTGCAGGTAAATAGGTTAAAAATGAAAATAAAAAGGTCTATCACCATATTTTCCCATTTGATCAATTACATTAGGAATTGCAGACTTTATTTTCTAAAATGGTTGGTTTAAATATTCAAAAGAAGCATTACAGTCAGTGCCAATAGGCTAGTGAAGCCTGGTTAAGTGCATCAACATATAGCACCAATGTGTTCAATCTGAGTTTGATTGCCAGCTCCTGATCCTTCCCCTCTCTCTGCTCACCATTATTTTCTGTCAAATTTCTACTCTGTTCTATTCATTAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTAAAAAGTGATTTAAATTTTTTTTATAAAAAATAAAAAAGAAGCATTACATATGTACTAACCTGAAAAAAAAAATGTATCTGCTTTTTGGACATACTGTATTAGACTCAAAAAGTGATTTTGGATTTTCTTTTTTATTACTCCATAATTCATAAAACACTGTGAACAGCCAGAAGGAAAGGGTTGTGTATATAATCAGTCAAATATATATGGACATATTTTCTATACAAACCTTCAGAAAAAAAGATTTGAATACAATTATGAAGTTTGGTCTGTAAGTGATGCTTGCTTTTGTAGCTCCTTACAGAAAAAAAATTAAATAAAAAAATCTGTGAATTTTGGATTTGGATTTTTTTGCAAAGTGAGTAAATGAATTGCTTTAAAAAGTGATAAGTTGATTTTACTTTGACCCTTGACTGTCGCTCTACCAAACGGTTGACCATGTTTTGACTTTTAAATAATGACTGTTAAAGTAATTTAAAGAATGACTGTTTTAAATAATGGTTTACACACTCTCCGTTGTTGATTTACAAAAGTCAAACAAACATAATCCTGTTGCACTACTACACTTGATTTTGGTTTTATTGTAAAAACAAAAAACAAAAAACAAGAAGGAGTGTTAAATGAGAAACTGAAATATTTTATGGCATACTTCAAAAAATAAAGGTTTATATACACTTTATATTTTTTTAGATTTTTCATAGTATTACGTTTTCATAGTAAGGTGGTGTAATAAATAGATTTCAATTTCTATCTTTCTTTCTTCTAAGTGTTGTTCAAATAATAATAATAATAATAATAATAATGATAATAATAATAATAATAATAATAATGATAATGATATTAATAATAATAATAAACATTGGTTTAAAAAGTATTTTGTGACACCCACATCCGTCATTAAAAATGCAGGTTTATGTTTTAAATAATACCTCTGATTCTAACTGAAGCATTCATTTTAGTATGATCAACAACGAAAATGTAAATTAAAACTGTAAATGAAAATGTAAATGAAAAAGCTTATTTATTGACTGTCTTAGCCCTATCACTTTAAAATAACACTGTACATCTTTCTATATTTAGGCTTAAACACTGATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAGGCTTACTTATTTGTATATGTGTTTGTACTTTCATTTTAGTTGTCTTTTTTTCTTTAATTCTACTTTCCAAAATAATTCCTCATTGCACTTAACACGTTTACAATGATGTTAAAGCTTGTTAACAAGTTATTATGATTAATGAAGGAATTATAATGCTTTGCTTCATTTTTATTTGCAAATAGCATAGTATTTACAGCTACTGTATGGGCTATTTCTGTCTATTCGCATACTGTCCCTTTGTGCCATCTTGATAGTATAGTCGCAAACTGCGGTCATACCTAAAAACACCTTCTTCTTACTCCTTTAGAGCGGCAGCGGGGCAAGGCAGTAATGGTCATTTTTAAGGTTCACGCACTGTATATGTATTCATTCCGGTACTTTAATCATAATCCGACAAATCAACCATTTGGTAGAGAGTGTGTTAACTAGCGCCATAAGGAGTAAAAAAAATGTAATAATCCATTTTTTTCTTGGTAGGGTAGTTAAAGGGTTAAAAAAGTAAATAATTCCATTGTAACTTAAACTTTAGAACGTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGTGCACATAGTTCATTTACTCACTTTCCTAAAGTAAAATCAACTAAACATTTTTTTTTACAGTGTACTGTTTTTTAGATCAACGAATGATAAAAAAAAATTGCCTGCAGTGTCTCACCTTAAATATCATTTATTATTTTTAGTCCAAACCTACTATAACTTCTTCTGCCCCTAAAAATAGTCTTTGAAAAAAATGTGCCATGCTTTATTTGAATGATGTTCTCCTAAACATGTTATCATCCTCATAATCTTAAATATCCTCTGATGCCGTGGCCCACATGGGATTCAGCTTGTTATCTGGCTGACTTTTGCAG
Seq C2 exon
TGTCCAGACTTCCGCAGACCCAGAGATGTGTCTGCTGACTGGGTGACTGGAAATATCTACTGGACTGACCACTCTAGGATGCACTGGTTCAGTTATTACACAGCTCACTGGACCAAACTTAGATACTCTATTAATGTGGGGCAGCTCAAGGGACCCAACTGCACCCGTCTGATAACCGACATTGCAGGAGAGCCTTACGCCATTGCTGTCAATCCAGTCAAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061517:ENSDART00000139033:74
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]