BtaINT0086862 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000024632 | LRP1B
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr2:56894495-56906672:+
Coord C1 exon
chr2:56894495-56894620
Coord A exon
chr2:56894621-56906507
Coord C2 exon
chr2:56906508-56906672
Length
11887 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAGGT
5' ss Score
6.86
3' ss Seq
ACATTTCTTCTTATAACCAGATG
3' ss Score
7.34
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCCAATCCATGCTCGGATCTAGCATGTGAATTCCTCTGTTTACTGAATCCTTCTGGGGCCACTTGTGCATGCCCAGAAGGAAAATATTTGATTAATGGTACCTGCAATGATGACAGCTTGTTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGATTCATGCAAATTGACTTGTGAAAATGGAGGAAGATGCATTTTAAATGAGAAGGGTGATTTGAGGTGTCACTGTTGGCCTAGTTATTCAGGAGAAAGATGTGAAATCAACCACTGTAGCAACTACTGTCAAAATGGAGGAACTTGTATGCCATCAGTTCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000024632:ENSBTAT00000034302:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PU(56.8=37.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]