HsaINT0096372 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168702 | LRP1B
Description
LDL receptor related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr2:140314935-140322088:-
Coord C1 exon
chr2:140321963-140322088
Coord A exon
chr2:140315100-140321962
Coord C2 exon
chr2:140314935-140315099
Length
6863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGGGT
5' ss Score
5.56
3' ss Seq
ACATTTCTTCTCATAAACAGATG
3' ss Score
8.52
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCCAATCCATGCTTGGATTTAGCATGCGAATTTCTTTGCTTGCTAAATCCTTCTGGGGCCACTTGTGTGTGTCCAGAAGGAAAATATTTGATTAATGGCACCTGCAATGATGACAGCCTGTTAG
Seq A exon
GTGGGTATACTTTATTATTCTGTAAATAATGAATTAATCCTTATCATAAAATTTCACACCTCGTGAAATGGAGTGAAATTATCTGTTCCATCATCAGTTTAGCTACCTTGATAGCAGTGGTTCTTGAATGCCTGTGTAAACTGTACTTTTCTCTGGAGAAGACTTTCAAACAATTCATTCTGCATTTATTCACAAAGCAGCATTGAACATTTACAGGCACTTAACAACAGATCGAGAACTTTGAAGTCACTCACAGACCCAAAAGAGATTTTTTTTATAACTCTTCTATTAGATAAAACAATATTTTTTGAGAACATTCTGCTATGGGTTTCAACTCAGCCCCAAAATCCATTTATTTATTCAATACATTTCTATTGATTACCTCTTGTGTGCCAAACACTAACTTAGAAATTGAGAATTAATTTAGAAACCAAATTTTAGCTTCTTCTCTGTAAAATGGGACTTACAATACTACTACTACTGCTATTACCACAAAGAATAATAATAATTATTCTTTGATAATTATGATAATTATCATAATAATTATGAGGGCTGATGAAGGAAGGCATAACACTAATGTAAAAACTAAAAACTAACAGAAACAAAATGGATAAGATTTTTTTCATTCATGCAGTTTGTATTTCAGAAGCTAGAAGCTGGAATAATCAATAAAAATTGAAACATTACTTCAGATGCTAAATATTAAATAACAAAAAATAAAAAAAACACAAAACAGTATGGTAGCACAAGGAAAGAAAATATGTCTCTTGAATATCCAGCTAGACTGACAATAAATAAGTTACCTCATATTCAAGACATTAGGTATAATGGGGAAAATATTGTTACTAAAAGAAAATCCACACATAATACTTTTAAAAATTATTTTAATTTTATTCATTCATTCTTACTGAGACAGAGTGTTGCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTATGTGTCACTATGCCTGGATAATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATATTGCCATGTTGGCCAGCCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTAAGCCCCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCATGAACCCCCACACATACTAAATTTTATGTCACAGACACAAAGGCAGTGTTCTTGCCAGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCACAGCACTTAAGGAGGCAGAGACCAGAGGACAGCTTGAACCCAGGGGTTCGAGACCTGCCTGGGCAACATAGCAAGTACCCATTCTCCACAAAAAGGAAAAAAAAAAAATGTAGCGCTCCAAAATCACTGGAGGATCACAGCAAACATTTTCCAATGAGGTACAGACATTATTCATGGCAGGGTTTGTTACCTGTTGTATTTCCCTCTGCTAGAATGCACTCCTCACGTGGACTCTGGGTCCTTACCCTCACAGTCAGCATCTCCACCTCTGCATGATTTTTCTCTTTGTTCTCTGCTGAAGGTTACATCCAATTTGAAGACTTGTGCTCTTTATAAGGCACTCAGTGTCTAAAACTATTGTAGTACTTTCATTTTATATTCTTTAAGCATTTGATATGCAGAGCCGAAGCGTTTGAAAAGATGAATTGATGAATAAGATAAGCACCAATAAATAGATGTTTATGTGGCCAGTGACACAAGCCACAGAAGAGACAGAGTTAAAACTATTAGGAGAATTCAGATTATTATTCAAATAGGGGATCAGTCAGAATTTCCTATAGGATATGACATTTAAACAAGGTCTGCAAAGGCAGATTGGATTTAGATTAAATGGAAGGAGGGAGGAGGACACTAAGACAGAAAAGCTGTCTGAGAAGTATGGAAATATGGTGGGTAAAGGAAATAATAAGTCATTCATTTTAGTTAGTGTGTAGAAGTGTGAAGCCCTGTTTTGGGTAATAAGGTTGGAAAATTTGTAACAGAGAGCTAAGTGTGAATCATGATTGGTATTTTGGACGGGCATTTTGGTGCCAATTATTGAAAAGGGATGCCATCATGGCACTGGGATGCTCCCTTCCCCTTTATCCATTCTCCCAGTCAGAGTAGCTGTTATCTCAACTGTGATAGGGGAATAAGAGAATCAAGTGAACATTTCCAAATATTGTTAGTACCACGTTCTCAAAAGCTGTTCTGCCTGCGTCATAGAGGTAAACTCTGCAAAGTATCACCTAGGTATTAAGCCTAGTATCCATTAGTTATTTTTCCCAATCCTCTCCCTCCTCCCACCCTTCACCCTCCAAAAGGCCGCAGTGTGTGTTGTTTCTCTTGTGTATCCATGCATTCTCATCATTTAGCTCCCACTAATAAGTGAGAACATGTGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTATATTCCACTTAACCTCTCAGAAACAGATCCTTTAACTGTCGACAACTTTTCTGTAGAAATGTCATACCTTCAGCAGTTCCACATAATCCCTCACCCATTGCCCTCACAGGTGCCTCCTCTGTACTGTATCTACTTAGAAAATTTGGGTGAGAGAGGCATTTAGGAGAGAGATTAGGATAATGCACAGAAATAAACTAATAATGCTACCAAGTGACTTTTACATTGGCTCTGATGTTACAAGTATTGTTTAGAGTCAAGTTTCAGACAGTTTTTGGTGGTTTTCCTTTCCTCTTTTATGTAATCCTCTTCTGTGTAATCCCATGTTTCCACAACCTCTTCTACATAATCCTCCTCCTTTCCTCTTTGTTTGGTCCAAATTATGTGTCCAAAACTAAACTCTATGAATACCCTGCAAGGACATGACCTAGTACAGGGCTGAGATGAAGCTTTAGATTAGGCCGAAGTCTACCACTTAAATAACTTTGTTGTGCTTGGACTCTATACCTGCGTCCCTTGGTCTCAGTTTATTCTATATAACATCAAATTAACAATAAATACTACTAATATTACTACCACTGACATTAGTAATAATACTAAATATTTTGAAAACCTATGAGGAAAGCAAATTCTATGTATGTTTGTAGACATATATGAATTTATTTAATCTTCAGATTTTATTATCTAGTAATTTCTCCTATTTTACAGATAAAATGGAAGCATTAGAAGCTCATTTGATTGTCTAACATTACTTAGTAAATGGTGGCACCCCAGGGTGAATGTAGGTGGTCCACTCTGTTAATCGTCACACAATACATCCCAGTATCTCTGTGTCACCCAGAGTACCCATTTCCAGAGTTATTGGAAATTCTAGCTTCCAGAGTTATTGGAAATTCTAGCAATAACGTGCATAGAAGGGCTAGCACAATACCTTGCAAAAAGTAGACACATAGCCCTTTAAAATCAATATGTCACTTTGAGGTAGGTAAGAAAATGAAACAAGTTTTTGGCTGCATTAAGTCACCAAATTGTATCATTTTATGCTTGAAAGAAGGAATCTTGCTTATTTACATGCACACTTATCCACGATCTAAAACTTTTTTTGGAGATGTGTTTTGCTCTTTCAACCCTGCTTAAAAGGCATGATTTCAGAAACCTCAAAGCCCATTCTTGTAATGTAAGAGAAAATCTTACATTTAATCAAAGTGATAACAACACTCAAATTAGCCTTTACACATATAGGTCTTGAAAAATAAACAGTTTGGACCATTTTAGTTGGAACATAAATGAGTGGATTTCAGAATTATTGATTGCTGAAGATAAATGCTAGTTATTTTTTTTCTGACATTAACATTTGCTATAGCCAAGCTTTTCATTTCTTTATAATTATTTGCCTACCTCTGGCTGCTATTGTTAACTGATGAGCACCCTGAACATTTTTAATCTTTGTGTAAGAAATTTGAAATTCAAATATTACTCATTCTTGGGGAAGTGTTCACCTGCTTTTTCCTATAGTTGATTATAATTGCTGGAGGTTGGCTTCTGGGGGTGATTTAGTTATTGACAAAAGCAGCTTTCTTTTTCATTATAGAACCATTATTATGAGTTTTGCAAGAATGTAACTCCACTTCCATTTCATCAGGCAGTGTTGTACTTTAAAATTTCTGGTGCCTAATGAGGCACGTTATAGTAACGCGCATGCCCTAACATGTAAGGATTTTGAAAATCCTTGTGGTTTTCATAGAACTGACAGGTAAAAATGAGTACCCCATAATAATCCTATCTATGATCATAATGCCTTAAGTGCTTATCTTCACTGTCCACATCCACAACCTTTATTAGGACAAATAACGTTGACTGAGTTAGAAATGCTTTGGTAAATTTTAAATTAAACAAGCATATTTCCACTCTGCGTATTTCTTGAGAGTTTGATCTCTGTATTCAATTATTTGCTGGAGATTCCCACTTACATTTGCAAGGGCATCTTCAATTTAGTATGCCACCTCAAAACTACCCCTCCATTTCCCATCATCCTTGTGTTCCCACCTAATTGTCCTGGTCAGAAACTGAAGAATCATCCTTAATTTTTCCTCATTTTTCTTTACATAACACTGCTGTGATTTTTACCTCTGAATGACCTTTAGAATACATCCACATTTATTCATCCCACATTACTCTATTTTGGGTCATCATCTTACCTATCCTGGATAATGTATACGAAGTTCTGAGAGTCTCCCTGCTTTTTTAAGCTGCCATTTTAACCCCTGCCAGTACATTACCCTTCCAAGACACCACATTACCTTTGGGGTGGAGTCTAAAATCCATGGATCTTCTCTTACTGCTTCTTTCTTCAAAATCACTTACCTATTGTAATTCCTTTCTTTACCCTCTCCAATCCAGGTCCGCTTACAGTGACTTTCATTCATGTCCACTCACAGTAACTTTCATTCATTTCCTCCAGTGCTCACCCATAGGTCTGCCTAGATGGTATTCCGCCGGAGCTCCATCCTCTGTAAACCTTCTGGGCACTCGGTCGATAATGCTGAATAAGA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Seq C2 exon
ATGATTCATGTAAGTTAACTTGTGAAAATGGAGGAAGATGCATTTTAAATGAGAAAGGTGATTTGAGGTGTCACTGTTGGCCCAGTTATTCAGGAGAAAGATGTGAAGTCAACCACTGTAGCAACTACTGCCAGAATGGAGGAACTTGCGTACCATCAGTTCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168702:ENST00000389484:82
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PU(58.3=37.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development