BtaINT0090403 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004564 | MBNL1
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6923]
Coordinates
chr1:116244666-116252951:-
Coord C1 exon
chr1:116252855-116252951
Coord A exon
chr1:116244761-116252854
Coord C2 exon
chr1:116244666-116244760
Length
8094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TATGATTTTCCCTCCGAAAGTTC
3' ss Score
4.69
Exon sequences
Seq C1 exon
AACGGTGCCACAGCAGTCTTTAACACTGGTATTTTCCAATACCAACAGGCTCTAGCCAACATGCAGTTACAGCAGCATACAGCATTTCTCCCACCAG
Seq A exon
GTAAGGCGTTTGAGTCTGTTAATAAATAAATCTGATAATGCATGTAGATTTCTGTCGGTAGAGCAGATAAGCCACGCCCCTAGTCGTTTTTAGTCATAGAGCAGGTGGAAGGTAAGATGAAAAGTTATCTCAGGTCTCTCCTATGATTTTCCTTAAAAATTAAGAGTTTTAGGTTGATGAAAAATGGATGAGAAGTCAGTGATATTTTGTATATTTATTTGTATTTGTGTAATTTGAAATGAAATAGAGTTCTCTTTTTTTTTTTCTCTTTCCTCAACACCGTTATGTGTCTGTCAAGCTATTTTATGACCCTTTCCTGCTGTAAGACCCCTTTGCCTTCATGATTCCAGAGTTCATTTGAATTATATGAAATGACACTTCAGTTTTGATTTTTATTTTTCAGCCTGTTTGTTTTCAAGGTGGAGAATAAAAAACTGACTCTGTTCCAATCTTATTGGTACCAATCAGTATACATCACTTAAAGCTGTTGCTCCTGAGCTTATATTGAAGTAGCCCTAAGTACCTGGTGAAGTTTACATGTATAAGTGAGTTACACATTTCTGGTTTCAGTTGATTTCAACGTAGTAACATAAACATACTCTAGAACTATACACAAAGATTTACAATTTAAAAACATAATCAGTCACTTAATTACCTGGAAATTTATTACTTTTACTTACTCTTCATTTGCTTCAGACAATACATATTACATTCCTTATAATCTAGAATTCAAGTAACCAGAGACTCTAATCTTATTTTCCTCTTCATCTCTTAATCTTTCTTAAAAATTGCCTTGTGTTAAGAGATTCAGTTAATAAAATAATTTTATTAATTAAATTGATTAATTTATGGTTAGGTGTGTATGTCAAAGATCCAGACCCATTAGTATGTTATACTATGCTAACAGTATTTATAGTACATTAGGTTCAAAATACCATGAGGAAATGTGATAATTTATTTTTTAATAGTGAGAATAAATTATATTCTCATTAGGTTTTACTGCCAAGTACAGCTTTTTATACAGTGCCTCTTTGAAAACTAGCCATCCATGTGTAGAATATGTAGTAACATTCAATGAACTAGAATAGAATATTCCACTAATTGAAATAGCCTGCCCTAGCACCACAGATAAAGTTATATTTGAACTCATGAAATAGTATCTATCAAGTTGAAGTTTGTCCATTTTAGAATAGAAATTAAGTCATTTGATCTTTGGGTATTTGTTGTACTCTGAAGGAAAAGTCACATTTCTTTTAAGTTTTATAAAATTAAAAATTTTTTCTCAACATATGTATGTTTTCAGAGATTTCCAGAAATAATTTTTTTTGCTTTAGTATAAATTTCCATTCCCCTGGATTTATGCTGTCTCCAACAAATAATCTATCAATTTTTCTATAGTCAGATCACTAGACAAAGTTTCAAGGAATTGTAGGTAACTACTGTGATCTTTTTGAAGAAATTAACAACTATTTTTGTCAGTTTATTTCACTGAATGAAACATTACTACTAGAAATGACAGTTTCTCTATTTAAAAATCTAAAAGTGAAAACAAATTTAACTTCTTCCATGTATTACTTAAAGAAACCTAAAATAATCTCTTTTATCAAGTGGATTTTGCATCATTTTCTCCAACAACATTCACATGACTGAAGACTTTTCTAAATAAGTATAATCATTAATTGTATGACATGTATGACTCTGATTTATGACCATAGTCTCTCTATGGAATGGATTTTAGTCTGTGGATAGGATAGAGCAAAAGATGTGAGATAAAATTCAACTCAGGGAAAACCAATAAATACCTTTATAAATCAGAGTCATACTTACTTCTCTGTCTAGAAACTAAGCATTGTTAAATAAAATGTGCCACAATATATTGGAACATGTGTACACCCGTGGCGGATTCATGTTGATGTATGGCAAAACCAATACAATATTGTAAAGTAATTAGCCTCCAATTAAAATTAAAAAAAAAGAAATATGCTGAAATTTTTAAGATTTGTTTGCATTTTTTATGATAAATTTGCATCAGAAATATTTTTTTATATTTGTAGTCAATATGTAATTATTGCAATAGTAATATCAAATAAGGTTTATTTGTAACCCAGTTTTAAAGAGCTTGCAGGTTAACTTTTAGTCATCACATAGAAGTAGGTAGTACCTCCTTCATTCCTTCAGAGTATTTTTAATCTCATATGTACTTATGTGCCACAGTGACATTAAAAAGTTATAATGGATAGCCCATCTATACTCCTGCCAAACCACTTTATTATACAGCTGGGAAGGAAAGAAATCTAATGTAGAAAATATATAAAAACCCAAATGCCTTAAAAGCCAGGCAGGAAATATGAACAAGTGAAGCAAGAAGTAAATTTGAAGCTATGGGGTCTGGGAGGTGCAGGAGAGCTTAGGCCTAGTCTGAAGGGGACAGTCGGTGTTCAGACTTAGCCTTTTGTTGCCTTAGAAGATTATCTGCCCTGTAGGTTGTACCTGTTGTGCGCTGGACACCCTTTGTGGCTCCATATATGTCATAGTCTTTGTGACTATGGGTGGTTGTGTCTGTGCCTCTCAGGGTTGGTTGTATTCAACTCAAAGTGATGGCTCTGGTGTCCAGTATTGCTAGATCTTATGATGTATTTCCCAGATACTCTGGACTTTTGAACAGTTATATGTGAAATCTGTCCATTTTTAAACATTGTCAATTAATTTTTGAGAACTACAGAAAATCTATCCTACCATAAATTCATGTGTCATCTCATGGGATAGGGAGGAAAAGGAAATTCATTTTCCAAAGTCTAGGTTATTCTGCAGACCTATAGATGAATTCTGTGATCAGAGCATCCTATCTAACCACAATATTATAATTCGGAAGTTATATTTGAAGACTTTATTGGAACTGATTAGAGAAAGAAAGACATTTATTTTTTGCAGTTTATAGTTTTCGAATTCTGTAGTCTGTTGCTTCAATAATAACATCAGGGATATATAGGTCTATTTCATTGACATTACAGTGAAGCATGGTTGACTAAATCTTTGGAGCAGGTAACTGTATACAGAACAGGTTGCTAGCAAAAGATCAGGATTCCATGACAAGCCACCTAACTAGTAAAGAAAAATTAGTATATACCATAACTTTTAAGAACAAACTTAGACTTATGTGGCCTTTACTCATCTATCCATCAATCCATCCATGCATCCATCCATGTATGCATTCATCTGTCCATTTATCCATCCATCCTTCTAACCATCTATTCTTTCTGTTCCTACCTCCTTATCTTCCTCTTTTTCTTCTTTCCTTCCCTGTTTTCCATCCACCTATCCTTCTTCCTGGGCTTCCCAGGTGGTGCCAGTGGTAAAGGACCTGCTTGCCAATGCAGGAGACAAAAGAGATGCGGGTTCGATCCCTGGGTCAGGAAGATTCCCCTGGAGGAGGCCATAGCGACTCATTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCTCATGGACAGAGGAGCCTGGCGGGCTACAGTCCATGGGGTTACAATGAGTCTGACACAACTGAAATGACTTAGCACCGCACATCCTTCTAACTCACTTGTTCATCCGTCTTTCTTTTCATTCAGTCAACTACATCCCACTGCATCTCCCATCCCACTACCACCCCTCCCAAGAAAGTTTTCTAGCCTTTTACTTTTATACCCTCCATCTCATTTAAAGATAAATATAAGTAATTTGGACCATGTTCACACTGAAGAAATTTTTATTTTTTTAGATGTATAGTCCATTTTTTTTTACCTTCACCCGTTAAGACTAAATTTGCTATTCATACAGAGTATACGTAATCTAATGTCTACTTATGTTGTAGGTATAAATTTCACGAAATAACACTTATATTTACATCAGTTTTGTTTTCCTGAATTTATATTAAGTCCAATTCTAAACTTCAGTTACAGTATTGGATAGATGTATCAGGCACCACTGAAATTCCAGGATTCCCATCCTCACATCTCCTCTTCTTTCCCACCTCTACTCGAATGGTGATCCTGTGCCGTCCAGTAGTCTCAGACAGGTTACCCAGTCTCCATTCTTCAGTCAACACTGGCCATTACTGATGTAATCATTGTCCATGCTTAGAAGATCCCTTGAAGGCAGGTGCTCCAGGGCTTCTGTGCCTGCCTTGGGTACCAGCATCCTTGCCTACGCTCCTTAGCCTCCCATGCAGCCCATTCCCTGGAAAGCCTGCTTCTGGCAGCACTTCTGTGAAAGAACACACCACCAGCCCAATTACCGAGGGGTCCTGCACGCTTCTCGCCTTCTCTTCAGAGTCTGGAAGAATTTTTTTCTCTCTGCTTTCCTTCACCATTTTTGCCCACTTGCCATCTGCAAAAGCATACTTCTCTTCCTAGCATATTGCCCTCAGTCATTGTAGGCTTATGATTTTTAAAAACCTAAAAATAAGTTTGCTTTCAACAGCTTCAGCTTCACCTTGAGCAAACACTCCTAGAAAGAAGGAAACAGAAGTCCAGAAAACTTTCCTAAGGGTTTGGAATAAGAGGAGAGATGCAGGGGATGGGGTTGCTTTTACAGAAAGAAAAGAAAACAAAACTTTCAATTATCATTTTTATATGATTAATGAAGTTAATAAAGATGGTTTATTTGAACCTTAGCATAATGATTATAAATCTGGCTTGGAAGTTTAAATACAGTCTACCATAAGTTATACTTTAATTTTTTCATATATAAAAAGGAGATAATACTGGTGATTATTTCATAAAGTTATGTGTAAGTTAGTTTTAAGCATAATTTGATAAAACATCTTCTTAAAGCGCTTTTACAGACAGGTCTAAGAATTTGGAATAAAGCCAGGAATGTAGTAAGCACTGTTTTTTTGTTGTTTCCTGAACTCAGTAGAGACACAAAATATAATTCAATAGATTATAAAAATAAATTATATGAAGCTGTTGTTTCTTTAGACATCAGTTTTAAGAATAATTCAATTTATTGTGAACTTTTAGTTCTAAATGATAT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Seq C2 exon
TTCCCATGGTGCACGGTGCTACGCCAGCCACTGTGTCCGCAGCAACAACATCTGCCACAAGTGTTCCCTTCGCTGCAACAGCCACAGCCAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004564:ENSBTAT00000005998:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.036 A=NA C2=0.819
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development