DreINT0093794 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052978 | mbnl1
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-704]
Coordinates
chr2:47963380-47970194:+
Coord C1 exon
chr2:47963380-47963533
Coord A exon
chr2:47963534-47970102
Coord C2 exon
chr2:47970103-47970194
Length
6569 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CCATTTTCCCTCTGAAAAAGTTC
3' ss Score
3.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATTCCTCACAGTGTCATGCCACCTTTACCAAAGCGACCCGCGCTTGAGAAAGCCAACGGTGCCACGAGCATGTTCAGCGCTGGCATGCTCCAGTACCAGCAGGCTTTGGCCAACATGCAGTTTCAGCAGCAGGCAGCCTTTATTCCTTCAG
Seq A exon
GTAGGGCTTCTGAACACCGCTTCAGCTCACCAAACCAAACCACGAGGGACAAATCACAAACACACACATTTTCTTTCTTATTTTACGCCGTCAGGGTTCCCACAGCCATCAAAATGTTATGGAAATATTTTGTGTTGCATTATGCTATTGTAAAATGATATCAGCATTTCTATTAACTGTTCACATAAATGTAGAATACGGAATATTTGTATATAATATATAGTAAATCAGTATTGTATCAATGATCAATATTTCAATTTTAATTTAATACAATTTCAAATGTAAAAAAAATCTAACAGTTAATATTTGGTTAGAATAGTATTACATTTAAATGAGATTAAACATACTGGATCATGATAAAAAAAATTCCCATTGCAATAAATAAAATACTTATAATATATAGTAAAGCAGTACAGTATCAATTATGGCAAGAATTAGTAATCTAATTTTAATTTAATTCAATTTCATATGTAAAAAAATGTCTAATAGTTATTGTTTGGTTAGAATATTATTACATTCAAATTAGATTAAATATACTGTATCATAATAAATAAATGTTCCCATGGCCATAAAATTACTCAATATATAATAAATCAGTGTAGTATCAGTTATGACAACAATTACTGTTCTAATTTTAATATAATAGAATTTCAAATTTAAAAAAATATGTATATTACAATTTTCATGTATTATGATTATAATACTAATTATCACAATAATTAGTATTACAATTTTATTATAATACAATCACATGTCTAATAGTTATTATTTGGTTATTATAATGTTACATTTTTATGAGATTAAATATACTGCATCATAAAAAAATAAAAGTTTTTGCGGCCATCAAAATGTTGGAACATTAATATAGAATTATAGAATTATAATTAATTCTAATTGTAATATTATCACAATAAATAGTTTTCTAATTTTAATATAATACAATTCAATATGTATAAAATGTCTAGTAGTTGTTATTTGGTTATAATAAGGTTATTTGAAGGAGATTAAATATACTCTATCATAATAAATAAATGTTTCCATGGCCTTCAAAATGTTGGAACATTTGTGGAAGTATTTTATGTTGCATTATGCTATTGTAGAATGAAAAAAAGTCAGCATTTCTACTAACTATTCAAATAAATATAGAATGAGGAATATTTATAAAGTCATAATATATAATAAAACAGTATAGTAAATAATTAAAAAATCTTCCCACGGCCTTACATTTTTTATATATAATATATAGTAAAACGGTATAGTATCAGTTATGACAAAAATAATATTGTAATTTTAATATAATAAAATTCCATGTATAAAAAAATCTTATAATTAATAATAATATTAATAATCACAATAAATAGTGTTATAATTTTAATATAATACAATTCAATATGTATAAAATGTCTAGTAGTTGTTATTTGGTTATAATAAGGTTGCATTTGAATAAGATTAAATATACTCTATCATAATAAATACATTTTTTCATGGCCTTCAAAATGTTGGAACATTTGTGGAAGTATTTTATGATGCTTTATGCTAATGTGAAATTATATCAGCCTGTCTATTAACTCTTCACATAAATGTAAAATGAGGAATATTTATATAGTCATAATATACAGTATAGTAAAACAGTATTTTATCAATTATGACAAGAATTAATATTATAATTTTCATTTAATTTTATATGAAAAAAATATCTAACAGTTATTGTTTGGTTAAAATAATATTACATTTAAATGAGATTAATTATACTGTATTATAATAAATAACTGTTCCCATTGTAATAAAAATGTTTTTGGAAGTATTTTATGATGCATTATGCTATTTTGAAATTATGTCAGCATTTCTATTAACTACTCAAATAAATGTAGAATAATAAATATTTTTATAGTCATAATATATAGTAAAACAGTATAGTATTAATTATGACAATGATTAATATAATAATTTTAATATAATACAATTTCATATGTAAAACATGTCTAATAGTTATTATATGGTTATAATAATGTTACATTAAATGAGATTAAATTTACTCTATCATAATTGATAAAGGTTCCCACGGCCATAAAAATGTTGGACCATTTGTAGAAATATTTTTTGTTGCATTATGCTATTGTAAAATGATATCAGCATATCTATTAACTACTCAAATAAATGTAGAATATGGAATGTTTATATTGTCATAATATATAGTAAAACACTATAGCATCAATTATGACAATGATTAGTATTTCCATTTTAATATATTACAATTTCATATGTTAATAATTATCGAATAATTATGATTGGTAACACTTTAGTTCAGGTCATAATTTATTAAATTTACTACTGGCTTATTACCTGCATATTACTAATATAGTAACTTTTATAAAGTAGCTATAAAGTATAAACTACCCAAAAGCTAAACCCAACTTCTACCAATGAATTCAGTTTATTAAGCCAGTAGTGTTGGTTAATGGTTTGTTAATAGAGTGAATTGCGATTTGAACAAAAGTGTTTGCTTATTTATTAACCTTATCAGGTTATAATGATGTTACCTTTTAACAAGATTAAATGTACTATATCATAATAAATAAATGTTGTAACATATCGTCACCTTGGAATTATAAGGTTCTATCTGCATTCTGAAAGATTTTGAGAAATTGAGCTTCATAGCATTTGCATAAAGCAAACAGTATGTGTGTAACATTTGTTTTTTCAAATAAAAAGTCTTAAAATTTAAATAACTTATAAAATACATCCCGTAATGTAATTGATCATTTATACCGCATACTATATTGTGTATAGTCAATTTAAAGAGAATAGTATAACTAATTGTATTAATATAAAATAAAGCTGACACTTTAAAGTAACAATTCACACAAGTAACTTATTAAAAGCTGATTATAAAGATATTAGATGATTATTAGCACTTGTAAAGTACAATATTACTAACTGTAATTAGGCAGCAAATTAATAGTGTATTGAGCCAATATTCTTAGTTAATTATTTGATAATAGTGTGAATTTTACATAAAAATAATGTGAGACCAAAATAAATATTAATTATATACATAATTACATAACTTTATAATCCATAATTTTTATTTAGAGTAGGAAATATAACAACAAAACTTTAAATAATCATTTTAAAAGCCAGTTTTCTAGTTTGAAGTTTGTATTTTTTAGTATCGCTCCATCTACTCTCTGTAATGCAGTGGTGTTTACATTCATAACAAGTAATCACAGCATCAGATTAACTGTGGAAAAGGTTTGTGCAAACTATTTGATCACTCGGTGTGGGAACCTTGGCAAAATGTGCACAAAAACTGGAGCTGTTTGTCAGTTTCTCTGTATCACCTCATCATCGTATCACATTACAACTCCTGCAGTCATGGCTTTCACTGCAAAGCACAGTCGCCAATAACCCTGAGATGCCCTTTAGTCATACTAACATCTGTTACACACACACTCACAAACAGACACACACACACACTAGTGCTCCCTTCCTGAGTTCAACTAATCGGTCTCTTACAGACACAGTCATGCTGTATCACTGTAATGATTATTGTCTTCCTTTAATTATGATTTCTTCACTCTAACCAACCTTGTGATGGGCTGTTGTGATTCTTCTCCCTTTCCAATCCACTTCCTGTTGCAATGCATGATGGGCAGGCTCAATATTGTGCATGACCCCTGCAGCGAGCGTGGGTAGGTTTCTAGACTTCCTCCTTTTAGTTGTTCTTACCCCCTCAAAATACACACGGCCGACAAACTGACATTGATGAAGTGGGCATTTTACTCTGTTTTCCGAATGCATCACATATGAAGCATTTACATTTCTGTGATTTCATTTAAAGTCAACATGAAATGGTACGTGCATTATTTATTCACTCCCATAAAGGGACACATATGGTGCCATACACACTGATATTTGCAAATATGATCAAAGAAGGCTATGAAAAATATCTCTAAATATTCACAAAATAACCTGAGCAAGCTTGAGTTCTGGATGAGAGTAGAGGATTTGTCAACCCAGGCTCATTTTGGTTACGTACCCATATATACATTTCTGGAGAGTGCCACATACGTCCCAGGAGGTATGTTTCTCTAGCGAGAGCCATTCACAGCTGCTTCTCTTGCGTAAATCCACCAGAGGCGGCTGTGTACGCTTTTTCAGATCTCAAATTTCTCTCGCGAGTGCCATTCGCACCTGTTCTTCTTACGTAAATCCACCAGAGGCCGCTTTCAAAGCTTTTTCAGACCCTAAATTTGTCTCGCGAGCACCATTTGCACCTGTTTTTCTTATGTAAATTCACTAGAATTGCTGTCCCGGGAGAGAACCCTGAGCTCTGAGATATTTGAGCCCAGGGCTCCTGCCCGGTCTAGAAGCATATCAGGGGATCCGAGATCAGGTAGGTCCCCCTTTAGAAGGGGAGAAAAAGCAGGAGATGGGGTGGAAGGGGGGATTCTTCCAAAAAGAAGATAGAGCAATAAGGAGAAAGTGATCTATTTATATTAAGCTAGGATCATTCTGATTGGATTATTACTGATTACGGATGAGTGGCCAGCAGTGCTCAATCATATCATGTTCTCCTCTCGAAATTAGTTTGTGAAACTTCACTTTGTTGAACAATAAAGACATTTTTCACAGCCTTCTTTGCTCATATTTACCAAAGGTGTCAATATTGGTGGAAGTTGCTATTCATCCAAGTCAAATATATACTAGAGCAGAACTTGGTTTTGCAGGGGATTCTGAAAAGTGGCTTTTAGACACACGAATGATAGAGTTGGAGGCTGAAAAATCATCTTTACATTCATGTGCATCAATGTAGCTATTAGGTAAGATTATACTGGTTAGGTATATTATGAAAGAAGCACTTGATTTCATGTTGACTTTAAATGTAAATTGGATTTCTCTGTTACTGTTAGCTCTTGCATTTTGTGTACTGTGTTGTGGGTTTTGGTGGCTTTATAAAGAAGATTGTTCACCTAAAAATGACATTTCTGTCATTTACT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Seq C2 exon
TTCCCATGATGCACGGCGCTTCCCCGGCCGCTGTGTCTGCAGCAACCACATCTGCCACAAGTGTTCCCTTCGCATCTGCATCAGCCAATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052978:ENSDART00000149135:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.247 A=NA C2=0.316
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]