BtaINT0098102 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002123 | MYO3A
Description
myosin IIIA [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7601]
Coordinates
chr13:26886110-26890961:+
Coord C1 exon
chr13:26886110-26886239
Coord A exon
chr13:26886240-26890881
Coord C2 exon
chr13:26890882-26890961
Length
4642 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TTTTCTCTACATTCCCATAGGTA
3' ss Score
10.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCATCTATAATGCAAGTGGGTTCTTGGCTAAAAATAGAGACACTCTTCCCACTGATATTGTGCTCCTTTTGAGGTCATCAGAAAACAGTGTAATTCAACAACTAGTCACCCATCCTCTGACAAGAACAG
Seq A exon
GTAAGCTGAGGCAATTTCCTTCCCTTTTTTTGTATGTGTGGGTTGGGTTTTAGTTTTATAAGAAGCTAGGTTTCCAGTAAAGTGTTTGAAGCACTCACCAGAAAGTTTGGTGGTGTTTGAGCTTCTCATTAGAAGAGTACAGTCACCCCCAGAGAGTTTAGAATTATCTGCTGTGTCAGGAGTGGGCAGCATGGGATGATGCTTCGAGATTCCACAAGTTTAGTGAGTTCTGCCTTATTGATTAAAAAGTCACATGCTTTTGTTCCAACCAACTATATAATCTTTGCATTTGCTTTTAAGTACAAAAAGTGTAATTCGGTTTGTTTTTCTTTATTGGAGTTTAACATTATTCTCTGCACTTCATTTTTTATAGTTTGAGTTCTAGTTGAGATATAATTCAACTATGGTTTATAGTTGAGGCATAACTGACATAGAATAAGCAGCACATACTTAGTAAAATTTGATGAGGCCTTGACATACATAGACTCCTGTAAAACCATCACCACAGGTAATAGTGAACAAGTTCATTATCCCCAAATGCTGTTTCCTCTTGAATCTTTATTGTCCTTCATTCCAGTCCTTCATGCCCCTATCCAATTGTTTCAGCATCATTTGTTAAAAAGATTATTCTTTTCCCTAATGCATTGCTTGGGCATCCTTGGAGAGATAGAGAAGGAAAGAGAGACTGTTTATTTCTGGGCTGTATTGTGTATCACTGATATTTGTCTGTCTTTATGCCATTAATACACCTCTTGATTGCTGTAGCTTTATTAAAATTTTTGAAATCAGGTAATATAAGTCACCCAGCTTTGTTCTTCTTTTCCAGAGTTGTTCAGGTGTGATTATAATTCCTTTGCCTTTCCATGTAAATTTAAAATGGAGTTTGTCAATTTCTACCCAAAATGCTGGTGAAGCTTTGATTGGATTGCCCTGAAGCCATAGATGAGTTTGGGGATATCTGCTATCTTCATAATATTGAGTCCTCCAATCAGGGAGCACAATATGCTTATTTTTCAAGTCTTCCTTAATTTCTGTCAGCAACATTTTGTAGTTGTCAGTGTACAAGTCTTGCATGTTTTCTGTCAAATTATCTGCTATTATATCACATTCTATGCTCTAATAAATGGTGCTTTTTAGTTCAAATTTTGTATGTTCCTAGTATATGGAAATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGAACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACGTGAGTCTGAGTGAACCTCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGACCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTTGCAAGGAGTCGGACACGACTGAGTGACTGAACTAAACTGAGTATATGGAAATCCATTTGATTTTTGTGTATTGATCTTTTGCCCTGCAGTGTTGCTAAACTCATGTTAGAGTAGCTTTTTTTGTAAATTTCATAGGTTCTCTACATAGATGGTGATGTCATCTGGGACTAAAGTGTTTGCCCTTTCTTTTTCATTCTTTTTATGTTGTGTTTCTTCATATTGCCTGGTTCCACTGCCCAGCATCACAGATGCAATGTTGAATACAAGTAGTAAAAGTGAACATTCTTGGCTTATTCCTGATCTTGGAGGAAGCCATCAGATTTTACCCACTAACTATGATATGTTAGCTATATGTTTTTCATAAATGACCTTAATCAGGAGGAAGTTGCTTTCTGTTTCTAGTTTGCTAAGTTTTTATCAAGCATGCATGTTTGAATTTTGTCAAATGCATTTTCTGCATCTACTGAGATGATTATTTGTTTTTACTTTGTTTTGTTTTTGAAATTTATAAAAATGGTGAGTTGCATATATTGGGTTTTGAACATTACACTAACTTTAATTCCTGGGAAAATCTTGACATGGTCATGATGCATTTGACTATGTATTGCCAGATTCAATTTGCTAACCTTTTGTTAAGAATTTTTGCATCTATGTTCATGAAGAATATTGGACTGTAGTTTTCTTATAATGTTTTTTCTGATTTTGGAATCAGAGTAATGCTGGTCTCATAGAATGAATTGAGAAATAATGCTTCCTCTTCAATTTTCAGGAAAAATAGGGTGAATATTAGTGAGTTGCTCAGTTGTGTCTGACTCTTTGCAAACTCATGGACTATACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGCATACTGGAGTAGGTAGCCTTTCTCTTCTCCAGGGCATCTTCCCAACCCAGGAATCAAACCCTGGTCTCCCGCATTGCAGACAGATTCTTTACCAGCTGAGCCACAAGGGAAGCCCAGGAATACTGGAGTGGGTAGCCTATCCCTTCTCCAGCGGAACTTCCCAACTCAGGAATCGAACCGGGTCTCCTGCACTGCAGGCAGATTCTTTACCAACTGAGCTATGAGGGAAGCCCCCAGGGTGAATATTATTTGTTTCTAAATGACTTTGTAGAATTCATCAGGGATGTCATCTGAACCCGAAGGGTTTTTGTGTGTATGTACATGACAGGGCTTTTAACTGCAGATTCAGTCTTTTGATAAATACAAAGCTATTCAAGTTATTTTAATTTTGAATTAGCTTTAGAGTAGTTTTATCTTTTAAGAAAAATTTCTGTTTAATCTGTGCTGTCAAATTTATTGACATAAAGTTGATAATAATCTCTTATTATCCTTTTGATATTTGTAGATCATGAGGTTATATCTGTTCTCTCATTCCTGATATAAATAACTTGTGTCCTCTCTCATTTTATTTTTGATAGATTTTCTAGAGATTTACCAATTTTATTGATATTCTTGAAGAACCAACTTACAGTTTCATTGATTTTACCTATTGAATTTTTCATTTTATTTTATTGATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTGTCTTATTGTTTTCTTCTTTTTCCTTTGGGGTTTATTTTGTCTTCAAATTTCTAATGTGAAAACTTACGTCATTGATTTAAGAAAATGTCTTCTTTTCAAATATAAGGCTTTTTAAAAATATATTTATTTTAATTGGAGGCTAATTACTTTACAATATTGTAGTGGTTTTTGCGATACACTGACATGAATCAGCCATGGGTGTACATGGGTCCCCCATCCTGAACCCCCCTCAAATATAGATTTTTAAAAGCAATTAATCTATCCTAATTAATGTGCTCTTCTCACTTTGTATATTCATCATGCTTCCAAGAAATCTCTAAGTAGGTGGTCATTTTTTCCCCAAGTAAATTTTCTTTTCCAAAACTTTCCCTGGTAATCGTAAACAAAAACAAAACAAAAAAAACCCACTAAGCATAATTCCCAAAGCTGCCCCTCTGACAATGCTTGGTCCACTCACCTGTGTCCAGAAGAGTCTCATTTCAAGAGTCACCTGTGCAGAGACAGTTTCAGCCCAGCAGAAAAGCCACGCTGTCACCCCAGAGCTTTTCCTGAAGTGATGAGGGGAGGGGAATGAGACCAGAGCAGTGACACAGCCAGCCACAGCCCAGGCAGGGTTCCTTCCTGCACCCTTAGCTCAGAGCCAACCTTCCACAGCCACCAAAAGACAAAAAAAAAGGGGAAAAATTTGCCAAAACACAGCCTGTACTTATCGCCTAAAAGGACAAAATTAACAGTCTTCCTGAAGTGACACTGAATTCTGGAGATATTTCAGACACTTCTCCTAGGATGATACACTCATGGATCGTAGGTTGGTTGGTGTACTGTGCTTGGTGGGGGCAGTGGGAAGGGTGCGGAAGGAGTGAAAAACAGCTAACATTTCTAGGCACCCACCTCACACCAGACCCACTGTCATGCCGTCAAAATCCCATGAGGTGGGCTTTATCATCCCCATTTTATGAACTCACACTGTGACTCGGAGACCAAGTAAATAATCCACAATTTAAGCACTACAGCTGGAACGTAAACTCAGGTCTTCCTGGCTTCAAAGGACATAATATTTTCACTACACCACGAGTTTTCATAACCTCGACTGTGTACAGTTATATAGCCCAGCACCAGGCACATATTTCTGAATGTTAGGTTGAAAATGTCCTTTGCTTTCAACCATGTTTGATTTGCATATAATTACTTCATGTGAATTAATGATCCATATGATTTTTAAGGTCCATTCTAAAGCTGACGTTTGCATTAAGGAAAAGCTCAGGGGATTTCTCTAGCAGTCCAGTAGTTAAGACTTTGCCTCCCAAAGCAGGGGCTGCAGGTTTGATCCCTGATCGGGGAGCTAAGATCCCAGGTCCCTCGTGGTCAAGAAACCAAAACATAACATAGAAGCAATATTTTAACAAAGTCAATAAGGACTTTCCACATAAAAAAAAAAATCTTAAGAAAATCTCAGGTGCTGTTTAAAGCACACACACAAAGAAGCAGATTGCTTCCTTTGTCTTAATCACCCCATATCTTGTAGCAGGTAAAAGGAAATCTAACACTTACCTCTACTTTTTATGTTTTTTAAGCTGGAAGTTTTACTTTTTTTCTGAATTTAACACTAGCTATATATTTTCGAATAATATTATTTAATTTCTAAGTGTCTCAATGACTAGTTAACCAAGCATGCATATTGTGGGAAGGGCAATTCTTATTTTAACTTTCAAGTGGAGGAAACCTTGTAGCTGTGAAAGATTCTAAAGAATTTTCTCTACATTCCCATAG
Seq C2 exon
GTAATCTGCCACATTCTCAAACTAAAAACATAATAAACTATCAAATGAAGACTTCAGAAAAATCAATCAACCTGACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002123:ENSBTAT00000002745:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.556
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(6.1=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development