DreINT0100775 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010186 | myo3a
Description
myosin IIIA [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041026-4]
Coordinates
chr24:6163016-6167629:-
Coord C1 exon
chr24:6167500-6167629
Coord A exon
chr24:6163093-6167499
Coord C2 exon
chr24:6163016-6163092
Length
4407 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGA
5' ss Score
5.11
3' ss Seq
TTTTCTTTTCTTTTGTACAGGTA
3' ss Score
11.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATCTATAATGCCGGCGGCTTCCTGGCTAAGAACAGAGACGCTTTGCCTGCTGATATAGTTCTTCTGCTGAGGTCATCAGAGAATGAACTGACCCGTAAACTGGTTACGCATCCGCTCACTAAAACAG
Seq A exon
GTTTGACTTTTGAACTCAGTAGCAACTTTTAGAGCATTTGGTTTATCTGCTCTTTACTTGCTTCAGTTTCTGTCATTTTTTTACAAACGTTTCACACTTTATTTAATTTGATTTCATTTACACTATTAAAAACATTAACTAAGACTTTTAGCTGAATAAACTTCTAATTAGCTGCTTAGTAACAGTTAGAAAGGTAGTAGGTTTCAGGCCCATAGCCACAGGGGGTTGGGTGGTTCAAAAGACCCACCCTTTACTGACAAAGGTCCAGGATTTGTCCCATAAACTGATATGCCATCATAGATTGTGATTATAACCCATCGAAGAAAGCTTTAAGATGGAAATCTGATGTGAGTGAAGTCATCTACTGACTGACTGTATTGTTATTAAATAAAGAGAACATTTGATCTTTTATTCTAAGTCTTGGACCTTATCCTTGAAAAAAAAAATGACCAGTAAAAAGGTGTGAAGCACCAAAAGTTAATTTTGAAGCATATTATAGTTCATTTTAATACCTTAATTAAATTTTCATATTTAGGTCTACTATTTTACAATAGAGGCTAGAAAAGATGGGAAGCTCTCCGTTCATTCATTCATTCGTTTATTCATTCATTCATTCGTTCATTCATTTATTCATTTACCTTCGGCTTTGTCTCTTTATTTATAAGGGGTCATCACAGTTGAATGAACCACCAACTTATCCAGCATATGTATTACACAGAGGATTCCCTTCCAGCCGCAACCCAGCACTGGGAAACACCCATAGACACTCATTCACACACATACAATTTAGTTTATTCCTTCACCTATGCCAACTATGTCTTTGGACTGTGGGTGAAACCGGAGCACCCGGAGAAAACCCACGTGAACATGCAAACTCCATACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGGGACTTGAACTAGTGACCTTTTTGCTTGTCATTGTGTCGCCTAAGCTCTACATTATTGTGTTTAATTTTTTTATTATTCAAATGGCCAAATTCTGACTGAGGAAATCTGAATGTGCTGACCAGTTTGTTATTTGTCTAATAAATGACAATAGACTAAGACGTTTTAAATTCAAAACTTTATCCGATTCCTTATTTTTTTAATTAAATATGATGTGTTAAATTTGTATTTTAAAAAATTATAAGTATAAATCGTTTTTTTTTTCACATTTTTTTATTCTAAAGTGAAATGTTTTTGGTACGTCAAAAATTGTGGTTATGATGACCATTCGACAAGCTAAAGCAAAAAAGAAAATTGTGCTTAAAATGCATGGTTAAATAGAAAATGAGGAAAATAACTGCAAAAAGTTCCACTTTTTAAGAAAAAATGAAGCACCCCTTTTAGAGATTAGGCATGTACAATAATACCACACTTTATAAGTGTTCATAAACAGTTAATGTCTTAACAACAGGCAGGCAATAAAACTGTACTAAATAATGGAAAGTGTTACCATATTTTTTTGTTGCTAAGGAACCAATAAATCCACACGTTTGTCCAGACGTGCTCTTATAGCTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCATTTGCTCTCTCTACGTGAGATAGATTTTCTAAACAGTGACCTCTAATGATGTGTCACTCAGTCCAATCATTGTGTAATTGCCTCGATCTAGGACTCGTTGTTTCATTGTGCTGCCAAAAACAAAAAAAAGTGACTGGGGACATATTGTGACTTTGAGTACATGGTGTTTCGTTGACTTTAAATGTGAAAAGCGGAGTCCTGCAGGATGATTCATTCATTCATTTTCTTTTGGCTTAGTCTCTTATTCATCAGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTTTCCGGTATATGTTTCTTCCAGCCACAATCCAGTACTGGGAAACACCCATACACACATTCACAACCGTACACTACGGCTAATTTAGTTAATCCAATAGCAAGGCTAACCGGAGCACCCATAGGAAGCCCACGCCAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACAAAGAAATGCCTACTGGCACACGGGACTCGAAGCAGCGACCTACTTGCTGTAAGGCGACAGTGCTAACCATTAAGCCACCATGCCGACCATTCACATTTTAATTTAAAAAAAAAATGTGTATCAAAATGTTTCAAAATGAATAATACCACATTTCATGCACACCATATTTTGATAAAAACATATTTTATTGTTTCTTAAGCTCATGCAGTTGTCAGTCAAACCTTTAATTGAAAATTATGAAAAATGTCTGAATAACAAAAAATATTTATACTGAATATATACAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACACAATACAATTACTCTACTTCTCTGAATTGTTATTAACTAATTTATCAATGTTTTTCTTTACCATATGCAATTGTAAATAATACTGTACATGTTGTTTAGTTGAAAAATATAATTATTCTGCAAAATAGACATAGCTCTGCTTCTCTTAATTTATTCATATAGAACAGTTGATTTTACGCACCGTATTTAAGCAAGTACAATGTATCTTCAGGTTTCTAAGACTTTTTAAGATCTTTATAAAACTATACAGAGTTCATATTATGACCAATATTTTGGTACCAATTTTGTTTAAAAAAAAAGCAACCAGCACAACCAATTACCATGAACACCATTGTCACAAACAGGTCTTAACCACGGTGTAAACTTAGACTTGTGTAAGTCTAAATCCTATGTTCCTTCTTCATTTGTTTGTGTACGGGTTGACATAGCTGCCATAAGCTATCCCAGCAGGCACAGGACATCAACATGACGTCAGATTGGCTTTGTACCTCAATGTTGTGGGACTTTGCAGTTTTTTTTAGAAATCGAGTTGACATCAGAACCCAACGTCAGACCGACATCAGTGTCCAGCGTCCAACGTAAAATCAACCAAATATCAATATCTAATAATGTTACAGCTTGACATTGTGTGATTGTTATCACGTCATCTGTCAGACGTTGGATTGGATTTTGGCTGCCTTACCTGACAAATAAATGTTAATATTTGATGTCAATGTGACATTGGTTTAAGATGTTGGTTCGATGTCAGATTTTGGTCAGTTTCAACACAACCTAAAATCAACCAAATATCAACTTCATTTGACGTCATTATTGGATGTCAAAGTAACATTGTCCTTAGACGCTGACTAAATATTGAATTTTGGTCTCCTGATGTGAGGACCTGAATCTAACTTAATATTAATGTTTTATGATGTTGTGTGCCTTCTGAGATTCGTGAAATCCTTACAAACTGCATAAACGAAATTCCCACAAGTTGTCTCACGGCAATTCATAACTTTTTGATTCAGTCGCCAATTCGTATGAATTCATACAATCTAATTCGTACCATTTACTACGATTTGCTCATCACCCAATGACAGGTGGGGTTAGGGGTGGGGTTGGGTGCCCCGCCTCCTTTTTAAAATCGTAAATTTTTGTAAGACTAAACTCGTACGAATGAGCCACTAAACTGTCAAAACGTAAAATACTTACGTTTCCCTGTGAGATCAGGCTGGTATTTCATAGGGTTTTGCCTATTTTCGTTCTGACAAATACATCAATGAAGTAGATTTCAACAAAATCACGAAGCAAACAAAATCAATTTGATAGAATTTTTAAAACCCTTTAAACGTTTTAAGACAAATTAGGTCCTTATTTTTATACTATAGATTCACTGTAAGACTTTTTAAAGCATCTGCGGATAGAAAAGTAATCCCTTTACTTTTTCAGCTGATAAGTAATTTATTACACTAACTAGTTACTTTGTAACTAATTACATTCAACACTGGGCTTAACGCAGATGCCTCTGAAAGAATTGAAATTGTGTTCAAAATGGCATGAGAGCAGTCAAACGAACAGTTCAGTCACGCTCTATTAGATGACGCTGCATTATAGGTCACACTACAGTCACACAGAATGGAAATGACAGTGCGAACACCATCCTGTCTGAAACGTTGAGCTGAGACTTTGATCTATTGGTCTGAATGAATGTACGCAGCACGAGAAAATGTGCTCGCTCCCTTGTGATCTGATGTGATGAATGGAGGTCGTCTGACTGACACACTCAATTACGTCCACTGAGGTGCGCCCGGGATTGTTTCCATTGGGATTTCCGGCCTATGGGCTTCATTCAGAAGTCTTTTGTTGGCTACTTGACCATTGTGAAGCTTATTTATGTCATATCACTAACCTTTGAAGACCATATATCTGAGTGCCCTTGAAATGGTTGACCTTGTGATAAAAGGCAGATTATCACAGAAGAACATGTGACTTATCTAATGAATTATCAGTGATTTGTATGGAAAGCAGATTTTTCCACTGAACTCTTTTTCTTTTCTTTTGTACAG
Seq C2 exon
GTAATTTGGCGCACACTAAGGGCAAAGCTGTGGGCTCTGCTCGGATGGGCACACAACAATCACAGCGCTTTGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010186:ENSDART00000136041:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.159 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.8=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]