BtaINT0100732 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013339 | NEBL
Description
nebulette [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16932]
Coordinates
chr13:22384878-22410187:-
Coord C1 exon
chr13:22410038-22410187
Coord A exon
chr13:22384985-22410037
Coord C2 exon
chr13:22384878-22384984
Length
25053 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATCA
5' ss Score
6.35
3' ss Seq
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7.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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TAAGGAATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTCTTTAATGTCCAG
Seq C2 exon
CGCCTGTTCTTCCTGGAGCCTACCAGCAAAGCCATTCTCAAGGCTATGGGTACATGCACCAGACCAGCCTGTCATCTGTGAGGTCAATGCAGCATTCACCAAATCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013339:ENSBTAT00000061339:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.196 A=NA C2=0.361
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development