MmuINT0107323 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000053702 | Nebl
Description
nebulette [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921353]
Coordinates
chr2:17350705-17374356:-
Coord C1 exon
chr2:17374185-17374356
Coord A exon
chr2:17350812-17374184
Coord C2 exon
chr2:17350705-17350811
Length
23373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGC
5' ss Score
8.72
3' ss Seq
CTCTGTGTGTCCATGTGCAGCAC
3' ss Score
8.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000053702:ENSMUST00000028080:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=19.0),PF0088013=Nebulin=WD(100=37.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types