Special

HsaINT0112249 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
nebulette [Source:HGNC Symbol;Acc:16932]
Coordinates
chr10:21076131-21101869:-
Coord C1 exon
chr10:21101698-21101869
Coord A exon
chr10:21076238-21101697
Coord C2 exon
chr10:21076131-21076237
Length
25460 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGC
5' ss Score
8.72
3' ss Seq
TGTGTATGTTTAACATGCAGCAC
3' ss Score
6.37
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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GAGTGAAAAGGCACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCTCTTCACAGGTTCAAACAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTACCTGCCACCAAGCCCAGCTAATTTGTAATTTTAGTAGAGTTGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAAGCAATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCCAGGACTAGACAGGATTTAACTAGGATCTAGTTCATTATTTAATACTTACTTCAAAACTAGCAGCATAGTCCTACTTTCTCTTTTAGCAATTCCTCTCTGATTGTCTAAATAGGGGTTCTTTGTCCTAAAAAGAAAAACAAAACCTCATTAAGTTATTTGACATACATTAGCTGATAAAACAGTAGTCAAGTGTTAGAAAATATGACAATAATTGCATTGTGTCCTAGACTCTTTATTGGGAAATTTCTGAATGGTGATTTTCTCCCTTTTTCTGGATTTTTTCAAAAAGTAAGCCCATAGGAAAAAACCCAAATTATTTTCTCTTTTCACATTACATCTATAGTTAAAGTACCATTTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTCTATTTGGAATTTGGCCATCGACTGTATCTCTATAGTCATTGAGGGGCCTTCAAAACCTTCACCTTTTCTTTGATGACTTGAAACCTTAACTGTGGCTTCACTGCACAAATAATTTTTTTGCTGCCTTCCTGTTCAATCTCTCAGCCTCTGTTGTATTTTGTTCTGTAAAGTGGGAATGGTATCTGTTTTAGATAGTTGTTGCAGTAATTAAATGATGGCATACAAAGCACCATGAACACCAAGGACACTTAATCATATTCTCTTCTTTCACGCACTCTGCGTACATCCCCCCCAGTGAACTTCTTTTTGAGTACTCTTCAACGTTTCTTGTGGGTACATTTCTTCCTTTCATTTACTCTAATCTTTGTGTATTTACGTATATTTCCTCTTTTCCAGTTTCAGATTTGGTGAGCCTCTTAACATGTTCTTAGCATGGTGCAGTGCTCACGCCCATAATCCCAGTGCTTTGGGAGTCTGAGACAAGATAATTGCTTGAGACTGGGAATTTGAGACTAGGTTGGGCAATGTAGCAAGATCCTGTCTGTAGGGAAAAAAAAAAATCAGCTGGGCATGGTGGCGTATGTCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGAAGTGAGCTGTGATCACATCACTACTCTACAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCCCATCTCAAAAAACACAAACAAACAAAAAAACAAAACTTTTCTTCCTCCCTTTTCATCTTCTCTTTTATGATCTTCACATGTATTCACTTCTTTATCTTGGTTTTATCTCTTTCCATTTTAATAATAACCATTAAGCAGAAAATAGCCTATCTGTGGAAGTACTTTATTGTACAGTAGAAGAGACATTTTGATGTTATAAATGTTGTAGAATATTCCATATAGAGCCTGAAATGCTTAGAGCTTTAGACAGCTTCTAGATCTTTGGTCAATAAATCTTACCAATGTGAAGTGAAAGTTGAGTCACACTTCTGTGTATTTTCATTGACTTAGTATAACTAAAACTATTATTTGTGGCTTTAATCTTGTTGACATAAAACAACCTGTCAAACTCAAACTCTTTGGTTAGAAAAGCCATTGTCCCCCATTTGTAGCAATGCTAATGGTATCTGATGACTAGTTTAATAAACAGGGCACTATGCTTTTACTCTTTGATTGAAAAGCCCTTGTTTGTTGCCAAATGAACCTGACATCTTACTTTTTAAAAATCCTTTGATTCCACATGTTCATGGAAGAAATCTCATACATGGAATAGCTATCTTTCAACCAAATTCTCAGTGAACCAAATGTGAAGCCATTGCTTTAGATTTCCTTTTGCTTGTTTTATTTACCTAAGTTTCCAAAAAAGGCATTCCTGTAGCATAACAATAGAAAAGCAGTGTTTATGCCTCTTCTTAAATTGCTGTTTGCTTTTACTAAGTTGATTTCTTTAGGCTTTCAATTATGTTTGTCTTTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCATTGCAACCTCCTCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTACCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACACACCCCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGTTTCACCATGTTGGCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCCAGTGATCTGCCCACCTCAGCCTACCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGACCCATCAGTTATTTTTTTTATAACCCCTATAGGAGTTCCCTAAAAACTCTTTTATTGTACCAAGTATAAGGTAGATAACTAGGTTTTATAATCCCAAAGAAACTTTTTAATAACTAATTCAGCCAGATGGCAAATGAGAATAATCAATAAAGGCATGAAGATAAACTGCAAGGGCTAGATAGATGGCTTATGTTTATTCCAAAGTTTCTCATTCTAAACTCCCTTCCCTGCTGTCTGCAACATATACACATTTAGAACTAATACATTACTTTCTTTTCTTGCTATATTTAACAGTAGCACAGGTTCCCTTTCAAAGTCAGATATAAGTAAGGAGTAGGCATAAATATAACTTGTATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATACACACACATATATATATACACATATACACACACATATATATATACATATATCTATACATATATATATGTGTGTGTGTATGTGTATGTATATATATATATAAAATTTGAGATAAGATTGCTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGTGGTGAGATCACATGGCAGCCTTGACCTCCCAGATACAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTTCCAAGTAGGTGGGATCACAGGCATGCACCACCACACACAGCTATTTGTTTTATTTTATTTTTAGTAGAGACAGAGTCTGCTATGTTGCTCAGGCTGGTCTCAAAACTTCTGGGCTCAAGCAGTCCTCCTGCTTTGGACTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATACCCAGCATACTTATTTTTTGAAAGCCAAAATGAGAAAACATTGTTAAGCAACATTCTTGAATTGTCAGCACTTAACAGGCACTAAGCTGGGACTGTGATGTATAAACTAGGTGAACCTAAATGTATTACAGAGTGTGAGATAGCCTATTTTCCCAAATTTTTCAATGTCCATTCCTGAAAGTTTTTCTTAAACATTTAAAGATGGCTGTGCTTACCTCTACACATTAAAACTTAAAGTTCACAGTTAAATGGTGTAACAATGAATTAGAATTTAATTTTTATAAATTTACAGAGATGTTTATATTTAATCTTTCAAACTTTACAAATAGATTCAAGTAGTAATTAATGAAGCCATGAGTTGTTTAAATGGTTAAAAACCAGTGCAAGACTAACAGTCTGGAGTATGCAGGCTGAATCATTTAATTGGAAATACCGTGAGTAGCCAGTGCCATTTTGTTAATTGGGTAAAAGGCCAGGTGCCCAAGACCCTCGGTGCTCCAGGAGAGCAATTGTTTTTGTCACCCCTTTTCTTCCTGGCATGCCTTGAACATAGTGGACAGTAATAATTATTGTTACCATTTGTGAAGGCTTACTATGTGCCAGGAAATGCAGTATGCTCTGTGCACGCATTAACTGATAAATATTTGCTGAGAGCAGAGACAGTGAATGAATCAATGGACAAGGCTTCCAGAGTCTAATATAGAAAAGCCTCCCTACTCAGCTAATTAAGTGGGCCTGGAGATCTATGGGAATTTCATTCTTTTTTCTTCGTGAGTGGATTTTGACAATATCTTTAACATCTGTTGATATCAAATATTTAAATTTTGTTGATAATGTTAAAAAGTGTTCTTTTCTGAAGTATTTGATATTTAATGATGTTTTAATGACTTTGCAATATACTATAATTCAAGTGGAGATCTTGGCAGTTTCTCTTTGGTCCCCTATCTGGACATTAAGCATAATTTGTAATAACTTTATAAGATAAATTCACTCAAGAACTATTTAAAAAATCCCCTTTCAATCTAATATAATTATCATCTGGAGAACATATTAAATGATTTGTAATTTTCTGATGATTAAACTTCTTTAAAGTATTGATGTTCTCACTTATTAGAGTGAATTTTCTACTTATAAAATATTAATTATTCATAACACTCAGAATTAAATCTTATTTCTTTTATTATAAAAACTGTTCTGAATAAATCAACCCATTATAATTACTTTATATACTCAACCTGATTAAACAAAAATGGCAAACTATTATATATTTTATAGCACATATGACTATAAGTTTTACTAATGTAGCACATAAATTTTTCAAAAGACAATGAAGGGCACGCTACGAAAATACCCTCATTTATAGCTCATGTTTCTGGTCACAGATAACTTAAACACATTCACAGAGAAACACACAAGCATATGTCTGCTGATTCTGTGGGGTTTTAAAATCTAGCTTCTGTGTTGGCTTCTCTAGAATTCCGAGTTCTTCAAAACAGGAACTATGCCTTTTGAATGTCATAATTAGTGGTTTGGAGAGCACATACTAAATGAATACTATTTTGATACTTTTTTAATATAGAAGAATAATGTTTATGAAATTCTTTAAGGATTTGGTTTCTCAGGCTTTTGTAACGTATTTAGCTGACTTATTTAGTCTTGATAAGTCAGCTGAATATCACTCCTTCATAAAACAAAGACTTCATATATTCTAAGTAAATGTTTCTTTAAAGGGTATGGACTTTTTGTTAACTACCGAACAAACGTGTTGCTAAACATACGTTATGTTTGCCGTCTTTGTAAAAGT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Seq C2 exon
CACCTGTTCTTCCCGGAGCCTATCAGCAAAGCCATTCCCAAGGCTATGGCTACATGCACCAGACCAGTGTGTCATCCATGAGATCAATGCAGCATTCACCAAATCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078114-NEBL:NM_001173484:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.450 A=NA C2=0.472
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=19.0),PF0088013=Nebulin=WD(100=41.4)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development