HsaINT0112268 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000078114 | NEBL
Description
nebulette [Source:HGNC Symbol;Acc:16932]
Coordinates
chr10:21076131-21097588:-
Coord C1 exon
chr10:21097439-21097588
Coord A exon
chr10:21076238-21097438
Coord C2 exon
chr10:21076131-21076237
Length
21201 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATCA
5' ss Score
6.35
3' ss Seq
TGTGTATGTTTAACATGCAGCAC
3' ss Score
6.37
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CACCTGTTCTTCCCGGAGCCTATCAGCAAAGCCATTCCCAAGGCTATGGCTACATGCACCAGACCAGTGTGTCATCCATGAGATCAATGCAGCATTCACCAAATCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078114-NEBL:NM_006393:26
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.248 A=NA C2=0.472
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)