BtaINT0105575 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000845 | OLFM3
Description
olfactomedin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17990]
Coordinates
chr3:41613709-41640467:+
Coord C1 exon
chr3:41613709-41613928
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:41640361-41640467
Length
26432 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTGAGT
5' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CCTGTGGCAAACTGATGAAAATCACAGGCCCAATTACAGTCAAGACATCTGGAACCCGATTTGGTGCTTGGATGACAGATCCGCTAGCATCTGAGAAAAATAACAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000845:ENSBTAT00000054068:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0219111=OLF=PU(12.8=88.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]