BtaINT0105841 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015291 | ORC4
Description
Bos taurus origin recognition complex, subunit 4 (ORC4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046301]
Coordinates
chr2:48334931-48344472:+
Coord C1 exon
chr2:48334931-48335021
Coord A exon
chr2:48335022-48344396
Coord C2 exon
chr2:48344397-48344472
Length
9375 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAA
5' ss Score
4.79
3' ss Seq
AACTTTTTAATATTATTTAGTTA
3' ss Score
4.87
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACTTAATTGAACTGCTAAAAAGAACTGCTATCCATGGAGAAAGTAACTCTATTCTCATTATTGGACCCCGAGGTTCAGGAAAGACCATG
Seq A exon
GTAAAAGCTGTTGATTTCTGGCATTCCTTTGTTTTGTAGGCATGTGATGAGTCTTGTGGACAACATTGAAAATGTTTTTGATTATTTTCATCCTTGTGTTACTAGCATTTTTTTTTTTTAATTTTAAGTCTTAGAATACATGCAAAGCCTTTATAAAGTTAGACTTGTTTATTTAAGTAGAGTGATCTTTTTTTACCTTATTTTTCATCACAGTAACAAATTTTCAAATGTTATTTGTCCCATTGTGGTCTTTGGTCCTTCAAGAATTTGTGACTGCCAGTAGACAAAGCAAACTGGCATTTATTGAACATGTTCCTTGAACCTTTTATTTATCTTGTTATTTATTCTTTACATTAACCCTGCAAGGTAGGCATGATATTGTCTCTATTTGTAGATTAGGTAGCTATCACATCAAGCATTTTTTTTCTTTTAGTTTATTCTGTAACCCTAACTTAGGCAAGTTTTTTTAATATATACATTCACATCTTTTAGAGTTATCGTCTACTTTCCATCTTTATTATATTACTTTGGTTACCTCATAAAGATAACTCTTGCTTTTTTACCCTTGCTTTCTCTTTTCATTTTGTTTGTTTAGTGTATAAGACCAGTTATGGCTATTATATTACAAATATTACTGTGTAATTGTATAATCTGCTTTTGCTTTATTCCATGCAGTAAATTTAGATTTCTCACTAATACACATTTTTACTGTGTATAGAAGTAAAATTGTGTATTATGTATTATTTTATATTAAGTAAAACTATGTAAAATAGAATTAGAATTGTTTTTATTTTTTAAGCAATACAGTTTGACTGTACATTTTGTAAAAATTAGGACTTTAGGATTTTACTGTCATCATCTGTTTCCATTATTATTTGTAGTACATAAATTGGAGATTTAGATCTAAATAATTTATTTCCTTTTAAAATTTTTTCATTTATTATAATCACATTTATGACCGTATTTATTTTTGACTCTGTCTAATTTATGTTCAGTCCTTTGGCTTAGTCCTTGTATACAACCACTATTTCTTTATCCTTAGTTTTTTTATTATTTTTCTTTGTGTTTGACTTCAGTGCTATTTATGGTAGTTTATATAGGAATAGTATGTGACTAATATACTTTTGAGCTATAAGACTATTATTAAAACAACAGCTCTGTTAACAGTAGAAAAGTTGAGGAAAGATATGCACAGAAGGGTCATAGGAAATTAAATACAAAGCAGTTTTAAACTTAGAAACATGTTTAATTTCACTCATAATCTGGTAAATTAAATAAAAATATAGTAATTTTTTCTATAAGATTAACAAAAAGATCTATAAAGTTGATAACATACTGATGTTCTTACTGGTGGTGTAAATTAGAATTAGACAAAATCTAACCATATTACAAATGTGCCTACTTTTGACTCAGCAACATTTCTAGAAATTTTTCTTTGTGAAATGATATGTGTATTGTTACTCATTGCAGTAATGTTTATTAGCAGTGCAGGATGAGAAACAGTATAAATGACCCTCAGAATACTGATTAATAAATCTTGATACATCCATCCATGTAATGGACTACGATACTGCAGTAAAAAAAGAATACAGAAATATTTGCATATCATCCAAAAAAGGGAAAAAATCATATTGTTGATTTCTCCATGAACAAAAGTTCCCTTAAATGTATACATTTAAATTTTTATTGAAGTATCATTGATTTACAATGTTGTGTTAGGTTCAGATATACAGCAGAGTGAATCGGTTATACATATACTTATGTCCACTCTTTTTAAATTCTTATCCCATATAGGCCATTACAAAATATTGTGTAGTGTTCTCTGTACTATACGATAGGTCCTTATTAGTTGCCTATTTTATGTGTAGTACTATGTTTAAGTCAACCCCAGTCTCCCAATTTATCTGTCCCACCTTTCCCCCTGGTAGCCACAAGTTTGTTTTCTACATCTGTGATACTACTTCTGGTTTATAAACAAGTTCATTTGTACCCTTTTTAAAAATTTTCCACATATAAGTAATATCATATGATATTTGTCTGTGTCTAACTTACTTCATTCAATATGACAGTCTCTAGGTCCACTCGTGTACCTGTAGATGACATTATTTTGTTCGTTTTTATGGCTGGGTAATATTCCATTCAGTTTTCATTCCAATCCCAAAAAAAGGAAATGCCAAAGAATGTTCAAACTACCACACAATTGCACTCATCTTTCACGTTAGCAAAGTAATGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAATAGTACATGAACGATGAACTTCCAGATGTTCAAGCTGGATTTAAAACAGGCAGAGGAACCAGAGATCAAATTGCCAGCATCCACTGGATCATCAAAAAAGCAAGAGAGTTCCAGAAAAACATCTACTTCTGCTTTGTTGACTATGCCAAAGCCTTTAACTGTGTGGATCACAACAAACTGTGGAAAATTCTTAAAGAGATGGTAATAACAGACCATCTGACCTGCCTCCTGAGAAATCTGCTTGTCAAGAAGCAACAGTTAGAACTGGACATGGAACAACAGACTGGTTCCAAATTGGGAAAGGAGCATGTCAAGACTGTATATTGTCACCCTGCTTATTTAACTTATATGCAGAGTACAACGTGAGAAATGCTGGGCTGGATGAACATGAGCTGGAATCAGGATTGCCGGGAGAAACAACCTCAGAGATGCAGATGACACCACCGTTATGGCAGAAGGCGAAGAAGAACTAAAGAGCCACTTGATGAAAAGGAAAGAGGAGAATGAAAAAGTTGGCTTAAAACTCAACATTCAAAAAACTAAGATCATGGCATCCGATCCTATCACTTCATAGCAAATGGATGGGAAAACAATGGAAACATGACAGACTTTATTTTTGGGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGACCCTTGCTCATTTTAAGAAAAGCTATGACCAACCTAGACAGCATATTAAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAGAGGTCTGTCTTGTCAAAGCTATGGTTTTTCCAGTAGTCATGAATGGATGTGAGAGTTGGACTGTAAAGAAAGCTGAGCACTGAAGAATTGATGCTTTTGAACCGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCTCTTTGGACTGTAAGGAGATCCAACCAGTCCATCCTAAAGGAAATCAATCCTGAATATTCACGGGAAGGACTGATGCTGAAGCTGAAGCTCCTATTGGAGCTTGGAGTATTCTTTGCAGCCAAAGTATTCTTTGGCCACCTGATGCGAAGAGCTGACTCATTGGAAAAGACTCTAATGCTGGGAAAGATTGAAGTCAGGAGGTGAAGGAAACGACAGAGAATGAGTTGGTTGGATGACATCACCGACTCAATGGACATGAGTTTGTGTAACTCCGGGAATTGGTGATGGACAGGCAAGCCTGGCGTGCTGCAATCCATTGGGTTGGAAAGAGTTAGATGTGACTGAGCAAGTGAACTTACTGAATATTCCATTGTGTATAAATATATATATGCACCACATCTTCTTTACCCTCTCCTCTGCTGATAGACATTTAGGTTGCTTCCAGCCCTGGCTATTGTAAATAGTGCTGCAGTTGAGCTGAATATCGAGGTGTATGAATCTTTTCAAATGATGGTTTTCTCCGGGTAAACACCTAGGAGTGGGTTTTCTGGGTCATGATATTCTATTTTTAGTTTTTTAAGGAACCGCTGGGCTTCCCTGGTGGCTCAGAGGTTAAAGCGTCTGCCTGCAATGTGGGAGACCTGGGTTCGATCCCTGAGTTGGGAAGATTCCCTGGAGAAGGAGATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGAGAGAGGAGCCTGGTGGGCTACAGTCCATGCGGTCACAAAGAGTTGGACATGACTGAGCGACTCCACTTTCACTTTCACTTTATACGGTTCTCCATAGTGACTGTACCAGTTTACATTCCCATCAACAGTATAGGAAGATTCTGTTTCTCCATATCTTCTCCAGCACATATTGTTTGTTGATTTTATTGATGATGGCCATTCTGACCAGTGTGAAGTGATACTCCATTGTAGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATAGTGATGTTGAACATCTTTTCAAGTGCTTTTTGGCCATTTTTATGTCTTATGTCTTCTTTATGGTGTGCTGCAGTCCATGGGGTCACAGAGAGACACGACTTAGCCACTGAACAGTGTCAACAAATGTCTTTCTGAAATATTAAACAATAACATAGTGGGTTATTTGTTGAGTGGGATATGGGAACAGAGGTTAAGGCTCTTTTCACTATATATCTTTTTATTTTTTTTGAGGGGTGAACTATATGACCATGCAGTCTATTTTTAAAATTACAGAGTGGGAAGTTGGTTGAAGGCAAGGGGAAAAAACCCAGCAACCTAGTTAACAGAACAAATCACTAAACTCCTTCAGAACACATAAATATTAAAGAGATAGGAAGTTGAGTAACATAGGGAAATGTAAAAAGACTATTTTAAATCAAAATATTATTTTGCACGTTACTTATAAATGACTGGGATTAAACTCTTCCGTCACTTTTTTTTTTCCTCCCTTGAAATCACATAGAGTTTATTCAATTTGTGTTTTATGGGAAAATTCCAAGGGCAGGCTTTTCTTTTCCCTTTATAAACTGCTTTTTCAAACTGGATAGTTTAAATTATGCAGTCATACCAACCCTAAATTTCAGAGTCTTGACACAAATTTGTTGTTTGCTTTTGCTGTGTCCCCACACTGTAACAGCAAGGAGGCACTATTCTCTGTCTTCACTCACAAGAAATGGTGATGTTACCTCAGCATGTTCCTCCACTAACATCCCAGTGGAGGAAAGGAAGCCTGATGGATCAGGGACATTCTTAAAGTTCCTACCCAGAGGTGCTACAGAGCACATCTCACACTTATCTGACCGGAGTGAGTCACATGGTCACACCTAGTTTCAAGAGAGCAGGGCAGTGCATTTTTACTAGATACCTAGAAAGGGAGGTTAACCAGAAGTATGGTGAACCTCACTGATGACCACCACAGCTAACTTGTTTGAGTTTATATATGATTTTTCCTTGCCTAGATGCTTGTAGAATTGCTGTTTCTTAGCAGTGTGAAAGTTTCACAGGTTATATCAAAGTGTAGGTCGTAAAAACCGTAACTCTGCAAACCCTCTTGATGTGAATTTAGGTCTTTCTTTAGTAAAAGGATGATTTTCCTTTTTTTCCAGTTTTAATTATTGTTTTTGGAAAACACATTATATACTATGTTTGAATAACATTTTTACATGATACTTTAATTCTTCAAAGAGCTCTATAGTGATATTCTTGTATCAGTATAGGAGAAAACGAGGTCTAAGAAATTAGTACATTAGACCTGTTATTCCATCATACACTGTGCATCTTGAAGTAAAATGACCTACAACAGAGAAGTTGAATCTCAGTGATTCATGCATCAAAGTGTCAAGCCAGAAGTATAATTTGAACAGCTAATGACTTAATTTATTCTGAACTTTCATCTTGGAAATTTGTCTCTTAAGGCATACAGAAAGTTTACAGAAAAGGACATAGAGCTAGTAAATGCTTACAAAAATGTATAAGTAAATACAAATTAAACCTGAATACTCCATTTCATTAGTAAATTGGCTAAAATAGATATATTTGTTACAGAAAAAGTAAGCAGATAGTACAGAGTTCCCAAGTAGTCTCTCTCTCACAGACACACGCTCATACACACACTCACCCCGGTACAGTTTTCCCTGTCAATAACATCTTGCCTTACTGTGGTACATTTGTTAAAATTAATGAAACTATATTGAAACATTGCTAATTAAAGTCCATTGTTTACACTAAGGATTCTACAAGTCTATGGGTACAACACCATGTTCTGGTGCTTGGAAATAATTTATCTAATGTGACTTAACTGAAGTATGGAAAAACCCATACATGGTATTCCATTATGGTATAATTTAGTTTATTCCTACTGCATTCCAATATTGAGAGCTCAGAAAGCTGAAAAGCATTATTTAACTCCTCACTTTTATGATTTGTTGTGTGTGGGCGTGTCCTGAGATATAAAATAGGTTATTCTTAGATAAGAGTATTATTATATCATATAATTAGTATAATTATATATATCATGCTGCTGCTGCTACTGCTACTGCTACTGCTAATTTGCTTCAGTCGTGTCCGAGTCTGTGCAACCCCATAGACGGCAGCCCACCAAGGCTCCCCGGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCAGAAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTTGTGTCCAACTGTTAGCAACCCCGTGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCCATCCATAGGATTGTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGAGTGCCATTGCCTTCATAGCTTAGTATAATCATGTATAATTACAGAAATTTAAACTTAAAAAATAAGATTGTGGTATATTAAAAATACTACCCTTTAGCCAAACTGTCTAAAATACAAAAATTGAAAATCATCAGTTAAGTGGTAAAGATAACAAATTCTGTGGTTTGTTGTATTTCAAACATTTTATTTTAAAAATAGACATGGTTCCAAATGAGAGATTTAAGTCTGGAAAATACTCTTCTACATAGAAATTAGACTTGCTAGATGGTTAAAGTTTCTTCTAGTTTGTTTCTTCTGGTTGCATATTGTTGAATATTGTGTCCCTGAAAGTATTTGGGAATAGTAATAAAAGCATAAAAACCTCTGGATGCTGGCAGTTCAAAGCAAACTATACAAGTATATCTGTAACATTAATTTTTAGCTACAAAGAATGTGGAAATGGGGTATCCAAATTGATTATGTTGGTTAATGTAACATAACCAACTAAGGTTTTTTTAGTATATAATATAGTATAAAATATTGAAAAGATGACATTGTCTCCTTGGGGGGAAAAAAAAATCTGACTTATGATTGTTAACCTAGCTAATTACACAGTAAATTTTAGCAATATCCAGAGTGGAACTACGGATAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGAAGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCTGAGGGTCGGACACGACTGAGTGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAATCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAACCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGAGCTGCCGTCTCTGGGGTCGCACAGAATCGGACTTAGCAGAGTGGAACTAAAATTATTATTTGAAGTGACTTAGCAGAGTGGAACTAAAATTATTATTTGAAGACATGCTTGCTAATATATTTAAATGATCATTTCAGACCACACACACACCTCACGAAAAAGTTGTGAGCTAATTCATGCAAATCATAGTAACTTGATGTTAAAGTAAATTTAGTGGAAAGAAGGCTGTAAACCTGTATAACTCTCCCCTTGCATATGTAAAATGAAGGTATTATTATTGACCCTGTTTCATTCTGCAAATAATTTGAAATGGTTTTGAACAGTTTATCAAACCTAAAGTGGTTTTAAACATAAAATCAGAACCAGGGAAATACAAATACCATGTAAGTAAAATATCAAGAAGTAAGTGCAAGAACATAGCAGATTGCTAAGAAAATGCCATACAGGCTGTATTTTGAGAAGCAAGTTAGTATCAGTTGGGGACTAACTCTGGTGATAGGATCTGACTTGATCCAAAGACAGAAGTACCACCTCATCTTCTGACAGTTTTCTCTAAGAATGTAACTTTTCTCTGCTGGGCTCTTACTCATAGTATGACAGTTGACATTTGTGGTTGTTTTTCTTTTTTATTTTTAAAGGACTTAGTTTACCTGTGATCTGAGGTGGAGCACCATCTGCTTTAAATATGTTTGATATCCTGTTGTGAAACCTGAGATTTGAAATGAGAGGTTTTGCTTTTTTGTTGTTGTTGCACACAGATACTGCAATGACAAATAGAGATAAAATACTGAAAATACAAGTAGTATTTTGTCTTTCAAAATAGTTTACCAGTTGTCTCAGTGACTTTGTGGCATAATCCTTTTTGTCCTCATTAAGTTTGATGCCACTTTTGTTGTATACATAGCCTAATTTCTTGAGCTATATATTTTGTGATAGTACCCTTCTGCTTCTATTTTCATATTAGGAAGAATAATCCATCACTCTTCCTTTTTAAAATCTTCTTGTTTTTTCTTAATTCTATTTATTTTCAAATTTCAGAAAATATATGTAGTATTAATATGAAGAGATACATATGATAGTGCAGTATGGGTGATAAGATGTCACAAATCAAAAATATAAAGAATGTTAAGTATGTGGCATAAAAAACTAATTATAAAAATGTGAAGCTTTATAATTGAACAGTTTAAGATGGTTTAACACTTTCTGGGTATTTTTAGTAGTAATTACTGTTATATTTTGGGCTTCCCAGATGATGCTAGTGGTAAAGAACCCACCTGCCAGTGCAGGAGACATGAGACATGAGTTCGATCCCTGAGTCAGGAAGATCCCCAGGAGAACAGAATGGCAACCCATCTCAGTATTCCTGCCTGGAAAATTCCATGGACAGAGGAGCCTGGCAGGCTACTGTCCTTGGAGATGCAAAGAGTCGGACACAACTGAAGCAGCTTAGCATGCACACACTTTATATTTGAAGTATATTACTAGTAATAATTTTTAACAAGGGCTTTCTCTGCTTACTTAACAACTAACAAAGGCAACATCTCATATTTAGCTTAATCTCTTTGTATTTCTTTTTTGATTTTCATTTCAAGGTAACATGCAAAGTAGCTCACAGTATTTCACAGAAATTAATGTACTGAGGGTAGATATTTTGCAGTCATTTAGTATTGTTCTGGTAGTTCTTTTCAATAGCTTTTAACTGATTTCAGTAATAATTTTGTAGAGTCAGTACTGTAGACATGTAATGAACTGACTGATACGTAAAGTTCTTAAATACCTGTAGTTTTTATGACTTCTACTGCAAAGAAGTATTTCCTTTGAAAACTTAAGGGTTATTTCTAAACATTTATCAGAAGTTTGGGTAGCTGATTGAGAGAATGTGGCATCATTCCTGGTTCTGACATCTTACTAAATCAGACATTAGAAGTTCTAGTTGAACTTTCTGTCTGTAGAGAATCTGCAAATTTAATTGTTAATTTTCAATGACAGCTGTTAATATTCTGTTCCTCTTACTCATAGTTTAAAAAAGAATATGGGCTTATCATCGTTTACTTGTTATTAAATATTTCATAAACTTTTTAATATTATTTAG
Seq C2 exon
TTAATAAACCATGCTTTGAAAGAACTAATGGAAATAGAAGGAGTGAGTGAAAACATATTACAAGTTCACTTAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015291:ENSBTAT00000020335:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF131911=AAA_16=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF131911=AAA_16=FE(16.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]