BtaINT0108054 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013314 | PBX3
Description
Bos taurus pre-B-cell leukemia homeobox 3 (PBX3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046453]
Coordinates
chr11:96731253-96737710:+
Coord C1 exon
chr11:96731253-96731443
Coord A exon
chr11:96731444-96737574
Coord C2 exon
chr11:96737575-96737710
Length
6131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TCTTTTTGGTTCCTTCATAGACG
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATGTAATGAATTCACTACACACGTGATGAACCTTCTCCGAGAACAGAGTAGAACACGTCCCATTTCCCCAAAAGAGATTGAAAGAATGGTGGGCATCATTCATCGAAAATTTAGTTCCATTCAGATGCAGCTCAAACAAAGTACTTGTGAAGCAGTTATGATTTTAAGATCAAGGTTCCTTGATGCCAG
Seq A exon
GTATGTGAGGCCACAAATCCATTGCATGGCTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTCACTCTTTGTATATTATTTTATGTAATTCTGGCCAGTTGTTCTTAGATTCTTCTTTAATTTGGCTATGAGAGCCCTTCTCTACAATGGATAGGTAATTCACCTCATGATGCCTGCAGTGTCAAGCCTCTTCTTGTCTGGAGGTGGTAGTGATATTAGCTGCCAATTTGGTGACTCAATTTGGACTTCCCTCAGATGATAAAGAGTCTACCTGCAATGCAGGAGACCTGGGCTCGATCCCTGGATTGGGAAGATCCCCTGGAGAAAGGAATGGCTACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATTCCATGGACAGAGAAACCTGGCAGGCTACAGTCCATGGGGTCGCAAAGAGTTGAACATGACTAACACTTCACTTTCTGGTGTCTCAGGAAACAAATAGTGTTAGTGCTGCTAATAATGACTTAGTAATATGTAGCCTTTTAATTCTGATGCTAAAAAGTATTTTTAAGGATAACATTCAGTATGTAACTTTGTTTTAATGCAGGTTTGTTTTCTAAGAATTTCTTAATATTATGTTGCTTGTGCATATTAGAAGAAAATCCTTCAAGATACAGATATTTCTAAGGAGGAAGTGGTATTTTAGTTACCACAAAACCCCAAACTCTGTTTTTCCAAATCTAGAGGAAAGCTTCTGAGTTTCTCCTTTAGGGATACATATTTCCCTTTGATCTGAAGCTTTCACCAATTTTCACAGGAGTTAGGTTGCATATGCAATAAATTGCATATGATGTGTTAGACCTACTGGGTGACATAACAGAGGAACTGTCAAGTTCCTACTCTATGCTGCCTAGACAGGAAAGCCCTCTTGGTCATTGCTAAAGCTTGCAATCAGTCTTCAACATTGTAAAGGGGTTTCTATTTTATTTTGCTTTCTCTCCCTTGGAATCTCACAGAGGTGATAAATATTGTCCAAATTTCACAGTATTAAAGAAAATAGCTAAATTAGTATCTCGAATGGAAAATAAAATGTGAGGAATAGTCTTCATGCCAGAGCTCTTCCCTGGAGCCAGATAGGAAACATGCCGCCTGATTATGCTCCTGTTCTATCATCTTTGGTTCCTTCGTCTATACTGAATTAGTCACTGGGACTCACCAGTGCTTTGTTTTCAGTGTTCCTTGTATTAGCTCTTTTTTTCCATCCAAACTTGCACTGCGCAGTTCACGTTCATCCTTTCATCCCTGGGCTAGCACAGTACTCCCACTGTACTTTTCTTCTGCTCATCCTCCATAGCCCTTTTATGATGGACTCATTGCTTTACTTGAAAACCACAGTAGTTTTTCACTGTTGGGAAACACATGCACACAACTTAACCTGGCATTTGAGGCCTTATGTGACCTGTCCCGGCCCAGATTACTTTTTTTGTTGTTGTTACGATTTAAGTTTTATTTCTTATTTTTCCTATTTAACAAATACCAAGCTCACTATGAAAAATTTGGAAAACATGTAGACTAGAAGGATGAGTGATTAAAGACAATCACTTTTTTAGTACCCAATGGGGAAAAAAAGTCACTGTAAATGTTCTAATGTATTCCTTTCTGGTTTGTGGTACTGTTTTAGTTTCATGTTCTTGTGATGGTACAGTACGCATAATTTAGTTGGCTTTTTTAAAAACTTACCATGAATAGGTAAACATTTTTCATATAATATAAACTGTTTTAAATGTTAATTGTTGAAGTCTACCAGATGGATATATGATAAATAATTAACGTAGACATGTTTTCATTTTTGAGCATTTAAGTTGTTCCTGTTAATTTCCATGATAACCTCTTCCTTCCAATTCCTTTCTTCTTTCCTTCTATAAATATTTATTGTGCTGAGGATATGTAAAGGTAAACAAGATTGGTTAACTTACTTGCCCCAGCTGAGTTTACATTCTACCTGGGGAAATAAGCAATAAACAAGTAAACAAATATGCTGTAGTATTTTGCTCAGTAATGTAGTGAAATATGATAGAATGGTAAATGCTATGAGGAAAAAGAAAAGCAAGGTAAAGGGAGAGAAAATGATGGAGAGAAGGTACTGTTTTAGATAGATTTTTATTGAAATTAGTCTTTCAGTAAAAATCTTTATGCTTTCAACCTTTGTGATCTTTAGAATTATTTCCTAAGGATTAATTCTCAGAAATGGTATTATTAGATCAAAATGTGAACATTTTTAGTGCTCTTAATATATCACTAAATTGTTCTTTCCTCTGTTTAATCCAAAATGAAATACCTCTTGGTCTCAGCCATTTCCTCTGACTAGAATTCTTCTCTGCCTAACCACCTCTTCCACTACCACCCCTCAACTCCTATCCCCAGCCTTCCACAACAAGTCATATTCTTTGCAACCATTTCCCCAACTTGGTCACCAGTAATGAGTTGTCATCTGTGAGGGTGTCTAGCATGGAGCCTGGAATGGAGACAACACTCATGTTTGTTGATTTAGCGAGACCTTGCTCATCCTTCCAGGCCTGGCCTAAATGGTCCCTTTTAGGAAGCCCACTTTAATCCCTCCACTGGACTGGTCCATGCCTTCTCGTGAACACTGATACTGTGTTGATACCATTCTCCAGACCAAACTTCATTCAGACTGCCTTTACTGTAGCTTTTCAGGATCATTTCTTTTCTTCCCGAGTAAGTTACGTTGTTACTGACAGCAATGGCCAAGACTTACACATATCCATTCCCCACAATTCTAGTGTCTTATAGTGTAACAGACTGCAAAAAATTCTTTATTGACTAACCAGATGAATGAATAATTCCACTTACTACTTATAATAGCTCAAAGCATTAAGGAAGTAGCATTAGGAAACCAAAACCATTCTTAAATTGTCAACATTGAGCATTTTAAGGAAAAGTATTTTGTAACAAAGATATTTAAAAGTACTTTCTTCAGGGGAAGGAGACGTATATAGGCACCTATAGCTGATTCATGTTGATGTACAGCAGAAACCAATACAATATTGTAATTATCCTCTAATTAAAAATAAAATTTTTTTAAAAAGTACTCTCTTCAGAAAGAAAGCTTTCCTAACACAGCTGCTGTTCTTACTTCTACAGATAGTTTCCCATTCTTGTCAACATGCATGCTTTTTTTTACTTCACATAACTGCATTCATAATGTATACACCTAAATGATTTATACTTCTTCCAAGAAGAGAAAGGAAGTTAACAAGCCAGAGTGAGCAGAGCCAGGGTGAGGCCGTGGCAGAGCTTGAAGCGGAGTCCCTTCTCCCACAGAGATTGCCTTTAGGAATGTTGTAAGGCCTGTGGGACACAGACCTGGGACGGAGGCATAGCTGCACACTGGCCTGAGGCGCAGCCATTTAGAGAGTGGTGAAGCCTGGGGGGAACGAAACTTAGGGGAACAGCTTAATGGGAATTTTCTAAAGAATGTTTTTCTAAAAAATAAATGAAGTATAAGACCGAGTTCTCTCTTACGCCTTCGAGTGAATGCAAATACTGAGCTTTGCTTCCATCTATTCTTGTAGTGCCTCTCAGCAAGCCCTCTGCACTGAGAAGGCAAGGTTTTTCTGCTCCAGGCAAACATGCTCATTCAGATATATGATCCCCTTGCTCACCCTGGCTTTTTGTAAAGCCATACTCACATTTTCTTGGTAATTGGACAAGCCGACGCATGTACCGGCGTAGAACAGTTAGGAATAAATTTGTGTCAGTCCCTCTACTCTTCTAGTAGAAGGGCTATACTTTGGATGCAGCCAGACCGTCTGGGGTGAGTTATTCTATTCTGCCCATAAATTTGTTCTCTGAGGTTTCTTCGTGTTTTCTGAAACCAACCACTCCTAGGCGATGTCAATAAACGAGCCAAACTTATCTTTGCTCCCCCAGTATGTTTCTGCTCATTCCTCCTTTCATAAGTCTTCATTTCCCAAAGAAATGCCCTTGTGTGATTCCCTCCACCGTACCCAGTCTTGCTGCTGGATTCCATGTTTTACAGAGTCACAAGCTCACATATTTACATGTTATGGAATTGAGTGGAGTGGCTGGATCAGGGGCAGTGAGGATTAGAGCAAATGGGTACACAGCCACCACTTAGCTGGCTGCCTCCTGAGAATGTGAGCCTGGTGTGACTGATCTTCCAAGTTTTCATAGGCAGCCAGAAACCTTTACAAGCAGGTCATTACTGTACTGTCTCAACAAGCATTATCTGTGGGCCAGGTAATTACTTGTAGGTTTGACAGTTTAAGTATCTATTCTAGACCTTTTCTACCCTACACACCCACTCACCCACTCCTCAGACTGTGCCTCTTGAAAGCCCCAGGAAAGGGCTTTGTTTTTCTTGTCAACAATGCACGACTCCTGTAAAAATGCTGATTGCTCTTCTTGGTGTACGTTTCTTTTCACCTGTGTCTTCCCTCACCGCCTCCCCCATCCAGCTCATCATCAAATCCTGTTGACTTTAATCCCCAAATAGATTTTGACTCTCTTCTTCATCCCTCAGGATACAGTGGTTTAACCTTCCAAAAAATTATTGAAATTAAGAAATTTCAGGTCTCATAACTTGAGATGTTTTGATCAGACCTAGATTTCTCGCTCCCTTGACTCTCCCTTAATGTTGAAACAGAGATCACATACTTAACCTGCCATGTTAGTGACATCATTTTAACTAGAAGAATCTTGTACGGTATGCACATTTACAACTGCCTACTGATGCTGTCTTTCCTGAGTACATGCTATCACAAGATCATTAACATTATTTGTAAGACAATATTAGGAAAATTATTTGGGGAAAGTGTTTTCCAGTTACTGGAGAATTTAATTTAAAGTGAAATCTGAAAGATGCTTATTTTCACACTGGAATTCTTTAAAATCTTAATAATAAGACCCAAATATAAATGACATTTTTGCTATTTGAAATACCTTGTCAGCAAATACTTGATCTTCTGACATTCTGCCACCCCCTCCCAATAAAAATAAAGAACTTG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Seq C2 exon
ACGAAAAAGGCGTAACTTCAGTAAACAGGCCACAGAAATCTTGAATGAATATTTTTACTCACACCTCAGCAACCCCTACCCCAGTGAAGAAGCCAAAGAGGAGCTGGCCAAGAAGTGCAGCATCACAGTGTCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013314:ENSBTAT00000017706:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.234 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PD(42.7=95.3),PF070286=DUF1319=PD(60.5=81.2),PF040917=Sec15=PD(63.0=79.7),PF0004624=Homeobox=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(75.0=97.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development