HsaINT0120871 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000167081 | PBX3
Description
PBX homeobox 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8634]
Coordinates
chr9:125929655-125935607:+
Coord C1 exon
chr9:125929655-125929845
Coord A exon
chr9:125929846-125935471
Coord C2 exon
chr9:125935472-125935607
Length
5626 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TTCTTTCACTCTTGTCATAGACG
3' ss Score
7.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATGTAATGAATTTACTACACATGTGATGAACCTTCTCCGAGAACAGAGTAGAACACGTCCCATTTCTCCAAAAGAGATTGAAAGAATGGTGGGCATCATCCATCGAAAATTTAGTTCCATTCAGATGCAGCTCAAACAAAGCACTTGTGAAGCAGTTATGATTTTAAGATCAAGGTTCCTTGATGCCAG
Seq A exon
GTATGTGAAGCCATAAATCTATTGCATGGCTTTCCCCCGTCTGTCACTCCTTGTGTATTATTTTCTGTAAAACTGACCAGTTGGTCTTAGATTCTTTTGGCCATATGAGTCTTTTGTACAATGGACAGGTAATTCAACTCATGGTTCCTGTGCTGTCAAGCTTTCCTGTCTGGGAATGGTAATGTGGGTTAGCTGCCAGTTTAGTGACTCAGGAAATGAATAGGATTAGTGTCTCTGCTAATGACTTTAGGAATATGTAGCCTTTCCATTCTGATGCTAAAAGGTATTTTTAAGGATAGTTTTCTGCATATAACTGTTTTAACAAGGGGTATTTTGTAAGAATTTCTTAATGTTACACGGGTTGTGCATAATATGGGAAAATACTTGGAGATACTGATACTCCTAAGAAGGAAGTGGCATTTCAGTTAATAGCAGTTACCACAAAACTCCAGAATCTGTATTTCCAAATCAAGAAAGAAAGCCTACCATTTTTCCTGTAAGGATGAAAATTTCCCTTTATCTGAAGCTTTCCCCAAGTTTCACAGGAGTTAGGTAATATATTGTATATGGTAATAAATTGTCTACAGTGACCTACTGAGTGACAGAACAGAAGAATTGTCAACGTCATAGTGTACGCTGCCCCTGTAGGGATGCCTCTCGGGGCATTGCTAAAGCTTATGATGAATCTGCAGCTTTGGAAAGAAGTTTCTATTTTGTTTTTCTTTCTTCTCCCATGGAATCTGACAGAGGTGATAATTATCATCCAAATCTCACAGTATTAAAGGAAATAACTAAGATAGCTTCTCAACTGGAAAACAAAGTGTGTGGAGCATTTTCAGTGTTTTTCATTTTAGCTCTTTATTTTCATCTCAGTTCCTGCCCATCCTTTTGTACATGGGCTAGCACAGTACCTACTAGTCTCCCTGTCTCCAGTCCTACTGCCCTCCAGCCCATCCTCCATATCCCTTGTCTGTTTCTATAACATCACCGTGCTACCATGATTGCTTTGCTTGAAAACCACAGTAGCTTTCCAATGCTCGATACATGCATACTTCACATATACACTCCTTAACCTGACATTTAAGGCCTGTTCCTGTCTGCATTACTTCTTTGTTGTTGTGAAGATTTTATTATTCTTTTTTCTATTTTAAAAATGCCAAGCTCACTATGGAAAGTTTGGAAAATATATGGAATAAAAGGATGAAGGATAAAAGTTAACCTCATTTTTATTACCTAAAGAAAAAATCACTATAAATGTTTTACAATATTCTCTCTCTTTTTGTTTGTTTGGGGGCTTTTTAAAAGAAATATTTCTGTGATGGGTCAATATGCATAATTTGGTCTGCTTTTTAAAAAATTTACCATGAATACATGAACATTTTCATGTAGTATAAGCTCTAATTATTAATAGCATTTTAACAATTGAAGTTACCAAATGGATATAAAATAAATAATGTCCTTAGCATTCCCTTATGCATTCCCTATGCACTCCACCCAGGCTGGAGTGCAGTAAATGATGCTATCATGGCTCACTGCAGCCTCGACATCCCATGCTCGAGTGATCTTCCTGCTTCTGCCTCCCGAGTAGCTGGGAGGCATTTGCCACCATGCTCGGATAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGATGGTGTTTCACCATGTTGCCCAGCCTGGTCTTGAACTCCTGAACTCAAGCTATCCTGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCAGGAGCCACCATGCCCAGCCAACTATTAATTTTCATATAATTTCTTCCTTTCTTCCTTCCTTCCACAAATATTTATTGGTACTGAGGATATATTGGTAAACAAGACAGATTAATATACTTGCCCCAATTGAGCTTATATTCTACTTGAGGAAACAGACAGTAAACAGGTGAACAAATATACCATAACATTCTATTTAATAATGTAATTAAATGTAATAGGGTGATAAGTGGTATGCAGAAAAATAAAGCAAGTCAAGGGGAGAGAAAATGGAGAGGGTACTATTTTAGATAGATTTTTATTTAAACTAACATTTTAATGAAAATCTTCATTGATTGAACCTTTTTGGTCTTTAGGATTATTTCCTAAGGATCAATTCTTAGAAATGGAATTATTAGATCTGAGTTTGAACATTTTCAGTGTTCTTATTTATATATCACTAAATTGTTCTTTCCTGTGTTTCTTCCAAAATGAAATGCTTCATGGAATTATGTTTCTACTGCTTAGAATTCCTTCTTTTCCTAAGTCTAACCACTTACTTCCCTGGCTCCCACAACAAACTGTCTCTCTAAGCTGGTTACCAGTAATGAGTCATCATCTGTGAGGGTATCTGGAATGGAGCCCGGAATGGAACCAGTGCTTGTACTTGTTGGATCTAGTGAGATCTTGCTCATCGTTCCGGATCTGGTCTAAATGCTCGCTTTTCAGAAAATCCACCTTAATCACCCTGCTGGACTAGCCCTTCCTTCCCTTGAACACTTATACTATGTTTACGCAACTATTCAGACTGAAAGTCATGTAGGCTCCTTTTTCTTGTAGTTTTTCATGAACATTTCTTCTCTCCCTTAGTAAGCCACAGTGTCATTGAAAGCAACAGCCAAGACTTACACATTTGCATTCCCCACAATTCTAGCAAATGACTTACATGTTAGAGGCTACCAAAAATAATTTATTGACTGGCCAGATGAATGAATAATTCCACTTAATACTTTGTAACAGCTCAAATCAGGGTTAGAGAGGTAGCATCAGACGACAAAAAACATTTTAAAATTATTTGTCTAATTTGAGCATTTTAATAAAAAGCATTATGTAACAAAGATAGTAAAACATGTCTGATAGAAAGAAATATTTTCTAACATAATTGCTATCCTTATTTCTGCTGATACTTTCCCATTCTTGTCAACATGCATGCTTATTTTTTAAATAACTGCATTCATAATGTATACACCTAAATGATTTATTTTTCTTCCATGAAGAGAAAGTGTATTAACAGCCTAAAGTGAGCAGGGCCAGAATGAGAGAGTGGCAGAGCTTGGAGCAGAGTCTCTTCTCCCATAGAGATTGCTGTTAGTAATGTTGTGATGCTGATGGAACACAGGCCTGGACTGATGTGCCACTGCACACTGGCCTGAGGCATAGCCATTTAGAGTGTGGTGAACCCTGGGGGAGTGAAACTGAGGGGAAATGCTTAATGGGCATTTTCTACAGGATGCTTTCTAAAAAATAAATAACGTATAAGACCAAGTTCTCTCCTGTGCCTTCAAGTGAATGCAAATACTGAGCTTTGGTTCCATCTATTCTTGTAGTGCCTCCCAGCAAGCCCTCTGCACTGAGAAGGCAAGGGGCTCTGCTCTAGGCAAACATGCTCAGTCAGATATATGATTCCCTTGCTCACTCTGACTTCCCATGCTCATGTTTGCTTCATAATTGGACAAGACGAAGCATGCACCAATGCAAAACATTTAAGAATAAATTTGTGTAGGTCCGTCTCCTCTTCCAGTAGAAGTGCTGTAGTTTGGACACAGCCAGAATGTCCGGTGAGCTATTCCGTTTGTTCTCTGAGGTGTTTTGAAGTTTGTTAAAAACCACCCCTGGGCAAAAGTGATGTGAGCCAAACTTCTCTTTGCTTTTCTAGATATATTTCTTTTTGATCCTCCTTTCATACGTCGCTATTTCCCAAAGAAATGCACTTGTGTCATCTATTCCCATCTACCCTGGGCCTTGCTCCTGGGCACCAGGAGCTTGCTTACATATAGTGGAATTGAGTGGAGTGGCTGAAGCAGGGATACAGGGAGGGACAAGGAGGGTTGGAGCAGGCAGGTGCATATCTAAGGGGGCAGCTATCACTCAGCTTTAACCTAGAGCTGCCTTCTGAGAACATGGGCCCAGTACTGTTGGTATCCCAATTTTTCATAAGAAGTCAGAAACCTAGATTTTTATGAGCAGGTAATTACTGTGTGGTCTCAATAAATAATGTCTATGGGCCAGATAATGTCCATAAATTTGACATTTTCAGTATCTAGTCTAGACATTACCCATGCACCTACTCATCAGAGTGTACCTCTTCAATGTGCTCTCACCTCGGGACCTTGTCTTTCTTTTCAAGCAACACATGACTCCTGCAAAAATGCTAACTGTTCTTCTTTTTGGTGCATTTGTCTTCGTTCCGTTCCTTCCCTGTCTTCCCTTACCACCTCCCCATCCAGTTCATCATCAAATCCTGTTGATTTTAATCCCCAAATACATCTTGAATCTCATCTTCATCCTCTAGAAAACAATAGTTTAACCCTCCTAAAAATTATTGAAATTAAGACATTTCAGGACTAAAACCTGAGTTGTTTTGATCAGACCTAGATTTCTTGCTCCCTTGACTCTCCCTTAATGTTGAAATGTAGATCACATACTTAACCTGCCATATGAATGACACCATTTTGACTAGAAGAATCTCATAGAGTGCATACCTATACAACAGCCTACTGACTCTGTGTTTTCTGACTGTGGGATATCACAATTGAGAAGAATTAAGATTATTTGGAAGAAAGTATTAAGAAAATTATCTGGGGAAGGTATTTTCTAATTACTGGAGTACTTAATTGAAAGTGAATTCTGACAAATGATAATTTTCAGGCTGGAATTCTTTAAAATCTTAATAACAAAACCCAAATATAAATGACATTTTTGCTACTTGAAATATGTTGTTAATAAATGCTTGATCTTTTGAAAGTCTGTTACCCCCTTCCCAACAAAAACAAAAGATAACTTTTTGTTCTCTCCTCTTTGCTTAGTGAAGGAAATCATACCTCAGTCCAGGAAGTTGCTTAAGCAGAAAAACCTAGAAATCCTTCCCAATGCATTTTTTTTTTCCTAAACTTCCTTCTCTATCTCCCTCACTCACTCCTCCCATTCAATACATCATCAGGTCCTATTGCTTTTACCTTTCAAGTAGATCTTGAGTCTTGTTTTCATTGCTCTCACCTTGTGCCAAGTTACTATCATCTTCATTTTGACCAGTGCAATCATCTCCTAAAATGGGCTTTGCAGTTCCTTTCATGCGCTCCTCCACCTATTCTCAGCAGTCAGAATGATCTTTTAAAAACATAAAACTTAAAACCTTTAATAGTTTCCTATTGCACTCAGCATAAAATCCAAAACTTCTTGTAGCTCCACTGAGCTTCTGTAATCTGCCCCCTGCCCATCCTTCCAGACTCATCTCACACATTCCCTGTCTTTTACGGTGCCCCAACCTGCTCTAACCCTTTAGACAAGATATTTCTGTTTCAGAACTCTTCCTCTGCCCAGTCCTCTTCCCTGTAAGCTCTCTGATAGACCTTGTTTGTTCTCACTGGATCTTCATTGAATATCTAAAATATTAGGTCTTCAAAGAATGAAGCACAATAGTCTGCTTCATAGTCTGGTATTTTTCTCAGTGATCCTACATCTTAAAATGAGTTGGATAATGCCTTGGAGGATGTCTAGAACATAACGTATAATATCACAGAAATAAATTAGACCTTAAGGATGTTTAAAAAGAGAAATCTACTTTTTTGGTATCATCCTAATTAACCCATCCCTCTTAGGTTAATGCTGATTGTAACTGCAATTATTTTCTTTCACTCTTGTCATAG
Seq C2 exon
ACGGAAAAGGCGTAACTTCAGTAAACAGGCCACAGAAATCTTGAATGAATATTTTTACTCACACCTCAGCAACCCCTACCCCAGTGAAGAAGCCAAAGAGGAGCTGGCCAAGAAATGCAGCATCACAGTGTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167081:ENST00000342287:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.233 A=NA C2=0.021
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PD(38.4=95.3),PF070286=DUF1319=PD(56.0=79.7),PF040917=Sec15=PD(63.0=79.7)
A:
NA
C2:
PF059206=Homeobox_KN=PU(45.9=60.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development