BtaINT0111702 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020715 | PIK3C2G
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 gamma [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8973]
Coordinates
chr5:92177994-92186809:-
Coord C1 exon
chr5:92186611-92186809
Coord A exon
chr5:92178117-92186610
Coord C2 exon
chr5:92177994-92178116
Length
8494 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TCAATGTTGTTTCTTTTTAGCTA
3' ss Score
9.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGATAGAGAAAGTGACAACCGAACTATCCACATCCATCTGTCAGCTAATTGATATCCATTGCAGCAGCTTCTGTGCAGATTTCCAGCCTCTACACGCACCTCTGTATAGTGTCTCCTGTGTAAATCTTGGGCTCCATTCCCACCTTAGCTTCACAGTGTATGCAGCTCACAATATTCCAGAAACCTGGGTGCACAG
Seq A exon
GTGAGTTGTGATGCCTTTTCCACAAAAGGGTTAATTAGTTTTGTGTCGCTTCTAATTGAATATATTTGCCTTGTTCTTATTTGCAGAAGCAAGTATTTCATCTTGAAATTTAATCGGCATGGATGTATCTATGTTTTTAAAATCATTCACACTTATTTCCAGTCCAGTGCACATTCGTTTTCCCTCAAGTCTTCTCCCATTCTATTTAAAATAACTACATGTTGTCAGTATATCATAAGAGAAACAGAAAGTGCCCATCCTCACATGGTGATTGCCCTAAATTTTTCATTTTTTATGTTTGAGTTTAAATGACTTACGCCAATTAACACAGGGTGAGAATGCACACACACATACAAGGAGATGGAGAGTATTTAAGAATAGAAAGAAATCACTTGATCCCTATCAAGTTGTGAGTGGTAAATATTTTGTGAGATTAGTACCTTGATAAAGTGAAAATTAGCCAAGAGTTACTTGAGTTACAATAGAAATTAACCACAATTATGCATGGAGCATTGCCGGGTTTGAGGTTAATTCTGCTATGTGCTATTTTCTTGAATAACATAATTAGAATAATATTATAATAATTATTTTAAATTCCTTATGGATTAAATCTGTAAGAGAATACTGATTAAATCAAATTAAGGTGATAAGAGAATAGTAATTTTCTAATGGATTTATTGTACCCACTGCACTTAGCATCTCAAAGAAAGGCTAAAAGAAACAGAAATAATTTTATCTTGGTCTGTATTTTTGCAAATGGAAACTATGCAAAATTTATGAGTCAATTATAACAAAAATTTTACCTTTGTATGTAAAAATGAAAAACGACCATCTATGTATCTCACATAAACTTTCTTTAAAACCCATGGGATGATTCTTTTACACTTATTCTCTTTCTTAATTTTATGAAGTATTTTAGGAGGATGATGTGTAATGTTACAAACTGCTACTCGAATGTTTTCATAATTTTTAAACCTTTAGGATATCCTTATTTATTCTAATTCACCTGGAAAAACTATGTAGCCAGATAAGTACTCAGAAAGCTATATACATAGAGCTATTTATGTACGTGGGAAATTTAGTTTTATTTTTCTATTGTTTCTCTATTCTGTTTTACTTATTTTGTTTCTGATCTTTATTATTTTCTTTCTTCTTTTAATTTTTATCTTAGTTTGTTCTTTGTTTTCTGGTTCCTTGAGTATAGATTTAGATTATTTGGGAACTTCTTTCATTTTTAATTTTTTAAATCTGTTTTTAAAATTTTTATTGCAGCATACTTGATTTACAATGTTGTGTTAGTTTCTGCTGTAAAGTGAATCAGTTATACATATACATGTATCCACTCTTATAGATTCTTTTCCCGTATAGGTCATTCGGAGTATTGAAAAGACTTCCCTGTGCTATACAGTAGGTCCTTACTAGTTATCTACTTTATAAATATATAGTAGTGTGTATATATCAATCCCAGTCTCCCAATTTATCCCTCCCCTCCCCAACTTTTCTGGCTGGTAACCATAAGTTTGTTTTCTGCATCTGTGACTCTATTTCTATTTTGTAAATAAGATCATGTGTGTGTGTTAAGTTGCCTCAGTTGTGTCTGACTCTTTGCAACCCTTTGGGCTGTAGCCTACCAGGCTTCTCTGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCTTTCCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAATCCAAGGATCAAGCCCATATCTCTTAACGTCTCCTGAATAGGCAGGTGAGTTCTTTACCACTAGTGCCACCTGGAAAGCCCAAATGAGATCATTTGTACTTTTTTTTGTAGATTCCACTTATAAGTGATATCACACAATTTTTGTCTTTCTCTATCTACCTTTACTCAGTATGAAAATTTCTAAGTTCATTCATGTTGCTGCAAATGGCATCATTTTATTCTTTTTATGACTAATATTCCATTGTATATATGTATCCCATCTTCTTTATCCATTCCTCCACTGATGGACATTTAGGTTGCTTGCATGTCCTGGCTACTGTAAATAGTGTTGAAGTGAACATTGGGGTGCATGGTTTTCTCCAGATATATGGCCAGGAATGGTATGCTGGATCATATGGTAGCTCTATATTTAGTTTTTTAAGGAATCTACATACTGTTCTGAATAGTAGCAATACCAATTTACGTTCTCACCAACACTGTAGGTGAGTTCCCTTTCCTCTACACCTTCTCCAGCACTTATTATTTGTAGACTGCCTGATAATGGCCATTCTGACCAATGTGAGGTGGTACCTCATTGTAGTTTTTATTTGACCTTTCTTCTTTTAATGTAAGTATTTATTGCTTTAAACTTCTTTTTTAGCACTGATTTTGCTATATCTCATAAGTTTTGTTATGGTATGTGTTTTCACATTTTACAATATTTTCTAATTTCCCTTTTGATTTCTGTTTGACACACTGGTTGTTCAAAAGTACTCATTTCTACTGCATGATCTCACTTATATAGAATCTGAAAAACAAACAAAATGAAAACAGACTCTCAGAGAACAAGTGTTTGCCAGAAGCAAAGGGGTGGGTTGGGGATGAAATAGGTGAGGAGGATTAAGTGGCATAAATTTCCAGTTATATAACTAATAAGTCACATGGATGTATTAATAATATACACCATAAGAAACATGGATCAATGATACTGTAATACCTTTGCATGAGGACAGATGGTTACTTAACTTATCATGGTCATCATTTCATAATGTATGCAAACATCAGATCATTATGTAGTACACCTGGAACTAATGTAATATTGTACAATAACTATATTTCAGTAAAATAAAAAAAAGAAACAGAAACTAAGAAGTGTTAATTAACATTAATTTGAGAATTTTTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTCTGCCACTGATTTCTACTTGTATTCCAATGTGGTCAGAAAATATACTTGGTATGATTTCAATTTTTTTAAATTTATCAAGACTTGTTCCATAACCAATTTTGTGATTTGGGCTAGAGAAAGATCCAAGCTTGAGAAGAATGCATATTGCCCAGAGGTTAGGTGGAATGTTCTATAAATGTCTATTAGGTTCATTTGGACTATAGTGTAATTAAAACCCTCTTCCTTATTGAGCTTCTGTCTGCTTGTTCTATTAATTGTAACCAGTATTGAGATCTTCTGTTATTATTATGTTATTTTCTAGTTCTTTTCATCCCTTCAATGTTTGCTTAATACATTTGCTTCAATTTAGGGTGCATGTATATTTACAGCTATTGTATCCTCTTAGTAAATTGACCTCTTTATCATTATATAATGTTTTTGTCTGTTGTGACAGCTTTAACATAAAGTCTATTTTGTCTTGCATAGGTATGGTCAATCCTGCTCTTTTGATTATCATATATGGAATATATGATATATATATATATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTCCTTTCACTTTCAGGGGTGTCCTTAAATCTAAAGTGTATCCCTTGTAGACAGCATATGGTTGGATCTTGTTTACTAATCCATTCCGTTATGCTGTTTCTTCTCATTGTAGAATTTAATTTATATCTAATATAATTAATGATAGAGAAGGACTTACTTTTGCCATATTTTTTTGCATCATTTTCTGTCTTGTAGCATTTTTGTCCCTCTTTTTCTGTCTTGCCACTTTCCTTTGTGTCCTGATGAGTTTTTATAAACTCTTCAACTCCTTTCTTATTTTCTTTTGTGTATCATTTATATTGTGGTTGCTTTCTTTGTGGTGACAATGGGCCTTACATAATACATATTATATTTAAAACACTGTTTTAAGCTAATAATAACTTCACTTTTTAAAATTTTGTTATAACTTCACTTTAAGTTCAGTTCAGTCATGTCCGACTCTTTGCAACCCCATGAACCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCTGGAGTTCACTCAAACTCACGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTCCTACCCCCAATCCCTCCAAGCATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCAATTCTTCGCAGGAGGTGGCCAAAGTATTGAGGTTTCAGCTTTAGCATCAGTCCTTCCAATGAACACCCAGGACTGATCTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGTGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCGTCAATTCTTCGGTGCTCAGCTTTCTACACATGATATCCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATATCTCTGCTTTTCAATACTTCACTTCAGTCATATACAAATTCTCTACTCTTCTTCCCTCATCATACTTTGTGTTACTAATACCACAAATTGCATCTTCTTAAATTTTATATATTGTTATCATTAAAGTTTTCTATACTTTATCCTTTTAAACTCTATAGCAGAGTTAAAAGTTATTCATGTATCACCATTACAGTCTCACAGTATTCTGTATTTGTCTATATGTTTCCCCTTACCAGCAAGCTTTCATGCTTTCATATGCTCTCCTGTTGCTATCTAGCATCCTTTCATTTCCACTTGAAGGATTCCCTTTAGCATTTCATGTTGAGTCAGGTCTAATGCTGATGAACTCCCTCAGCTTTTTACCTGAGGAAATATTTATTTCTCCTTCATTTTTGAAGGACAGCTTTGCCAGATACAGTATTTTTTTTTCTTTCAGAACTTTGAAAATATCATGTCACTCCCTCTGGCCTTCAAGGTTTCTGCTGAGAAATCTGCTGAAAAACTGATGAGATCCCTTTTATGTGGCAGATCACTTTTCTCTTGCTGCTTTCAAAGTTCTCTCTTTGTGTTTGACTTCCAATAGTTTAATTTTAATGTGTTTTAGTATGGTCTTCCTTGGGCTCATCCTAGTTTAACCCATTAGGCTTCTTGAAATTGGATGTCCATTTC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Seq C2 exon
CTATAAAGCATTTTCTTTCTCCTGTTGGCTTACATATGCTGGAAAGAAGCTGTGCCAAGTGAGAAACTGCAGAAATATTCCTGTCAAAAAGTTGTTTTTTTTCTTGGTCAACTGGAATGAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020715:ENSBTAT00000043102:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079219=PI3K_C2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0079219=PI3K_C2=PU(31.8=97.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]