BtaINT0112599 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021900 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr3:55257714-55267461:-
Coord C1 exon
chr3:55267352-55267461
Coord A exon
chr3:55257858-55267351
Coord C2 exon
chr3:55257714-55257857
Length
9494 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
TTTTTATTTAATTATTCTAGTCA
3' ss Score
6.62
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGATGTCTGTGCAGTTTTGAAGCTGGACAATACTGTGGTTGGTCAAACTAGCTGGAAACCCATTTCCAATCAGTCGTGGGACCAGAAGTTTACACTGGAACTAGACAGG
Seq A exon
GTAAGATGAGAAACTTTTTACCTGAATTTTCATTATATTTATAATTCATTTTTCATGCATATTTTATGTTTTAGAAGAGTTTGATAAATTTTATTCTTAACAGAATCTAAGAAGAACCTAGGTATTTTTGACATTTCCCATCTGATGAGGTATATATAAATCTACCTTATCAGATTGCTGCAGGAGCTTTCATTTGTGCAGTGATTTGAAAATATATACTTTGTACTAACCTGAAAGATCGACAACCAGGTGAGATCTAATATTGAACTATTTTTTGAATTTTAATAATGTGCTGTCTAACCACTAAGGAGATTTTTCTGACTCACCACTTGTGGGTTATATTATCAAAGCTGCATTTGAAGTGAACTGTTGTGCTCAGACAGACATTCCTCCATGTATCTCAGTGGATTTCATGGATACTGTGAGTGGCTAGAATGTAATCTGTAATCTGCTGCAGAACCCAGCAGAAGTAAACTTGGTCCAGAGTAGAGTTAAATCCATGGTGATAATTTTACTTACATTCTGATGTATCCATTGGTGTGTGGGAAGAAAATATTAAAATTTAATCATAATTTTATCTAAAAGATAAGAAAGATGTTTTGATCATTTAGTATTCAGGTTAATGGTACATATGTCTTTAAAAAATTACATATATTAGTGAAAGCAGATTTATAGTGCTTAATGATGATATGATGTGGCACTTACTACTCTGGCCTCTACTTTTAAATATTTTTTCTGGTTTATTTCTTTTCTATCTCAGAGGCAGCATCTTAATCAGGCCCTCACCATTGCTTTTCTTGGTTCAAATACTATGTCACCCACTTAAATGTATTTGGACAAATGCTTAACTTTTTGTGTATATCAGTTTCCTTATCTTTAATACTATCCACCTCACTGAAGGGCTTTCCTGGTGGCTCAGCAGTCAGAGAATCTGCCTGTAGTGCAAGAGACGATTTCCCTGGACAGGGAAATGGTAACCCAGTCCAGTATTTTTGCCTGAGAAAGCCCATGGACAGAGGAGCCTGGCAGGCTACAGTCCATGGGGTTGCAAGGGTGGGATATGACTTAGTGACTAAACTACCACCACTAAAGAGCTTTTGATAGGGAAATTGACATCTGATTTAGATGATCAGATGTAAATAATACAAATATTGTTGTTGTTGTTCAATCGCTAAATAGTGTCCGACTCTGCAATCTCATGGGCTGCAGCACGCTGGGTTTCTCTGTCCTTCACTTTCTCCCAGAGTTTGTTCAAACATATCCATTGAGTCATTGATGTCAGCCAACCATGTCATCCTCTGTCACTCCTTTCTCCTCTTGTTCTCAATCTTTCCCAGTATCAGGGTCTTTTCTGATGCTCTGAAAGAGCTCTGGAAAAGAGCTCTTTTCCAGAGTCAGCTCTTTGCATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCCTCCAATGAATATTCAGGACTCATTTCCTTTAGGATTGAGTGGTTTGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCTAGCACCACAGTTAAATGCATCAGTTTTTTGGCACTCAGCCTTCTTTATGGTCCAACTCTCACATCTGCATGACTACTGGAAAAACCATATCTTTAACTATGTGGAGATTTGTTGGCAAAGTGGTGTCTCTTTTTAATACGCCATCTATGTTTGTCATAGCTTTTCTTCCAAGGAGCAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTTACAGTCCCCATCTGCAGTGATTTTGGAGCTCAAGAAAATAAAGTCTGTCACTATTTCCATTGTTTCCCCATCTGTTTGCCATAAGTGATGGGATCGGAGGCCATGATCTTCGTTTTTTAAATGTTGAGTTTTAAGCCAGCATTTTCACTCTCCTTTTTCACCTTTATCAAGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTTGCTTTTTGCCATTAAGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGATTGTTGGTGTGTCTTCCGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGATTCACCCAGCCCAGGATTTCACATGATGTTCCTTGCATGTAAGTTAAATAAGCGGGGGCTTCCCTGGTGGCTCAGACTGTAAAGAATCAACCTGCAGTGAGGGAGACCTGGGTTCAGTCCCTGGATTGGGAAGATCCCCTGGAGGAGGGCACGGCAACACACTCCAGTATTTTTTGGAGCTTCTCTGGTAGCTCAGTTGGTAAAGAATCTGCCTGCAGTGTAGGAGAACTGGGTTTGATCCCTGGGTCAGGAAGATCTTCTGGAGAAGGAAATAGCAAACCACTCCAGTATTCTTGCCCATGGACCAAGGAACCTGGCAGGGTGACAATATACAACTTTGATGTACTCCTTTCCCAATACAAATATAGAAGCTAATAAAAAAGTTACTAGCCCATAATGGGAAAAAGTTTATAAAGGAAGAAAAAAAAAGCTCTAACAATCAAATCTTAAGCAGTGTCCCTAGCATAGGAAAAGAAGGAAGATTTGCCAAGGAGAAGTAGAAAACTCTGGGTAGAATCAGATCATAACCTTATGAAAGCTTATCCAGTATCTAGTGAAGAGTTGCTAGGATGTTGAGATGATGAAATTCCTGTTACAAATGAAACACTTCAAAGCAAATGGGATTTAAAATCAATTATAGATTTAACTAAGATTTGGTAACTGTCTTTAAAGTGAAAAGGAGGGGCTTCCCTTGTGACTCAGTGGTAAAGAATCCACCTGCCAATGCAGGAGACATAGGTTCAATCCCTGATCCGGGAAGATCCCACATGCCACAGAGCAACTAAGCCCCTGCACCACAACTGTTCAGCCTGTGTTCTGGGAGCCACAACTACTGAGCCCATGTGTTACAACTACTGAAAGCCCGTGTGCCCTAGAGCCCACGCCTGCAACAAGAAGAAGCCACAACAATGAGAATCCAATGCACTGCAATTGGAGAGTAGCCCCCACTTGCTCCAACTATTAGGTTCGTACAAAAGTAATTGCAGTTTCAGACCACGAATTGTAAATCATTATGATTAGGCTCAAACCCATTTTTAGCTATCAAAATAGGAACCATTGCAATCAATACATTTTGCCAATGAGAAATGAGATTGTTTTTTCTTATACCATAACAATCATGCTTCAGGATTCAGTAAACTTTTTGAAAGCATTTTCTGCCTCCTGCTGGTTGTGTGTTTTCCCTGCATAAAGTTGTTGAGATGCTTGAAGAAATGGTAGTTGGTTGGTGAGAGGTCAGATGAATATAGCGGATGAGGCAAAACTTCATAGCCCAATTTATTCAACTTTTGAAGCATTGGTTATGCAATTACGCAGTCAGGCATTGCTGTGGAGAATTGGGCCCTTTTTGTTGACCAATGCTGGCGGCAGGCATTGCAGTTTTGGTGCATCTCATCGATTTGCTGAGCATACTTCTCAGATGTAATGGTTTCTCTGGGATTCCAAAAGCTGTAGTGCCTCAAACTGGAAGCAGACCACCAGAAACCATGACCTTTTTTTGGTGCAAGTTTGGCTTTTGAAAGTGTCTTGGAGCTTCTTCTCAGTCCGTCTGCTGAGCCGGTCATTGCTGGTTGTCATACAATCCACTTTTTGTCGAATGTCACAATCTAATTGAGAAATGGTTTGTTGTTCTTGTGTATAGTAAGAGAACTTGTGTACAGTAAGAGAAGACATGCTTAAAACAACAGTTTTTTTTGATTTGCAGTCAGCTCATGAGGCACCCACTTATAGAGCTTTTTCACCTTTCTGATTTGCTTCAAATGCCAAATGATTATAGGATGGTTGACGTTGAGTTCTTCGGCAACTTCTCACATAGTTGTGAGGGGATTGGCTTTGATGATTGCTCTCAGTTGGTCGTTGTCAACCTCTAATTGCCAGCCACTATGCTCTCCTCTCCTTGGCAAAACTTCTTGAACCACCACTGCACTGTCTATTAGCAATTCCTGGCCAAATGCATTGTTGATGTTCCGCATTATCTCTGCTGCTTTATGAACTCAAAAAGTCATTCAAATAAAAAATGTCACTTGAATTTGCTTTTTGTCTATCATCATTTCTATAGTCTAAATATAAAATAAACCTCAATTATTAAGTCATCAGCAAAAAACATAAAGTAAGAAATTCACGTTAAAGTGATGTATAGTGTTGTTCGGTCACTAAGTCGTGTCCAACTCTTTGCGACTCCATGGACTGCATCACACCAGGCTTCCCTGTCCTTCACCATCTCTTACAGTTTGCTCAAACTCATGTCCTTTGAGTCTGTGATGCCATCCAACCATCTCATCATCTGTCGTCCCCTTCTCCTGCCTTCAATCTTTCCCAACATCCAGGTCTTTTCCAATGAATCAGTTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGCTTCAGATTCAGCATCAGTCCTTCCAGTGAATATTCAGGGTTGATTTCCTTTAGGACTGACTGGTTTGGTGTCCTTGCTGTCCGAGGGACTATCAAGAGTCTTCCCCTACACCACAGGTTGAAGGCATCAGTTCTTTGATGCTCAGCTTTCTTTATGATCCAACTCTTAACATCTGTACATGACTACTGGAAAAACCATAGCTCTGACTATATGGACCTTTGTAGGCAAAGTAATGTCTCTGTTTTTTAATTTTTGTCTAGGTTTGTGATTGCTTTTTTCCCAAGGAGCAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTGCGTGAAATTTATACATCATGAAATTAAAAGAGCAGGAGTCACCACATTTATTTAAGAATGTATTCCAGTATCAAATGGCAAAGTTCAACAATGCGAAAGCGCAATTACTTTTGCACCAACCTAAACAGAAAAGCCTATGCAGCAACGAAAACCCAGCACAGCCAAAAATAAATAAAATTATTGTTATTATTATTATTTTTAAATTATACGGAGGAACACATAAAACAAAAATTAAAGTAGGGATAGCAGTGAGATGTCCATTTGTGTGTATTGACTAAATGGATTGGTAGTAACTTCCTCAAGCT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Seq C2 exon
TCACGTGAACTGGAAATTTCAGTTTATTGGCGTGATTGGCGATCTCTGTGTGCTGTAAAATTTCTGAGGTTAGAAGATTTTTTAGACAACCAACGGCATGGCATGTGTCTCTATTTGGAACCACAGGGTACTTTATTTGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021900:ENSBTAT00000029201:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]