HsaINT0126156 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000065243 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr1:88786104-88804534:+
Coord C1 exon
chr1:88786104-88786213
Coord A exon
chr1:88786214-88804390
Coord C2 exon
chr1:88804391-88804534
Length
18177 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
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3' ss Score
5.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TCACGTGAACTGGAAATTTCAGTTTATTGGCGTGATTGGCGGTCTCTGTGTGCTGTAAAATTTCTGAGGTTAGAAGATTTTTTAGACAACCAACGGCATGGCATGTGTCTCTATTTGGAACCACAGGGTACTTTATTTGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000065243:ENST00000370521:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.003 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development