BtaINT0112695 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013773 | PKP4
Description
Bos taurus plakophilin 4 (PKP4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001191491]
Coordinates
chr2:37880684-37905250:-
Coord C1 exon
chr2:37905212-37905250
Coord A exon
chr2:37880816-37905211
Coord C2 exon
chr2:37880684-37880815
Length
24396 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TTAAACTTATCTTCTTACAGATG
3' ss Score
10.49
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Secondary ID
ENSBTAG00000013773:ENSBTAT00000018330:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.643 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]