BtaINT0122419 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015539 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16862]
Coordinates
chr4:31117704-31129606:-
Coord C1 exon
chr4:31129533-31129606
Coord A exon
chr4:31117830-31129532
Coord C2 exon
chr4:31117704-31117829
Length
11703 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGA
5' ss Score
5.29
3' ss Seq
CTTTTTCTCCAACTCTTAAGGCC
3' ss Score
5.48
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTTGCACAAGATGAAGAAAACAGTGACAAACACGTGACTGTGACAGAGGCTGAAGCTGCTGCAGATCCTCAG
Seq A exon
GTGTGACAAGCTCTGTGAGGCCCCTCCCTATGCCCTTCTTCTGTGGTGAGAGTGGTGGGAGAGCGCAGGTGTAGGCAGGGGATCCAGGTCTCACCTTCTGTGTTCTGTGAAGTTATGGGAATGGAGCACTTATTTTTGATTAGGAGATATTCTACAAGAAAGGCCCGAAATTGCTCATTATGTTTATAATTTGATTCATGGGAGAAGGACAGGTATGGAGACAGCCCCCACTTCCCAGAGGAAGCAAGCCAAGTAAGTGAAGAACCAGGGGAGACCACCCTGGGGCCATCCGCCCCCTGGAGACGGCAGAGGAGAGTCAGTGGGGCCAGAGCCCAACAGATCAGTGCGGTGCCTCCCCTGGCAGACTTTCTGTACCCACCCCCATTATTTACCTCGTGGCATGAACATACTTTTAGTAGCAGCTGACCTCAAATAGTATGGCAGCATAAAAACTCTGGACACCCTACTGCTGTAAACTTTATGTAAATGCAGAGCATTGAAAGTTTCTTTGTGGGAACAGAAGGGAGAGAAACAGAACAGATGGCATAAGGACTTTATTTTGCAAAGTCCCCAGCAGTTCAGCTCCACTCCTCAGACTTGCACTGCCTTGATACCCAGCTATAGCGTTATGTGATGTGGCTAAATACCTAGCTGCATTAAAGCAGTTTCTTAACCCTTTTGAGGGTTAGATGACTCATCTCTAAACCTACCTGATAGGGAAGTTGTGAGGATTAAAAAGAGAAGTGTGTTGAATAAGAAAGCCATGGGATTTTATTATACACAAGAAAGAGAAAAGAGTGGGTTCAGGGGAGTCCATTACTTGGAAATCGTGTTGTGTACAGAGCGGTGGGGTTGACTTATCTACCCAGGGAGAAAAGTTGGATAGACTCTACGCTCAGGGTGAAAGGAGCAGAAAAACGAAACAGACAAGCCCATTTTAGCCCTTACTAAAGTGGAGGGTGTTGCTGGGTTCTCCTTGCTAGACCTGCCGAGGAGATGCCCTCTCAGGGTTGTGATGATGGTATCCTGGTATCAAGTGGGTCCAGACTCATCAAAATGGGTGCATTAAATGTATGCGACTTGTTGTACATCATGTATACCTCAATAGGTCTGGTGAAGAAAAGATGCTTAGTTTGGTTGACACCTCGCACTCCACCTTTAAAGTTGTAAATCTGTGGATTCCGGTTAGAATAATCACATTAACTTTGTTAGGCAGGATTGCATAGGCTTTCATGGCCTAATAAGTTCATGTAAGGACTTGTTTGGAATTGTTTTGCTATGGTCATACTCAGAATGCTGCAATCCACAGGCTTATACTGCAGTTACATTTCAGGCTTCCAAATAAACCTGGGCAGGGATTGCTTTCTCAAAGTTTTCTTAAAGGGTTAAGTTATTAGTGGGGCCTTGTATTTATTATAGTTTCTCAATTTAAACTTCTAGTTTTATTTTGGACTTATTCTGTGGGCAAAAGTCTGTGTTAATCAAGTTCTATTCCTTTGTGTATCTCAAGTGGATGTGCAGAGCTTGCTCTACAAGATTTTGTGATTTTTCTTCAGCAACGGTGACATCTCTGAGCATCTGTAGAATGTACAGAGGAATGATGGCCTGAAACCGGTGAATCCATAATTAGATCAGGAACAGATTCTTTTTAGGTTGGAGAGTCATGAGTTAATTCAGTGGGGTGCCTGACTGTGAGTGTTAGAGGCCTGGACAGCTGTCACCTCCACTAACGTGTCTGAGGAGGTCTGATCTGCTCCCACAATGAGAGGGGCCGCTTTTAATGGCTTAATCCTGCAGGTCCATCTATTCAAATGCGCTGAGTGGACTCACCAGGGGTTCAGGTTGTGTAAGGCGAGCTTAAAGAAAACATCCACAGTTTCTCCATCACATACCTAGACAGATTTAGAAATAGATGTATGTGTGTGCTCATGGGTATAAATGTGTGCACTTTCCACAAAAAATTTATTCATTTGATATTTGTTGTGTGTGTATGTATGTAAAAATTAATCAAGCACCTATATGCCAGGCTCTTATGGTATTTCACATTATTGCAGTCCTCACTCCAGAGCATGCTTTAAACAAGTTAAATGCAAACTGGTTTCTCATTCCTTCCCTGTATGTGATGAAATATGTCACTACAAGAAAAACTTCCTGTGGCTGTTGAAAACTCTAGGTGTACAAAGGGTTAAGCTTGTTACTAACTCTGGAGAGACTGGGCCTTGTTGTAAAAGGGTTTCTCAGAAACCTTTCCCAGAAAACTGGTTCTCTCCTCATATGCTGGTTTTCTGCCTGAGAAACTTCCTGTTTCCATGCAGTGATGTGTATGCACAGTGAAGGGAGCATGTAGCCTGGTGTACATCCCAGCCCTTCTTCCTCATAGTTGGTGCCTATAGGCAAGTTCTGTAGTGTCTCTAAACTTGTGTGTTCCTGTAGGGTGGCATCCTTTGTCACCAGGGTGTCCAAAGTATCCCCACTATGCTAGGCAGTGACTAGCATGCTTGGTTTTCATCTTTAAAGTGGAGATGTTATGAAGCTGAAATGAAGCAACATAACAAATGCCTGCCATTTTGGCACGTAAAAGATTTGCCCTGTGAATGCCAGGCCACACCCATGAGGTTAAGAGCTCTGCCTCCCGGGCCAGGCTGCCAGAGCTCCGGGCTGGGCTCTGTTCCAGCACCCTGGGCAAGTTCCTCTGCTCTCTGGTGTCCTATGATGCTTTTCTTTAGAGCATCAAGAGTTAACACTTAGATAACACTTCAAACGCACTCTCCTAAGCTCTTTGTTTTTATTAACGTAGTTTAAAACCTCACAACAAACCCTGTGAGGCTGATAATATAATTACCACCACTTTACAGATGAACGGCTGATGCCAAAAGCTCAAGCTTCTCTGTACACCCGTGTACAGCTGAATCACATCTCAGAGACAGAATTTTGGATGAAGTAGAAAAGGATAACCTTTTTACTTTGCCAGACAAAGGGGGACACAGCGGGCTCCTGCCTTGAAACACTGTGTGTGTGCCCTTGCCCCTCCTCCACAAGGCTTTGATGAAGAGTTTTATAACAATACTTCCCAAGGGTGAGTTTGCTGACAAGATTAGGCAGGGGTGTGCTGTGCTTAGTCACTCAGTCATGTCTGACTTTGCAACCTCATGGACTGTAGCCTGCCAGGCTTTTCTGTCCATGGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGAGTTGCCATGCCCTCCTCTGGGAGATCTTCCCAACTCAGGGATCAAACCCAGGTCTCCCACATTGCAGGTGGATTCTTTAGCATCTGAGCCACCAAGGAAGCCCAAGAATGTTGGAGTGGGTAGCCTATCTCTTATCCAGGGGAACTTCCTGATCCAGGAATTGAACCAGGTCTCCTGCATCGCAGGTGGGTTCTTTACCAGCTGAGCCACCAGGAAGGGTGTGCTAGGGTCTCCTAATCTTGATGAGCTTCTCTGGCTCCGGCTCTTGCCTCTGGTGGTTTCTTGGTTCTCCTTCCCTTGATTAGCAACTGAATCTGCCCTTTGGAACTCAGGGAAGCTCCTGGAAGCTGGAATATTGCCCCTAAGCAACAGGGGACAAAAAGGCCGGTCCCCCATGCCTGTGGAGCGCCAAAGGACCCTGCTAGGATTCACTGCTAAGTGGCGGGGATGGGAATCCAAGCAAGGTAGTCTGGTTCCAATATTCTTGCTTGTAACCACTGTGCTAAACAGCCTTTCTAACATTTCTGAAATGGAGATAATTGTTCTGAAGATTAAATGAGTATATGTGAAGCCGTTAGAACAGTGCCTGGCATACAGTAAGTTCTCAGCAAAAGTTAGCCTCCTGGTGTTCTCATGATCATCTGTTGCATTCTGTTTTGGTTTGAGAATCTATGGTATCTGTCAGGGCTGGGCTACAGTGGTACTCTGTCTACCATTGTGGTGTCTGTATATCAGCATGCTAGACCTTTACTCGTTATAACCATTTATATAGGACTAAAGGGTTAAATCATCTTTATCAAAATGTATAGAACTTTTTCAGCTTCTAGTTTAAGGATTGTAATGAGATATTCCATGAATAATTTACAGCATTTTGAACTTTAGAAATTCTCCCTGTTTATGCAGGTGGCCACTGGATTCAGTAATTATTTTGTCTCCTATTCCCCCATTGGACTCAATCATTTTATTATTAAGTGATGATAACTGTTAATTATACAAATTGATTACCAAATAGTTCATGATTGTTTTATTAGTAGCAAAATAGTTTTTTTTCCAAAATAGACTGAAGAAAGCTCTTATTTAAGGTTGTGATAGCTATCATAGAAAACAGATGATGCTTTTAAATCTTTTGTGTTAGAATATATTAAATTTACTATTCTCTTTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTGTAAACTTTATTATTTGCCCAGCTCTGGTGCTCTGCTTTGCAGATGGTCAATAATGTATAAGACCTAAGCTGTAATTTCTCTCAGGTCAAAACAAGGTAAAATATGGTGACTTCTCTATTCTAGTCTGAAAGTTCAAAGAATTAAATATATATAATGTATGAACCCCTTACTTCATCAATCACATTAAATCTGTGATGTATGTAGCTTCATCAGAAGAGATAGTTATGTAATATAATAGAGGAAGAAAAGCGTTTGAGGGAAGTAACAGTCAGAAATTCCATGTAGCTCTGGTTTCTGCCCCCTTCTGTGTTCTGGGCACAGTTTGGTGCAACGCAGTATCACATATTGTTGGTGGAGGATGGGTCTGACTAACCAGTGTGGAATATTAACACAGGTGATGCCACAGGGGAGGAAGGCCGGAGGAGCGAATCTCCCTGAACTTGCACTGTGAGTGCAAATCCCAGGCGCTGATGCCCCAGCATGGTGTAGAGGCCTGTTCTTGTGATGCCCTGGGCATTAGTAAACCTGCCTTTACCATCGCACTTTCTATCACATTTACTTTTCACTGTAACTGCTTCTTGATTCTTTCCCCAGTTATCAAAG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Seq C2 exon
GCCGGCATGATGTGCAAACTTCAGGAGAGAGATGATATCGGGCGAATTGAACTGGTCCAGAAGCTGGCAAGAGAAAGCTGTCAGTTTTTGCAGACGGACAAAAAAGAACAGGAGAAGTCTGAACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015539:ENSBTAT00000033832:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.760 A=NA C2=0.381
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]