HsaINT0137439 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136237 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:16862]
Coordinates
chr7:22259485-22270538:-
Coord C1 exon
chr7:22270465-22270538
Coord A exon
chr7:22259611-22270464
Coord C2 exon
chr7:22259485-22259610
Length
10854 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTTTTTCTCCAACTCTTAAGGCA
3' ss Score
5.09
Exon sequences
Seq C1 exon
CAATTGAACAAGATGAAGAAAACAACGACAAACATGTAGCTGTAACAGAAGCCGAAAGTGTTCCAGATTCTCAG
Seq A exon
GTATGATCAATTCTGTGACAGCCCCTCATCATACCCTTCTGTGTTGAGGGTGGTGAGACAGTGCAGGTGTTAAAAAATGATATAGGTTTTACCTTTTATGTTTTGTAAATAGCCATGTTATTGGGAATAAAGTGCTCAGTTTTGATATAAAGGTATTTCACACAAAGGGTCCTAAATTGGTAATTATATTTATAATTTGATTCATGGGAGAGGGTCAGATAGACACACTTTACTTCCCAGAGGAAGCAAGGGAAATGAGTGAAGGGCAGACATTCCCCTGAAGAAGGCAGTGGAGAATGGGCCAGCTGACAGCACCAACTTGCTAGAGGTTCTGTGCTACCTCCCAGTAGCTAAATCACGGCATGAATATGCTTTAGGTAGCATACCTCCAAATACTATTGCACCATAAAAACTTTGGACACCCTAGTGCTGCCAGCTGTTAACTTTATATAACAGTGGAGCATTTTAAAATTCTGACTTAGCCTAGTTGACTCATCTCACTTCGCCTTTAAGGTTACAAATCTGTTGATTCTGGTCAGAAGAATCACATTAACTTTTTCAATAAAGATTGCATGGACAGTAATGTTTTAATAAAGTCACATTGTTTTGCTGTGGTAATATTAAACATGGAACAGTCCTCAAGTTCATATTAAAATTATACTGCAGGCTTCCAAGCAAACCTGTGCAGGGATTCCCCAGCTCAGTGTATTTACCACTTTCTCCAAGTTTCTTAAATCCTTAAATTACTAGTGGGACAAGGGTTTCTAAATTTAAAATACTGTTATTCTTTATTTGTTCTGAACTTATTCTATGGGTAAATGTCTGTTTGAATGCAATTTTATTTCTCAAAAGGATACACAGACCTTACTGTTCAGGATTTTGTGATTTTTATTCAGCAATGATTATATAACTGTGTATCTGTAGGACATACAGAGGGATGAAATCATGAAACCAGTAGATTGATAATTAGATTAGGAACAGATTCTACTTAGGTTTGAAAGTTGAATTAAGTTCACTGGGCAGCATGGCATCATTATGAGTGTTATAGGCCTAAGCTGGTTAGGAAGGAAGGCAGTTGTCACCTCCTCTGGTGTGTCTAAGAAAGCTTGATCTGCTACCGTAGTGGAAACACCAGTTTTATTGGTTTAATTCTGCAGGCCCGTCTATATAAGTTCTCTGGATGGAATAAGTAGTTCAAGTCATGCGAGGTGAGCTTAAAGAAAACTTAGAATTTTGCCATCAGATACATAGGCAGAATTAGAAATAAAAATGTATGCTCATTGGTATGTACGTATGTGTGTAATTTATATGTACAATTTATTTGATTGATGTATATACATTTAATGGCTTGAGCACCTATTTGCCAGGCTTCACAGTATTTCAGATTACTTCAGTCTTCATTCCAGAGCATATTTTAAGCAAGTTAAGTGGATTCTGATTCCTTCTTCCGCATAGATGATGAAATATGTTACCGTGGGGAATGTGCCTCTAGGCTGCTGAAAACTTTGGGTCTATAAAAGGTTAAGATGGTTACTAAGCCCAGACAGACTTGGCCTTGTTGTACACAGGCTTCCCATCTACCAGAGATCTCTCATATGTTGGCTGCTTTTTTCTTACTCTCACTAAAAATACCTTTTCTGCTTAAGAAACTCCCTGTTTTAATGCTGTCACATGTGGGTGGAGTGAAGAGAGCATTTAGAGTTGGGTTTACCTGCCAGCCCTTCTTCCTTAAGGGATGTTCCTTAGTGGCTGTAAACCTGGAAGATCCTGTAGGTCGCCTAAGTCTTTGTCCCCATGGTGTCCCCACTATGCTAGACAGTACCTAGCATGCATGGTTTTCATCTCTGCAAAATGGAGATATTATAAGCTTGTCCTGAGGTTGAAATGAAGCAACATAAAACACTCCTGGCAATCCCGGCACATAGGAGAGTTTCAGTAAATGTTGGGCAGCATAATGTAAAGACTAGGGGCGCTGCCTCTGGGGCCACACTGCCTGGATTCTTTTCCTGACTGGCACAGTAACCTTGGGCGAGTAACAGTCGTGGTGGCTCGCACCCGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCGTGAAGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGACAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTAGCAGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCCGAAGCAGGAGAATCATTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTTCAGTGAGCCAAAATCCTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGGGCGAGACTCCATCTCAAAAAAGAAAACAAAGCAAAACAAAAAACCTTTGGGCAAGTTAACTCTCTTGTGCTCCTACCCTCCTTTTCTGTAATAATACTGGGAGCAGTATTATTGTATATAACACTTAGGCAGCACTTCATATATATTAGACACTCTAAGGTTCTTTGTTTTTATTAATGTATTTAAACATCACAGCAAACCCTCCAGGATAGATAGTTTAATTACTACCACTTTATAGATGTGCCGGTAAGGGACGGGGCCAGGTCTGAAACCAGGGCAGTCTGGTTCTGATGTCCTTGCTTTAAACAGCATGCAAACTGCCTTTCTAACCTCTGTAAAATGGAAATAATTGTTAGATTGTTCTGAAGATTAAAGGACTACATGTGAAGCAATTAGAACAGCACCTGACACACAGTAAGCACCCAACAAATCAGCCTCTGTCAGTTATTGTCACGCTGACCATCTATCTCATTGCTTTTTGGTTGGAATATTTAAAGTATCTAACTGGGCCAAGTTGCAGCATTACTCTCTGCCAGATGGTATCTTTGCAGACACAAAATATTCTAGTCCCTTCACTGTATTATAGGATAAAAGGATTTAAGAATCTTTGTCAAAATGTACTGAAAATTTGCCTGGTTCTAGCTTTTAAGAATTCTAATGAGATCTTTAATTAGTTATTAATTGACTGATTGATTGATTGCAACAGGGTCTTACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCATGGCTCGCTGCAGCCTCAACCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGACAACAGGTGCACACCACCATATCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTTTGTAGAGATGTGGTTTTGCTATGTTGCCCAGGCTGACCTCTGACTCCTGGGCTCAAGCAGTCTGCCCACCTCAGCCTCCCCAGGTACCGAGATTACAGGCGTTAGCCACTACACTTGGCCTTGAGTAATTTATAATATATTGAACTTTGGAAATTCTTGCTTTGATTCCATTAGCCATTGGCCACTGGATTCAGTGAATATTTTCATTGTCTCCTATCCTCCATTTGAATCAATCATTCTATTATTAAGTGATAATAATTATTTGTTATACAAATTAACTGCTAAATATTTGGTAACTAATTTATCAGTAGTCAGACTATAACTTTTAAAAATATGCATACTAAAGAAAGCTCTTATTTAATACTGTCAAAGAAAATTGATTATCCTGTTAAATCTTTTATGTTTGATATTATTCGAGTTTGCTTATTCTCTTTTTTAACTTTTTAATTTTTTTTTTTAACTTTGCTACCCTGCTTACCAGTGTGGTCAAGAATGTATACAAGTCTGAGCTATAATTTCTCTTAGGTCAAAACAAGAGAAAATATTGGTGGCCCCCCTACTTTAGTCTGAACGTTAAAGGAATCAAGCATGTGAAGTGAATGAACCCCTTACTTTTTCAATTATATAAATTTATAATACTATATATTATGTAAATTTATAATTCTATATTTTGATTTTAATCAGAAGGGATAATTTTCTAAATACAAAAGATTAAGAAAGTACTTGAGGGAAATAACAGCATAAATTTCATGTAAGTGTGGTTTCTGCCTTATTCCTAGCTCTCAGCATGCTCTGGCAGGATGCAGCATTACACAGTATTTCTATAGTATGGGTCTGTCCATCCTATACAAAGGTGATGTTTTAACACAAGGAATTCCACAAAGGAGTAGGACCAGAGAAACTGAATGTCCATTGCCTTGCCTGGACAGTGACGGGCTAGGAATTATGAAATGATTTCTAAAGCTCCCTGATGCCCCAGCATGGTGTTCGAGGCCCATACCAGTGACTCCCTAGGGATTCCTCACCTGCCTTGACTATCACACTTTCCATTAGGTACATTTCTCACTGTGGATGCTTCGTGGTTCATTTCCCAATTCTCAAGGGGGCATATTCTTCTATCCCTAACAGGGAGAGCTTTTTCATAGTCTAACTTTTTTCTCTGAAGAAATTTGAGAAAATGAATATTTGTTGCCCTAAAATTATTATTATTTTTTGACTATGAACTGTCTTCTGAATTTTCCTGGAAAAAAATTCTTAATATTTTCTGTTTTCAAAATAAGGTGCATACAGTAGAATAATTTATCATCTAAGCTCATCAGTGTTTTATTCTGTCATTTATATTTCTGTTTAAAATAGCAAAAAAATTATATGAACTTCTAGGCTTAATTTTTAATGAAATTAAGATATTACATAGTAATCAATAAAAATTTATCTGAATATCCTGAATTTGAACTGAATAGCATTCTGTTATTGCAAAAGTGCTTTCATGAAAGGTGGACTCTTTCTTTCTGGTTTCCCTGACCTTGATAAGCAATTTTTGCAGCATGTTTTACCTAGGTGTTTTAGAAAAAGTGGTTGTTAAAGTTAAGATAATGCAGAGAATGTTTTAATACAAAGAACTGTGCTTTTGTCCCAGTAAGATGCTCATTTATCATCCATGTGGCCTTTCCCACAGGAATCTTGTCCACGCTTCATTCTGCCATTGAGGGGATGGACCCAACATTTTTATGACTACATTTATAAAGGAAACAGGCTTTTCGTTTACATTCATAACATTTCTCTCCTCAAAGGCTGAAAATCCTATGAATAACTTTAATTATACATTATGGAGA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Seq C2 exon
GCAGGGGTGATGTGCAAGCTCCAGGAAAGAGATGAAATCGGACGAATTGAACTAGTCCAGAAGCTGGCAAAAGAAAACTATCAGTTTTTGCAGACGGACAAAAAAGAACAGGAGAAGTCTGAACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136237-RAPGEF5:NM_012294:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=0.317
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)