BtaINT0128917 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018855 | SCAF4
Description
SR-related CTD-associated factor 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19304]
Coordinates
chr1:3095922-3111486:+
Coord C1 exon
chr1:3095922-3096113
Coord A exon
chr1:3096114-3110539
Coord C2 exon
chr1:3110540-3111486
Length
14426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTACCCAAGGAGTTGCACCAGGTCCCGTCATTGGGCTCCAGGCCCCGTCCACTGGTCTCCTCGGTGCCCGACCTGGCCTGATCCCACTCCAGCGCCCGCCAGGAATGCCTCCACCTCACTTACAGCGGTTTCCCTTGATGCCACCTCGGCCCATGCCTCCACACATGATGCACCGAGGTCCACCACCAGGCCCGGGGGGCTTCGGAATGCCTCCGCCTCATGGAATGAAAGGCCCATTCCCACCCCACGGCCCCTTCGTCAGGCCTGGCGGGATGCCAGGGCTCGGGGGCCCGGGGCCGGGCCCGGGGGGTCCTGAGGACCGAGACGGAAGGCAGCCGCCGCCACAGCAGCAACAGCAGCAACAGCAGCAGCCACCTGCACAGCCGCCACCGCAGCAGCCGCCGCCAGCCCAGCAGCCGCCTCCGGCTCAGCAGCAGCCACAGCCGTTCAGAAATGACAGCAGGCAGCAGCAGTTCAATTCAGGTAGAGACCAAGAAAGGTTTGGAAGAAGATCCTTTGGAAATAGGGTGGAGAATGACCGGGAACGGTACGGGAACCGTAACGATGATCGAGAGAATAGTAACCGTGAGAGGAGAGAGTGGGGAAGGAGGAGCCCCGACCGGGACAGGCACAGAGACTTGGAAGACAGGAATAGACGTTCTAGTGGGCATCGAGACAGAGAGAGAGATTCTAGAGATAGAGAGTCTCGTAGAGAGAAGGAAGAAAACCGAGGCAAAGAGAAGCCCGAGGTGGCAGACAGGGCAGGCAGTAACAAGACCGTGGAACCTCCCATTAGCCAAGCGGGAAACGTAGACACTGTTTCAGAACTTCCTAAGGGGGAGCCTGGGCCTGCAGTCGCAAAGCCTTCTGAAGAGTTACCTGCTGAGGCTACCTCATCCGTCAACCCCGAGAAGGACCCCGGCTCAGCAGCAGAGGCTCCTCGTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018855:ENSBTAT00000025104:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development