BtaINT0128965 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000007371 | SCAMP1
Description
Bos taurus secretory carrier membrane protein 1 (SCAMP1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076054]
Coordinates
chr10:9454134-9464740:+
Coord C1 exon
chr10:9454134-9454293
Coord A exon
chr10:9454294-9464638
Coord C2 exon
chr10:9464639-9464740
Length
10345 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
CCCTTTCTTTTTAAAACCAGGAG
3' ss Score
7.74
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCATGCTGTAACACTATTTCTAAATATCTTCGGATGCTTGGCTTGGTTTTGTGTTGATCCTCCAAGAGGGGTTGATTTTGGATTGAGTATCCTGTGGTTCTTACTTTTTACTCCTTGTTCATTTGTCTGTTGGTACAGACCACTTTACGGAGCTTTCAG
Seq A exon
GTAAAATGTGTGTACTTTAAAATGTGCTCTTTAAACCTGTGAAGTAAATAATTTGTAGTGCACCTTAAAGGTAAAAGTGACGTATGTTCATGTTTTAAGCTTTTTATTATTGTACAGTATACCTTCAGAAAAGTCTGTATATAACATCTCTGTGTATTAAGTCCATCTCTAACTTGCTGTATATTCATTCGACCTTGTAACTAACAATATCCTATTCTTTTCTCCCACTTGAGAAAAAAGACCAAACATGAAAATGAATGAGGGGAAAATGAGAACAAACTTAAGTCTTAATATTTGTAAAAGATTCTTTTCCATAAGAATATTTTACTCCTATTTTTGCCTTCAAAAAAAAAGTCAAAAGTGGTGATTAATCCTAATTTTTTAAATGGATCTGGGTAACCTAGCTAAGGTAAATATACATGTAATATTTAAAGTGAGTCACTTCACCTAGCAACTTGGTAATTATTTTCTGTGTAAATTCATTTTTGGTTTTTCAAAAGGCATTGACATTTTAAAACCATTTAGACTGTTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCACACAGAGTCAGACACGACTAAAGTGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAGACTGTAAGATTAAGTATACTATTTTGCATGATATATTTTAATGAATGGTTAGGATAAACATTTCCTAAATGCGTGTTCTGTGGGATATTACTAGGTGTTGTAGAAAAAATGCTCATTAACTTAAGTTTGGGAAGTTAAGTGGGATAATAAAACTAAATACGTTTCTTCATTTCAGAATTTCTTAGGTTTCTTTAAGAGCTTGGTGTGCTTCGTGGTGTAACCGTGAAACCATTATATATGTCTGTATGTGGAGTATCTTTTATTGTTTTAGAAAATAAACATTGGGAAATGCTGATTTAGATGCTGGCCTTAGATGAGTCCGTGCATTCAGTTGTTGATCAGCTTACTTTTATTTGAGTAAACTGGTTTATGAATGACCTTTTTCAGCTCTCATGCACATGGAGCAACATTACTATGAAATAGGTGTGTATTGTACAGATGATGTATTAGAGAAATTAGAGGGCCACATTCAGTTGTTTAACTTCTTCTTTTCCTTTTCAACAAAAAATATCTTTGATTATCCAGAATGTATATCACCGCCCCCCGCCACCTTTACCCCTCCCAGTCCCCGAAACACTTGCCAAATGGAGTTAGAAATGAAAACATGGAAACTGAAAATGAAAAGGAAGGAAATGGGGAATATTAGGGAATTTGGAGAAAAAAGTGTCATGCAACAGAAAACTAAATTGGTTAGAAATGGAATGAAGGGAAAAAAATATATGGGCGGAAGGAAGGAATCTTTGGATCTAATGGTAAATAACAGGTTGGTTGTCAAGGAATGAGAGAGGCACCCCTATAAGATGTAGGTTGGAGAGGAATAAAAGTGTCCTTGCATGAATAGGAGAAGAGTTCCTGCTGCTCTTTTCCTTGTTATCCTTTTCATGTATTGTTGAATTTGTTTTTTGCCTCTATGTTAATTAGGAATAGTGGCTGGTAATTTTCTTTTTTTGTAGTGCACTTATCTGGCGTTGGTATCAGGGTAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTTGGAAGTGTTCCCTCCTCTTCTGTGTTTTGGAAGAGTTTGAGAATCATTGTTATTAATTCTTCATTAAATGTTTGGTGATTTCACCAATGAGGCCATGAGGTCCTGGACTTTTGTTTTGGGGAAGTTTTTGATTACTAATTCACTCTCCTTACTAGTAAACGGTCTGTTCAGATTTTCTATTTCCTTATGATTCAGACTTGGCAGGTTATATGTTTCTAGGAATTTATCCAAGTATAAACTCATGTATTCTTAGTTTCAGTAGTTTCTTTCCCTTTTGCCATGTGTACTAGAAATTTTTTAAAGATTTCATTCTCTTATGAAATTTTTTTTTAATTTTATTTTATTTTTAAACTTTACATAATTGTATTAGTTTTGCCAAATATCAAAATGAATCCGCCACAGGTATACATGTGTTCCCCATCCTGAATGTCTGTATGTGCACACTTCAGTATCTAGAATGCTCTGTGAACCTGTTTTGTATTGTTCATATTTTTCTCTTTGTTTTTAATCATATGGTGCAGCTGTTGGTATACTTAACATGACTTGACTGAATCTGGTTGTGGTGAGTAAAGAATTGTGGAGGCTTCTGATGTTGGCCAGTTGTTTCAAAAGAAGTTCACCTTTGCCCTGCTTGTCAGCTAGAGGATAAGTTAGGGGCTGAGCTGAGCTGTAGTCTATTAAGCCTGACATTAAAGAGGTTTGCAAAAATATAAAGTAATGCTACTCTTTTTGCTTCTCCCACTCCTCCAGTTTTCATGAAAGTGTTATTTTATTATAAGAAATTTATCTAAAAATTAGTTAAATGCTTTAACTATTTCTCAATTTTAGTTTCTCATTTGGTAAAGCAAGAGCTACAACCTACATTATCAAAAGTTCCTTGTGATGCTCAATAATAAAGAAGTGCTGAGGCCAAAAATTTGAGAATTACCGTTCTAATTCTTTTCCCATTGGGGAACGCTGCGGAAAGCCTATTCTGCTTTCAGAGGGTCTTCTGACTTGTTAGCGTCTGTGTTTGGTGCATGCCTTGAGAGAAAAGTTGGCTGCATGTTTGGGCCCGTATTGTGCCTCTCACTTCTCATTACTCAACATGTGAATCTGCTCAAAGCTTCTGTTGGTTTGTCTTTTCCCTCACAGCTGCGTTCTGTGCAGGCAGAGTCTGAATTTTCAGCCTATTGTCTTGTATTCAGCAAAAATGGATTGAAGCTGTAGAATGCCAGCTTACATTTCTATAGTTGTCTTCCACTCCAGAACCATGGACTCTATTCCTGGATGCTTCAGCAGCTCTTAAGTGGATTTTAGCAGATTTTTTTTCTATTTTATCCTACTATTCTAGTTGCTCTTGGTAGAGATACACACACTAGCCTTTTCTCTCATATTTGGAACCATAAAACTAAAATTAGTTTGTTTGGTTCTTAGGATTTCCGCCTCTGTTTACATTGCTAATCTGTTCTTGCATACTGTCTAGTTTATCCATTAGAACCCATAGCATATTACATTCCTGATGGTAATTCCAACATCCTAATCTTATCTGACTGTGATTCTGATGCTTGCTCTATATTTTCAAGCTATGTATTTTTTTGCATTTTTGTTATGTCTTGTGATTTTTACTTGATTGCTGCACATAATGTAAAAGGAACTGCTGTAAATAGGCCTTTAGTAATGTGATGGTAAGGTATGGGGGAGGGGAAACATTCTGTGGGCCTATGAGTAGGTCTCAGTCTTTTATTGAATAGTTAGCCAGTGCCTCTGGACTGTGAACTGCACCAGTGCTTCTCAGTCCTTCCCTCTCCTCAGGTGGGACGGTGTCATAGAGTGGGCTGGAATTGGGTATTTTCGGTTTCCCCGTATAGGATCTCTAAAAATTTTCCCTGTAGCTCAAATGGTAAAGAATCTATCTGCAATGCAGGAGACCCAGGTTCAATCTCTGGGTTGGGAAGATCCTCTGGAGAAGGGAATGGCCACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCTCATGGACAGAAGAGCCTGGTGGGCTACAGTCGGTGGGGTCACAATGAGTCAAACACTACTGAGCCGCTAACACTACCACTACATTATATAGGTCAGGCTGTAATAAAACTTACTTCCAGAGTGAGTTGGGCTCTGGTTTCTCCTGAGGACATACCTTGTTAAGAACAGAGTGCTGTAGGCAGGGCTCCCCAACCTCTGGGATCTAATGCCTGATAATCTGAGGTGGAGCTGATGTAATAATAGAGATAAAATGCACAATAAATGTAATGCATTTGAATCCCAAAACTACTCCCCCCCCACCTCCCCGCCCTGCAATCCCTGGAAAACTTGTCTTCCACGAAACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGTCTGGGGACCACTGCTCTAGAGTGTTCCCAAATGATTCCTTTCTGCCACCTCCTTCCAGAAGCACGAAGGGATTTTTCTCTAAAGAAATCACTCAGACCCAGGGTGAGCTGTTGTTGGTAAAACTCACAAATGTGTGGATTTCCCGAATGACTAGGTCTCCTTGGAGTTTTAACTCCGAGTTGTCCACTCCGGGCCAACAGCATTTTGACAGTTACAGTTCAGGTATTCCTACCCTGCAATGGTTGCTGCAGAGGTTTCTGCTCCAATAACTTGATTCTCTGTATCCATCTGTCTGTCTTTCCAGTTTGGGGTTGCAGTTTGCCTTCTGGCTTCTCTTCTCTTTCAGATTTAAGAAGAGTTGTTGATTTTTCAGTTTTTCCAGCTTTTTACTTGTAGTTAGGATGATATACTACTTCTAAGCTTCTTCCAGGTATACTTTTTAAAAGCAGGCTACCTCTGGGAAGTAGACAGTATTTTTTTGGTTCTATTCCTTTATAACATAATATCTGTGGCGATTTCATACCTTTTACGTTAGAATATTTTGCTAATTGAAATTAGAGATTAAATATGATTGAAATAGAAAATCATTTTAGCATCCTGAAAAATGTTATATTAGCATATGAGCCAGGAAGTCAATTTAATTTTTTCTATAGAAAGATACTTGATATTTGATTTTAACTATAAAAACTTATTCAAAGCCCTAGTCCATTTTCATGTTGTTTAAATAGTCTTCCAAGTGAGTTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTGTTCAGTCGAGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGCAGCATTCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCACTGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTGTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTACACCCAATCCCTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTTGC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Seq C2 exon
GAGTGACAGCTCCTTCCGGTTCTTCGTGTTCTTTTTTGTCTATATCTGTCAGTTTGCTGTGCACGTACTCCAGGCTGCAGGATTTCATAACTGGGGTAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000007371:ENSBTAT00000009693:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF041448=SCAMP=FE(29.8=100)
A:
NA
C2:
PF041448=SCAMP=FE(19.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development