MmuINT0139183 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021687 | Scamp1
Description
secretory carrier membrane protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1349480]
Coordinates
chr13:94980532-94995009:-
Coord C1 exon
chr13:94994850-94995009
Coord A exon
chr13:94980634-94994849
Coord C2 exon
chr13:94980532-94980633
Length
14216 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
CTCCCCCTTTTCTTTTAAAGGAG
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCATGCAGTGACCCTGTTTCTGAACATCTTCGGATGCTTGGCCTGGTTTTGTGTTGATTCCTCGAGAGCAGTCGACTTTGGGCTGAGCATCCTGTGGTTCCTGCTCTTCACTCCCTGCTCCTTTGTCTGTTGGTACAGACCGCTGTACGGGGCCTTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCGACAGTTCCTTCAGGTTCTTTGTGTTCTTCTTCGTCTATATTTGTCAGTTTGCTGTCCATGTGCTCCAGGCTGCAGGATTTCATAACTGGGGAAACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021687-Scamp1:NM_029153:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF041448=SCAMP=FE(29.8=100)
A:
NA
C2:
PF041448=SCAMP=FE(19.1=100),PF076666=MpPF26=PU(35.6=88.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: