HsaINT0145321 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000085365 | SCAMP1
Description
secretory carrier membrane protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10563]
Coordinates
chr5:78421801-78450034:+
Coord C1 exon
chr5:78421801-78421960
Coord A exon
chr5:78421961-78449932
Coord C2 exon
chr5:78449933-78450034
Length
27972 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTTCTTTTTTTTTTTCAAAGGAG
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCATGCAGTAACACTGTTTCTAAATATCTTCGGATGCTTGGCTTGGTTTTGTGTTGATTCTGCAAGAGCGGTTGATTTTGGATTGAGTATCCTGTGGTTCTTGCTTTTTACTCCTTGTTCATTTGTCTGTTGGTACAGACCACTTTATGGAGCTTTCAG
Seq A exon
GTAAAATGTGTGTACTTTAAAATACACTCTTTAAAACCTGTGAAGTAAATAATTCGTAGTATACATTAAAGGGAAAATTGATGCATTTTCATTAAAAAATTCTTGTATTGTTGTGTAACATACCTTCAGGAAAGTTCAATATAGCATGCCTGTGTATTCATTGGATTTTGTAAGTCATAAAATTCCATTTTTTTCTCCCATTTGATAAAAGACCAAACATGAAAATTGATGGAAAAATAAGAACAGTCTTAGAAGTTAATATTTATAAAATATTCTCTTCCATATGTTATACTTCAAGGAAAATTTTGCTGTTTGCCCACCCCACCTCCCAAATCAAAATCCCAATTGGTGCTTATGGTTTTTTTTTTTTTAAATTAACCTAAGTAAGGTAAATATACATGCAATATTTAAAATGAGCCATTTGCACCTAGCAACTTGGATTATTTTCTTTATAAATCCATTTTAGGTTTTTTCAAAGGCAGCACCATTTTAAAAACGATTTATGCTACTAGGTTAAGTATAATGCTTTACATAGTATATTTTAATCAGTGGTTAGGGTTAACATTTCCTTAGCGCATGTTCTGTGGGATATTAATAGGTGCTGGGGGAGAAAAAAAGAGCTCATAAGCTTAGTAAATTTGGGAACAGCTGGATAATAAGGTTAAGCAAGTTTCTTCATTTCAGGATTTCTTACACTCTTTAAGTACCTAGTATGATTTGTGCCTTATGACTTGACCATGCAACCATTATTTTTCTGTGGAGTACTTTGTTGGACTATTGCTTTAAGAAGTATTGGGAAATACTGATTGAAATGATAGTCCTATATGGGTTCATATATTTAATAGTTTTTTTAAACTCATTTTTATTTGAGTAAATTCTTGTGAATAACCATTTCAACTCTCGTGAATAAGGGGTAACATTACTAGGATATATGCGTGTGTTGTTTAAAGGATATATTAGGGAAATTAGAGGCCCACATTTAAGTGTTCAGTATGTTTTGCCATTGCAACCTAAAATCTCTTTAGTTAACCAGAATGTGTAACACACGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGTTAGAAACCCAGATCTGTAAACAGATGAGGGAAAAACAGAAGAGAACAGGAGATGGGAGAACATTAGGGAATTTGGAGAGAAAATGTATCAGACAATGAAGAAGTAAATTATTACTTAGAAATGGCATAAAGAGAAGAAATGATGAGAGGAGGAGTGAAGGGAAGAAATGATGGGAGAAGGGAAAGGAGAAAAGAACCTTTGGATACATTGAAATATGGGAGATTGGTTGCCAAGGAACGGGGAGAGCTTCTCCTGTAGAGATGGGTTGGAGAGGAATGAAAGGAACATAGTTACTCCTTGCATGATCTGAGTTATTGCTGTTATTTTCTTCGTTATCTAAGCATGGCTCACAAGGCTTTTTCTGTTTTTTGTTAGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGACATCTAACCTCTGCCTAATGACCTCCATCACATTACCAATATGTTATCGATCTGTGATGATGCTGGCTGGTGGGAGTGAGGATATCTTTATGAAACTTTTCAAAAAAGTGACCTGAGACTAGGGAATTTGGATTTTAAACCTTCTGTTACTTATGTAGCCAAAATAAATGACTAAAAGCCAGCTTTGTGCCTTTTATTTCCTGAAGTCACTTGGTATCTTTTTTTTTTCCCCCATTTTGGCAGTTGAAATAAAAATGCTTGGTGGAACATTTTTACTTGTGGCATTATTGATCCCTAGGCTGAGTTTTTAGCTGCATCTCAGTCTTTTAGAGTATATACAAATATATTAATAATCTGGTTTTCACTGTGCAGAGTAGAAATGAGAGGAATACTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCTTGATCTCGGTTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCTCAGGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTAACCATTTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTGCTGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCTGCCCACCTCGGCCTCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACTGCGCCCAGCCTCGAGAGGAATACTTTTTATGGGGAAAGTTGAATTAAAGTATTTATAATCATTAATATACCTTCCTGTTATGTATCTTTGGCATTTCCTTATATTGATATATTTACAGGACTTTGTTCTCCGTAAGGTAAACTCATTGTAAAAATCTCAAGGAAAATTATATAGTGAAGTTTCAAATGTATGTGTTTTTAAAAGTTAAGTTTATTAGGTATCAGGATTAAACATGAAGTTGTCATTTTGTTATTTATGTAGTTTACAAAGATTGTAACTTGGGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAGAGGCTGGCGGATCACATGAGGTCAGGCGTTTGAGAACAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGAGTATCGTGGCATGTTTCTGTAATCCCAGCTCGAGGCAGGAGAATCGCCTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCTACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGATCCTGCCTCAAAAAAAAAGAAGAAAAACAACAAAAAAACCCCAACTTGGTCCTGAATTTTGTACTTCCACAAATCACTAGGCATTATGCAAATACATCAAAATATTAGGTAATTATTAACAAGGCAGCATTATTGTTGAATGTTGTTGAGTAACTATTAGAAACAGACTGAGAAAGAGTATTTGCATAATGCTTAGTGATCTTGGCTTCCCCACTTAAAAAGCTGTGCGGTTCTGAGCACATGCAGTAAAACTCAGAGCCTCAGTTTGTTAGGTTTAAATGAGGGATATTTGTAGAGTTGAAAGAAGGATTAGAGATAATGTATGCAAGTTTTGCATTATAGATGGTGAATAAATGGTAGCTGTAATTAATTTTTAACTTTTTTTGGACCCTCTTAGATTTTATCATTTACATTTTATGATCTATAAGTGAACTGTGATTTCTTATAGATTATATTTTACAGAGCCATTATTTGTAGCTTTGAAGACAATTTTCAAAGTAGTACTTTCTCCCACTTTTTAATTATGATGTATTTAATGCATACCAAAGAATACCTGAAACACAAGTTAAAAGGCATAATAATGAGTCATCTATGAACTGTGAGCCCACTGGTCAATTTAAGAAATGGAACATTATCAATACCGCTGAAGCACTGGTATGTTTCCATTTCCCTGCTCCATAGGTAACCATTAGGTTGAATTTTGATAATTTTTGCTCATTCTCTAGCATAATTTTAGTTTTTCATATATATTTGTACTCCCAAACCTTTTTTTAGCTTGTAGAGAATATTTTTAAAAGTATTTTAATATTTATAAAAGTGATACATCTTTGTATACAGGTTATTTTATATGCAGTTTTAAGTAGCTGTGCAAATACTTTTTTGGTAAAATAAAGACCTGTTTTAATCCTTTTCTACCAACAGTTCTTGCCGCTGACTTATGTGGGCATTTACCTTTATATTTTAAATAATGATCATATACTGCCATTCCTTGATTTTGTTTAAGTAGCTTTATTAGGATATATTGTATATACTATAAAATTCACCCACTCTTATGGGAAAATTCAATGATTTATTTTATTTTATTTTACTTTAAGTTTTGGGATACATGCGCAGAATGTGCAGGTCTATTACATAGGTGTACGTGTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCTATCAACCCATCATCCAGGTTTTAAGCCCCGCGTGCATTAGGTATTTGTCCTAATGCCCTCCCTCCCCTTGCCCCCCACCCCTGACAGGCCCTGGTTTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTCTTCTCATTGTTCAACTCCCACTTAGAGTGAGAACATGAGGTGTTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTCTGCTGAGAATGATGGCTTCCAGATTCCTCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATTTCTTTTTTATGGCTACATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTTATCCAATCTATCACTGATGGGCATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTGTTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATATGTTTGCATGTGTCTTTATGGCAGAATGATTTATATTCCTTTGGGTACATACCCAGTAATGAGATTGCTGATCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCAACAGTGTAAAAGCGTTCCTATTTCTCCATGGCCTTGCCAGCATCTGTTTCCTGATCTTTTAATAATCACCATTTTAACTGGCATGAGATTGTATCTCATTGTGGTTTTAATTTGCGTTTCTCTAATGACCAGTGATGATGAGCTTTTTTTCATGTTGGCTGCATAAATGTCTTTTGAAAAGTGTCTGTTCATATCTTTTGCCCAATTCAATGATTTTTAAGTAAATTAATAGAGTTGTGCAATCATTACCACAATCAGTTTTAGAACTTTTCCATCCTTCCCAAAATTTCCCTGGATTCATTTGCACACAATTCTCATTCCTTTCCCCTAGCTCCAGGAAACCACTGATCTGTTGCCTGTGTCTAAAAATTTCTCTTTTCTGAGCATTTCATGTAAATGGAATCATAGAACATCTAGTCTTTTGCTGTTTTCTTTTACTTAGAATAACGTTTTTGAGGTTTATTCGGGCTGCAGAATGTGTTAGTAATTCATTTCTCTTTAATTGTTAAATGGTATTCCATTGTATTGTTACATCACATTTTATTTATGCATT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000085365:ENST00000621999:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF041448=SCAMP=FE(19.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development