BtaINT0134534 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016762 | SLC25A12
Description
Bos taurus solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, Aralar), member 12 (SLC25A12), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101194]
Coordinates
chr2:24715049-24723421:+
Coord C1 exon
chr2:24715049-24715164
Coord A exon
chr2:24715165-24723281
Coord C2 exon
chr2:24723282-24723421
Length
8117 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
TTTTTATTTTCCTTTTCAAGAAA
3' ss Score
8.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGAATCTGTATTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAATTGTTTGACAAGAGTGGAAATGGAGAGGTGACATTTG
Seq A exon
GTAAGAAAAAAAAAAGATTATATAGTTAAGTGAAGTTAGTGAGGCTGGTTCAATCTTTAATTGCTAAATTTAGTAACTGCATACAGATTGCTGCTTATTTAAGAGCTAGTCAGAAAATGAAGTTTTAATTTCCTAAAAGAATTTATGTAGATAAAATTAAAATGGTTTTATTTTCTTTAAAGCATTGAACTATTGCCAAAAAAAATTGAGGAAGGTAGGAATGTTGTTGCTTCAACTCATTGCCTCTCTGACACTTTCACATTCCTAAAGTTGGTGGTATAAAATTACCTTGTTCTGGGCCAGCCTGGGATAGATTTTTTATGAAACAGACTGAACAACATGGAGTAATCATCTCGTTCTTTAAGGGGTTTCAGGGTAGAGAATTCAGAGCTTCTCTGGAGCCTCTTTGGAAAATTGCTTTGGTGTCATTTTAACGCCCAAGAATGGAACTGAAGGAAGGAGTTAAGGCAGGAATAGTTAGCATTCTCTGAAGCCCCATTTAAAATTTTTGATTTTAGAAAAGAAGGCTAGAATATTAAAGTTGCCTTCTGAATGGGGTGTAGAAATCCATTTAAATCATTTGGTAGGCACATCACTGAGCACACTGTGGATGTCTCAAAAGTGTACAAACTAGGATTTCTATATATAGCTATATATTCGTTTTTTAAAAGAGGCTTACTTCCAGGAATTAGTATGTGCTTAGTCAAAGTATCAGCTAATTTTTCCTGCAATAGGCTTTTCAGTTAAAAAGTAGTGTTTTGAAGGACCTAGAGCACTCCTCCTTTTTTTTTTTTAATATTTGAATTTTTTTTCATTGTGGTAAACAGTACCTAACACTAACCTTAGCATCTTAACCATTTGTGAGCGTACAGTTCGGTAGTGTTGAGTATATTCACATTGTCATGAAACACATCTCCAGAACTTTTTCATCTTGTAAAACTGAACTTGAGCCCGTTTAGCGGTGTACAGTGTGAATTGGCATCAGTTTGTGGTAGAGAGACTCCTGAAAATCTGGCTTCCCCTGAGCCACGGTGCTAAATACTTATTCACTGTAGTGTTTGTTAGAAGACAAACATCCTCTTGTTAAACCCAAAGGGAAAAGTATCACTGCTGTGGTGAGAACGGTGAGAAAGTACAGGCATTGGAAAGGGCTGGTCTAGCTTTTGCTGTCACCTTCGTGGGCATATGTTCTAGCATGGCATTAATTGATTTCTTCTGCCCACTGACCCAGTCGTCTTCTGTGTAAGAACATTTTCCCAAATAAATACCTACGCAGAGCTGTTTAGGTTTTTGCGTTTATCTTGGCATTCTCTCTTTGGAGCAAGCCCTGGCCTTTTCTGCCTCCTAAAGAATGTTGACTTTCCTCAGAAAAGCCTAAATTTTATAGTTTAAAACATAAAGGCTTTATCATTTCATCATTCAGCATTAACTTTGTACTTCTAAGAATGCTGCATTTTTTATTTTCAATAGTTATCACACATGTTCGTATGCCTTACTTCTAAATATGGTGCACAGATGCTTGGGAAATCACTTGATACAAATAGCTGTATTAGTGACAGTATGCCCATACTTCTGTACTGTGTTCTTGCTTAAAAATTAGATTTCCCAAAGCCAAATTCTAACTTACTTTGTCCCTTTTACCTTGGTATTATGATTCTTTGATTGCCTTTTCCAATTTCTATTTTAAAAAAATAAGTCAGTCAAGTCAGTTTATTCAACAGACTAACAATAGAGACTCATGCCATTGTTGATTAGTGGATTAAAATGTGTAGGAAGTAGCTGAATGGTTTATACACACCATATTATTTCATGCAAATGAAAGCTTATAGTTATTAGACTCCAGCTTTAGCATTTTATAGATCTTTTGTTTTTCCCCTCATACTGATTTATGAGTTAAGACTTCAAGAAAATGCAAATAGAATTAAAAGCAAAATGTATCAGTCTTAGTTTTTATAGCACCTGGTGTAAACAGAACATGTAATTCCTCCAGATCCTTCAGTCTACTGCTCCATATTAGAGTTGGGAAAATTCTTACAGAATAAGATGAATTTGAACTCCCTTTTGATGTTGTTCCTGTGATCCCTGGCCAACTGGATGGTTCTCTTGATGGTGTTCACCTAAATCCTGGGGACCTAGACCATTCTCTTCCCTAATGTTGAGGATTCATTTTTAGACAAACCTTCTTAACTATAATGAAAATAATCATAAGGAAGGAGAGAAGAAAGCACTGAAACTGTTACAAATGCCATTTAACAAGATTTCTAAGGCCCACTCATTTCAGGCTGTATTCAACTACAGAATTTCAGCATAAGGAAATAATTAACCTGGAGTTAATTTTAATAGAATTTTGGATCTGTGATAAAGGTCAGTTTTCATGTTTACACTCACTTAATAAAGAGAATTATGCTTGTATCTTTACAAATGTATGTTTAGGTAGAAAGAAAATTTAGATCCATTCTAACTCAGTCCTTTTCACCTGATGGACTTATGTTTTCTAGTTTGGAGCTTATTTAAAGTATAGTTTTTTCTTGTGCACATCAGGAGAGAAAGCCAGGAGAGAATATTGGATGCAAAATATAATGGAATAGGGAAAAACTATTATGCCATCAGTATTATCTGTATCTCATGGACTCTGATGATTTATGTGTACATCTATATATATTGTTCTCATCTATGCTTTTGTTTTTTTAGATATGGCTTTTATACACATCAAATTGTGTACTTAAATTGTATACATCTTTGCAAGTATTTATATATATAGCAGTACTGAAAAACATTTACTTGAATGCTGGACAAGTGTTTTTTTTAAAGATGCCTTTGCTGTAGGGGAGAGGACTTAGATCAAGATGTTGATAATCCATTTCAGGATGCACAAGCTCAGGAGAGGGTTCTGAAGTTTTTAAAAGAATGAATAACATCATTAGTTGTTTCTTTGGTGTTCTTTCAGTGAAACCTCTAATGCATGCTGTGGATGATTACTTAATGGCTTCTATATCTGTTTCTGCCTGGTGGCATGAGCCTTCTACGGGCCATTGCATGACTGGTGTGTGCTAGATATAGTGTAAACTTGCCTTGCTGTCACTGTCATCCACTAGCGTACTGGGTGTGTGCTCGATAGCATTGGATTGAGGTAACCAAGATAACCAGCGCTTCTACACTGTGTTGTCAATAGTTGCCATACCTTTGTCCTAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAACCTATTGCTCTAACAAGGATTCTAAAAAACCCAACAATACTCTTACCTATTAACTAATAAATGAATATAAAACATGTTATGTATTCTAAATTTCCTATTAAAAATCTCATCAATATTGTGTTCTAAAAGTGTTTGCCTAGGAATGGGAACTGTTACAAGGAAACTTTTCCAGGGGCATATCTTCATCCCCTGACTGTAGAACTCTCAAGAAGTAGGGTTTCCTTTTAATTTTATGCTGTTTGACCACCAATATGTATAGCAAATAAATACGTGTTCCATTTGTGCCTCTAAAATACTCTTTTTCCATAAAGGGCATAATAATCAGATTGGAGTGTTTCAGGCATGACTGCTGCTATGGTTAAAAGGTTTAGGAGATGGAAGTCTAGATATGAAAAATGTCGTATCCTCTGTCAGTGGGAACAAAGCTATAGACATGGTATAATATGAAATCCTAATGGTAATAAATACCTAGTTTAACTTGGTAAGAATGAGAGCTTCACTTGGGTGTTCAAATTAAATCAGTAAGAATTTTTGAGACTCAGATATTACAGAGAAGGTCACATAAATACTCCAGACTGCTAGAGTAGCTTAGAGTTTGAGGTAAAAAAAGGACATGGTATCACTTGTTTTTATGCCATTTGGTGATAGATTGTTGAAGCATCTACCTTCTATAGTAATAGATGCTCTTTAAATGTAAACTCATTTTTCCTGAGAAATGGACCTTTACATATATTTGGCAGCAGGACTACTGTGTGGACTGATTGTACAGTAGTCCCTTTTGGAGGTAGGTAAAAGGGTTAATAGAAATACTTCTCCCTCAGTAAAACAGAGAAGGTCACCCCAGAAATTAACAAGCCACCTGAAGTAGGACTTAGAAGTCTGGCTTGACATGCTGTGTTGGCTGGGACTTCTACAAGCTCCTGTTGTTGATCTTTTTATTGTTGTTGTTTGTTTTCCTTTGTTTTCTTTTTCAGTCTCTTAGTTGTTCCTCTTCTTTCCCCTCAAGTTTTCCTTCTCTGAGAAACTCTTCCACAAGTCTTGCCATTGTTTTTGTTCAGTTATACACAAGGATATTCATTGTTCATGGTGGGAGTCCTTTTAAAAGCCTCTCTGACTTCACTTTAAGAACTGTGCAGGTGAAACTCAGCTGTTGAGGACTCTCTTTTTTCCCCTCTGACAATAAAAATGTTTGCTCTCAAGCCTATAAGCTGGAAGCAGTGGTTCCTGCTGGGCTGGAATCCTTGGAATCAGGATGTCGTTGGGCTGATGGTAGGTGGGCTGTGTCACAGGGCTGATGGCTTGTATACCTACAGGAGGAGTTCTCTGGCCACACCGTTGGTACAGCAGCTCCTTCCAGGCTCATTCATGGAACAGGCATGGTGGCAGTCTTGGAGAAGAGTGCCAGCCCCGGTCAGAGGTAATTTTGTACTGCAGAAAGGTGAACAAGACCAGTAGGAAGCTCCCATAAGGACCAGGGGAGGGATGAGGGTGGATAAGATGGGGAGACGCAGTGTGGGCTGCTGGGGAAATTAAAACCTCTGTTAAGACATATTTACCTAATATATATGCTTCAGTGTATTTCATTTAGTCCAATCATCATAAGTGACTGATACAGCTAAATTGACTAATGTTATAGGTCTGTGAACATTTTTACTTAATCACAGTTGTCACCATTTACCTGCCCTCCTGACAAATCATTGTGCTCCTCTCCTTTAAGCAAAGAGAACATGATAGGCTACTTTTATATCTGACCCTGTTTCCCATTTCAAAGGAATTATAAACCA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Seq C2 exon
AAAATGTCAAAGAAATTTTTGGACAGACTACTATTCACCATCATATCCCTTTTAATTGGGACTGTGAATTTATCCGGCTACATTTTGGGCATAATCGGAAGAAGCACCTTAACTACACAGAATTCACACAGTTTCTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016762:ENSBTAT00000022292:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.004 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PD(14.5=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
A:
NA
C2:
PF0003627=EF-hand_1=PD(31.0=19.1),PF134991=EF-hand_7=PU(42.9=51.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]