RnoINT0136813 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022922 | Slc25a12
Description
solute carrier family 25 member 12 [Source:RGD Symbol;Acc:1305181]
Coordinates
chr3:57936954-57946323:-
Coord C1 exon
chr3:57946208-57946323
Coord A exon
chr3:57937094-57946207
Coord C2 exon
chr3:57936954-57937093
Length
9114 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
TTTTTCTTTTCCCTTTTAAGAAA
3' ss Score
10.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGAATCTGTTCTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAACTGTTTGACAAGAGTGGAAATGGAGAGGTGACATTTG
Seq A exon
GTAAGGGGAAAAAATAAGGTTATAAGGAAATAAGTAAAGTTCCCAATGCTGGTTCAGTTCTTCACTCCCAGTTCCCACAGTTACTGAGTGTGTGTTGTTTGTCCAGGGCCTACACAGTGAGCGAAGTAGGAATTTCCAAAAGCGGTTTTTGCGTCACTTTCTTCAGGGTGTTAGGGGAGTGAACTTGGGAGCGGTGTTGCTCCAGCTCCCTCAGACACTCATACTTGGTCTTGCTAAGAGTGGAGTGAGTGCTTTTCATTGTGGTCCATGAAGCAAAAGTACGAACACACCTGCCCTTTCATTCTGAGGGCTTTATATACTTTAGTTTTGAATAGGGAGTTTGGAGCTGCTCCATAACATCTTGGGAATATTGCTACCCTGCCATTTTCCACCCACAAGGAGGCTCAGGGATGATGGAGTTTCCCCAGTGTCCCCTCTACTTTAGAGCCTTGGTTTTAGGACACAAAGTCGAGAGAGCCGAATTGTCTCCTGAGGTGAATGCAGATGTTGAGTTAAATTCTTCCGTAGGAACATTGTCTCCCAAGTATACAAACCAGAATTTTTCTTTTCTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTCTTCAGCTATCATTCATCTTCAAAGACGATCATTTGTAGAAATTAGTTGACCGTAATAAAAAGTATTGGTTAATCTTTTCTTCAGCAGCTTTTCGATAAATCAGTGTAGTATTTTTCAAAGATTTAGAGCCCCCTTTTTTTTGCCCGTTCATTTCTCTTAATATTTGAAAGCATTTTTATTATGGATAAAAATTAATAACATAAACGTTTTCCATTTTTGTAGTTTTCAAGTGTTCAGTTCAGCCAGGTTTGGGATGTTCACTTTTCCAGAACTTTTCATCCTCCAGGAGTGAAATTGACCCCCCCCCCCTTTTATGGTGTGAATTGCCACAAATATTTGTAAAGAAAACCTGGAAATCCAGGCTTTCCCTGAGTTATAGCACTGTTTATCCCCTTTGATGGGTTAATTGAAGTAGAAGTGTCACTTATTTACTCGTAAAAGGCATGGTGGCTCACAGTACTTGGGAGGCAAAGGCAAAGGCAGAGGCAGGTGGATCCCTGCAGTCTGAGGCCAGCCTGGTCTAGTTCTAGGACAGCCAGAGCTACATAGAGAAACCTTGTCCTAAAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAAGGAAGCAACGTCACTATAATTTGTCAGAGCGTGTGAAAGTATGGGTACGTTGCCTCTTGCCTGTGATTTGGTGGGCACACTGTCTACTCTGGCACCCCACCCCCTTCATTGGCTCATCCTCCTTTGTGAAGAACATTTTCGCCTAAAAATAACTCTGCAGAGGTCTGTGTTTCGGCATAGAGCCGGGCATCCGCCCTGCTTTGCAGCAAGCTCTGGTCATTTTGCTTCCTGAAGAACAATGACTATAGAGAGGGCACAGGGCCTTTAACACCTAGTTAACCAGCATCAACTCCAAGTGAGTAACAGTGCTGAGTGTTCTCCTTGCACACGTGCACACACGTGTACACATGTGCACACACAGCTTTCTTCCAAACATGGCACAGTGATGTTGGGGGAACTGGACAGGAGAATTGGAGTTAATGACAGTTTCTCTGAGCTTATATTGTGTGCACATCAGCCAGGAGGGTAGTGTCACATGCCTTTAATTCCAACGCTGGAGAAGCAGAGGCAGGTGGACCTCTGTGAATTCAAGGTCCACCCGGTCTTCAGTTTCAGGACTGGATAGCCAAGTCTACACAGAGAGACCCTGTCTCAAGAAAAACCAAAAACAAACAAAGAATTAGGTTTCTTAAAATCAAGTTCCATTTTGTTTTGTCTCCCGCCTTACCGTGTGTCCCCTCCATTTGGTTGCTTTCCCCGATTTGTGCGTGTGCCTTTTTAAGTGTCACTGAAGATACTTCATTCAACAGACCATCAACAGACTCCTGTAACTGTTGATTAAGAGATTAAAATGAACACAGGAAACAGCAGAACGGCTGGCACACACCTCACTTCACGAAGATAAAAGATCACGGACAGTACAGCTGAATCTTATTACTTTATGGCTCTTTTGTTTTTCCCTTAATTTATGACTTATGAGTTAGGATTTTAAGAAATATAGTCAGAATGGAAAAAGTAGTTTGACCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGTTTGAGTTTCTAACAACACCTACCATAATCTGAAGGATTTAGGAAGCCCCTGCCTCCGAGATGTGCTTTCTTCTTTCTTTTACGTACAGATAATCTTATCATGAAATAACCAGAAGTTATTTCACAATAACTGTGAAGTTCTAGTTCTCCCGCCCCACCCCCGTTTCTCCTTTCTCTCCCCCTTGATCTCATTTTGTAAGGGCTTTGGTCATTTCCTCTTCCTGTTCTCTATCCCTACTTTCGAGGGTCCACTTTTAGATAATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGTGGTTCTGGGAGTTGAACCCAGGGCCTCGTGAATTCTAGGTAAGCTTTCTCCCACTGAGCTCAAGCTCCACTCTTAGGCCAGCTTTCTCAATCAATCTGAAAGCAGTGATATAGAGAAGAGAGTATCCGACTTACGTCTTTGAGAAAACTAGCATCAAAATCATTCTGTTCAGCAAGTGCCACGTAATAAGGTTTTTAAGGCCCACTCCTCCCAAAGACTCCAGCTTCTCTGTGTAAGGAAATCATCAACTTGGAAGTGTATTTTTAGAGGATCTGTGGGTATGTGATGAAGGTCGGTTTGTATCCGTTTAATAAAATGAATTGTTCTTATATATTTATAGACGCATGTTTAGGGAAAAGAAATTTGATGGTCACTTTAACTAGAGTTCAATGCTTTGCGCCCAATGGCCTTGCATTTTTTAGTTGGAGCTATATAAGGGACAGTTTTCTTGTGCACACGTGGGAAAGTAAGGAGCCATATTGGATGCAAACGGCAACAGAATGGCGACCAATCACGTTGCCGTTGCTCTGGTCTTTGGACAGCAGTGTTGGTGTTATCTGTGTGTTTGTTCATACTGTTCTCATCATCCTTTTGTTTTAGATGTGCTTTTTATGCACATCAAGCTATATATCTAAGCTCTGGCATCATAGCAACTATTCATATGCGTAACAGCAGCAAACCTTTACTTGAGTGCCAGACAAGGTGTTTTTGTTGCTGTGGTCAGACAGGCCTCCATTCCGCAGAGAGGACTTACATCAAGGCCTTGTAACACTTCAGAATGAAGGCTCAGAAGAGGATTCTGGAGTTCTGTTCTTGTTTGTTTCTTTTTTTAAATGAATAAAGCTTTAGTTAATATTTTTCTCTTTGATGATCTTTAATAAACTTGTAATGCATGCTACGGGTAATTACTTAATGGCTTGTATCTCTGTTGCTGCCAGATGGCCTGAGCCTTGTGGAGCCCATTGCATGTGCTGATACAGTGTCCATGTGCCGTGTCTCACTGTTACCCACTAGTGTGCTGGTGTCCTGCTGGGTAGAATTAGGTAGCCGTAACCTGATGCCCGTCAAGTGGGAATACTGCATCGTACTGTTATATGCTGCCTTGCATTTATCTAAAAAGACTTTTATAGAAGGTATTTATTGCTCTAACAGAGATTGGATTCTAAAATAAATGAACATAATCAGAAGAAACTCATACTTGTTTACTAATAAACAAATCTGCTCTAGATTTTCTATTAAACACTTGTGCACACTGCACCCCAATGGATTTGTTAGGACTGGAAACTCGCCACACTGGACTTTTCCAAAGACACACCCATACTTCACAAACCTTCTAAAGCAGGAATGCCTTTTGATATAGTACTGTGTTGTCCAGGATATACAGGGTACAGCAAGTAAAAAAAAAAAAGTATTCCACACATGCTTTTGAAGTGGACTTTCCTCTTAGGGGAAGCCATAACAACAGTTGTGTTATGCCACGGGAGTGTAATGCCAAGAACCCTGCACGTGCCCTTTCTCTGTGGAGAATAACTATAGATGTGGATAGTGTGAAAGTCTAGTGGCCACACACTGTGATAATTTGGTGTGCGAGAGAGGCCCATGGATATTTGATTAAATCAGGAAGGAAATTTAAGATGCTTTGTACTGCTTTTGGGCATCAAAAAGGACTGTTTTGAATAAAATACACAAGGTTACTAAAGTAGCTTAAAGTTTGACGTTAAAAGGGTTTTATGCCACTTGACGGTAGACTGTTAGGCCTTGTAGCTTCTGTGATGTTCTTTAACTGTGAGCTCATCTTTCCTGAGAAATGAACCTTTATGTATATTTGGCAGCAGGACCCCTGTTTGACTGATCACAAGTAATCCGTTCTGGAGGTAGGTAAAGGGTTAACAAACACCTTTCCCCCCCAGAATGCCTGGGGAGTTCACCTAGGACACTAATTCCTTCCTGAGAGTAGAGGGGTAGTAGAAGTGGAGGCTGAGGGAGTCTGCATGCTGAGGCCTGTTGGTCGGGACTTCCTCCACCACTTCCTGGTGTTGATCCTTTCTGTTGTTACCTTGTTGCTGTTTGTTTTCTTATCTGGGTTCCGAGTTGTTCCTCTTCTTCCCTCCCGATTTTCCCTTCACTGAAAAGCACATCCACACGTCTCACTGTTGTGTCTGTTCAGTTGTACACAAGGATAGTCACCATTTACCACAGGTATCCAAAGGGCCACTCTGACTTCACCCTAAGAACCGTGCAGGTGAAAAAACCAAGCTGTTGAGGAAAAAAAAGTTTCCCTTGGCAGTAAAGAATGCTCGGGTCTCAAGCCTTTAAAGTCGGAAGCAGCGGCTCCTGCTGGAATCCTTGAAATCAGATGTCAAGCTGGGCTGATGGTAGGCGGGCTGTGTCATGGGGCTGATGGCTTGTATACCTACAGGAGGAGTTCTCTGGCCACAGCGTTGGTACAGCAGCTCCTTCCAGGCTCATTCATGGAGCAG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Seq C2 exon
AAAATGTCAAGGAGATTTTCGGACAGACTATTATCCATCACCACATCCCCTTTAACTGGGACTGCGAGTTCATCCGGCTGCACTTTGGGCACAACCGCAAGAAGCACCTGAACTATGTGGAATTCACTCAGTTCCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022922:ENSRNOT00000036728:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PD(18.5=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
A:
NA
C2:
PF0003627=EF-hand_1=PD(31.0=19.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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