MmuINT0145464 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027010 | Slc25a12
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, Aralar), member 12 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1926080]
Coordinates
chr2:71323976-71333720:-
Coord C1 exon
chr2:71333605-71333720
Coord A exon
chr2:71324116-71333604
Coord C2 exon
chr2:71323976-71324115
Length
9489 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
GTTTTCTTTTCCCTTTTAAGAAA
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGAATCTGTTCTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAACTGTTTGACAAGAGCGGAAATGGAGAGGTGACATTTG
Seq A exon
GTAAGGGGAAACAAAAAAGATTATAAGTAATAAGTAAAGTTCCCAGTGCTGGTCCAGTTCTTCACTCCCAGATACAGTTACTGAGTGTATGTTGTTTGTTTAGGACCTACTCAGTGAGTGAAGTAGGAATTTCCAAAAGTGGTTTATACAAGTAAAAGTGGTGTCACATTCTTCAGCGTGTTAGGGGAGTGAATTTATTGGTGATGTTGCTCCAGCTCTTTCAAGCACTCAGACTTGGATGTGCTAAGGAGTGGACTGAGTGCTTTTCATTGAAGCCCACGTGAAGCAAAAGCACACCCAGCAAGCTTGTCCCTTCATTCTAAAGGGCTTTGTTTTACTTTAGCTTTGAATAGGGAGTTTGGAGTTTCTCCATGGTACCTTGGGAATATTGCTACTCTGCTGTTTTCTATCCACTGGGAGGCAGGGATGGTGGAGTTTCCCCAATGTCCCCTTTAGAGCCTTGGTTTTAGGGAACAAAGCCTAGAGAATAGAATGGTCTTCCGAGGTGGATGCAAAAATTGACTTAAAGTCTTCTGTAGGAGACTTGTCTCTCCCGAGTATACAAACTAGAATTTTCCGTTCCTTTCTTTCCCTTTATTTCTTCAGCTATCATTCATCTTTAAAGACGATCATTGGTAGAAATTAGTTTATCTTAATAAAAGTGTTGGTTAATCTTTTCTTTAGCAGCATTCCAGTAAAAAAACAATGTAGTGTTTTCAAAGACTTAGAGCCCTCTTTTCTGCCTGTTCTCTTTCTTTTAAAAATTGAAAGCAGTTTTTATAATGAATAAAAACAAATAACATAAAACTTTACATCCTTGTAATTTTCAAATAGTCAGCTCAGCCAAACTTCGAGGTTTACTTTCCCAGAACTTCTCATCCTCCATGAGTAAAGTTGACCCCCTTTTATGGTGTGAATTGGCACAAATATTTGTAAAGAAAACCTTGACATTCAGGCTTTCTCTAAACCACAGCACTGTTCATTCTCTCTGATTCGTTAATTATAATAGAAGTGTCACTCATTTACATATAGGAGGCAGGTAGAGCTCTGAGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACATAGAGAAACCTTGTCCTAAAAAAACAAAACGAAAACCATAAAGGAAGCAACTTCACCATAATTGTCAGAACTGAGAACATATAGGTCTGTCAGAAGGACCAGTTGCATCTTGCCTGTGATTTGGTGGGCACATTGTCTACTTTGGCATTCCCCTTTCTCTTCATTGGCTCAACCCTTCTCTGTGAAGAACACTTTCCCCTAAAAATACCCTGCAGAGGTCTTTACATTTTGGCATATAGCTGGGCATCCTCCCTGCTTTGCAGCAAGCTCTGGCCATTTTGCTTCCTGAAGAATGTTGACTTGGTACAAATACACCCAGAACTATAGAGAAAGCACAGGGTCTCTAACTCCGAGTGAGTGATAGTGCTGAGCGGTCTCCTTGCAGTAGGTAGCACACGTGCACACACAGCTCTCTTGCAAACGTGGCACAGTGATGTTGGGGAACTGGACAGGAGAATTTGAGTTAATGGCAGTGTCCCCGAGCTTACGTCATGTGCACATCAACATCAAGAGTTAGGTTCCTCAGCCAGGTGGTGGTAGCACACTCCTTTAACCCCAGCAGAGGCAGGTGGATCTCCATGAATTCGAGGTCCACTTGGTCTTCAGTTTCAGGACTGGATGGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAGAAACGAAAAAAACAAGAATTAGGTTTCTCAAAATCAATTTCTAATTTATGTTGTCAGCCGCCTTAGCGTTGTGTCCCTCCCTCCATTTGGTTGCTTTCCCCAATTCGTGTATGTGCCTTTTAAGTGTCACCAAAGACACTTCATTCAACAGACCATCAACAGATTCCTGTCACTATTGATTAGGAGATGAAATGAACATGGAAAGCAGCTGAGCAGCTGGCACACACCTTACTTCATGGAGATAAAAGCTCATGGCTAGCACAGCCTACCCTTATTATTTTAGGGCTCTTTTGTTTGTTTTCCCCCTTAAATTATGATTTATAAGTTAGGGTTTTAAGAAATATAGTCAGGATGAAAAAATAGTTTGAACTTTTAGTAGCACCTACCATAATCTGAAGGACATATGAACCCCCTGCCTCAGAGACTTACTTTCTTTTTTTCTGTCCATTATATGAAGATAAGATTATTGTGGAGGGGCTGGCGAGATGGCTCAGTAGTTAAGAGCACCGACTGCTCTTCTAAAGGTGCCGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTAGCTCACAACCATCCGTAATGTAATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAGAAAATGATTATTGTGGAATAACTAGAAGTTCCAGGGTCTTTGCCCTGTGACTTCTGGTTCCCTCTTCCCCCCATTTCTCCTTTCTCTCTCCCTTGATCTCATTTATAGGACTTTAATCATTTCCTCTTCCTGTCTACCCCTAGTTTTGAGGATCCACTTTTAGATAATATTTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTCTTTTCCTTCTTTTTCTTTTTCTTTGTGTGTTTGTGTGTGATTCTGGATTCTGGGAGTTGAACCCAGGGTCTCATGACTTCTAGATAAGCTTTCTGCCACTGAGATCAAGCCCCGCCTTAGGCCAGCTTTCTCAACCAATCTGAACGCAGTGATAAGAATCTGATTTACATCTTTGAGAAAACAAGCATCAAAATTGTTGTGTTCAGCCAATGCCATGTAATAAGATTATCCCAAGTCTCCAGCTTTTCTGTGTAAAGAAATAATCAACTTGAAGTGTATTTTTTATAGGATTTGTGGGTCTGTGATGAAGGTCAGTTTGTATCCGTTTAATAAAATGAATCATTCTTATATATTTTGAGACACATGTTTAGGGAAAAGAAATTTGGTATTCACTTTAACTAGAGTTAAACCCTTTGCACCCAATGGCCTTGCATTTCCTAGTTGGAGCTGTTTAAGGTACAGTTTTCTCTGTGCACACGAGGGAAAGTAAGGAGCCATATTGGATGCAAACTGCAACGGAGTGCAGGCCAGTCACACGTTGCTGTTGCTGTGGTCTTTGGACTCTTGACAACAGTGTTGGTGTTATCTATGTGTTTGTTCATTCTTTTTGCATCCTTTTGTTTTAGATGTGCTTTTTATGCACATCAAGCTGTATATTTAAGCTGTAGCATCATAGCAACTATTTATATTTATATACATAACAGCATCAAACCTTGATTTGGGTGCCAGACAAGGCGTTTTTGTTGCTGTTGTCAGACAGGCCTCCATTCTGCAGAGAGGACTTACATTTCAGAATGAAAGCTCAGGAAAGGATTCTGGAGTTCTGTTTTTTTTTTTCTTTCGTTTTTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAGATTTAGTTAATATTTTTTCTTTGATAATCTTTAATAAACTTTTAATGCATGCTGTGGGTAATTACTTAATGGCTTGTATCTCTGTTACTGCCAGATGGCCTGAGCCTTGTGGAGCCCGTTGCATGTGCTGGATACAGTGTCCATGTGCCGTGTCTCACTGTTACCCACTAGTGTCCTGGTATCCTGCTGGGTAGAATTAGGTAGCGGTAACCTGATCCCTGTCAAGTGGTAATACTGCATCCTGCTGTCATATGTTGCCTTGCATTGATCTTAAAAACTTTTAAAGAAGGTATTTATTGCTCTAACACAGATTGGATTCTAAAATCAATGAACATAATCAGAAGAAACTCTTACTTGTTTACTAATAAACATATATAAAACATGCTATCTGCTCTAGAATTTCTATTAAACTCTTGTGCACATTGCACTCCAATGGATTTCCTAGGACCGGAAACTGGTCCCCCTGAGCTTTCCCAAGGACACACCCATACTGCACAAGCCTTCTAAATCAGGAATGCCTTTGATACAGTACTGTGTTGTCCAGGTTGTACAGGGTACAGCAAGTAAAAAATGTATTCTGCACTTGCCTTTTAAGTGGACTCCCTTCTAAGGGGAAGCCATAACAACAGTTGTTATTCCAAGTGTCAGGACATGGTAGTACATGTGCCTTTTCTCTGTGGAGAATAACTATAGACGTGGATAGTGTGAGAGTCTAGTGGCCATAGACTATGATCATTTGGTGTGCAATAGAGGCACACGGGTATTTGATTAAATCAGGAAGAAAATTTAAGATGCTTTGTATTGCTTTCCGGCATCATAAAGGACCATTTTGAATAAAATACACAAGGCTACTAAAGTAGCTTAGAGTTTGACATTAAAGGGGAGTATTGGCAGGGTGTTATGCCACGTGATAGTAGACTGTTAGGGCTTGTAGCTTCTGTGATGTTCTTTAACTATGAACTCATCTTTCCTGAGAAATGAACCTTTATGTATATTTGGCAGCAGGACTCCTCTATTTGACTGATCACACAGTAATCCCTTCTGGAGGTAGGTAAAGGGTTAACACTTCCCCTACAGAGTGCCTGGGGAGTTCACCTAGGATACTAATTCCTTCCTGGAAGTAGAGGGGAAGTAGAGGCGGAAGCTGAGGGAGTCTGCATGCTGAGGCCGGTTGGTCGGGACTTCCTCCACCACTTCCCGGTGTTGATCTTTTCTGTTGTTACATTGTTGCTGTTTGTTTTCTTTTCTGGGCTCCTAGTTGTTCCTCCTCTTTCCTCCCAATTTCTCCTGCACTGAAAAGCACATCCACACGTGTCACTGTCCTGTCTTTTCCGTTGTACACTGTAAGGATAGTCACCACTTACCCCAGGTATCCAAAGGGCCATTCTTGACTTCACCCTAAGAACTATGCAGGTGAAACCAAGCTGTTTGAGGAAAAAAAAAAATTCCCTTGGCAATAAAGACTGCTCCGTCTCAAGCCTTTAAGTTGGAAGCAGCGGCTCCTGCTGGAATCCTTGAAG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Seq C2 exon
AAAATGTCAAGGAGATTTTTGGGCAGACTATTATCCATCACCACATCCCTTTTAACTGGGACTGCGAGTTCATCCGGCTGCACTTTGGGCACAACCGCAAGAAGCACCTGAACTATGTGGAATTCACTCAGTTCCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027010:ENSMUST00000151937:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PD(14.5=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
A:
NA
C2:
PF0003627=EF-hand_1=PD(31.0=19.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types