BtaINT0142031 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001887 | STAM2
Description
Bos taurus signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 (STAM2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076106]
Coordinates
chr2:44147174-44153427:+
Coord C1 exon
chr2:44147174-44147360
Coord A exon
chr2:44147361-44153332
Coord C2 exon
chr2:44153333-44153427
Length
5972 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TTTTTGTACTGTATTTTCAGTGA
3' ss Score
7.09
Exon sequences
Seq C1 exon
CTATTGAATTATCATTGCAAGAGCAGAAGCAGCAGCACACAGAAACAAAATCCTTATATCCATCTGCAGAAATTCAGTCAAATAATAAAGTTGCAAGGAAAGTGAGAGCTTTATATGATTTTGAAGCCGTTGAGGACAATGAACTCACTTTTAAACACGGTGAAATTATTATTGTTTTGGATGACAG
Seq A exon
GTATGTTTTAAATGTTTCTGGAATATTTTGAAGTTATTCAGTATCATATCCTTAATTTAGAATGCTGAATATTCAGCTTTTGACTTTGGTGTATTTAAATCATACTAGAACCTTTTCTGCCTTAATTATTTCTTTCTAAAATTAGTTAGGGTAGTTTGAGTTTCTTATTCTTTCATTAAATTTGGTAATAAAGTGTTCTTTGTATCTTGGGTTAAAAATGTATTGAATAATATTGTTTATTATCACAATTGAGACGCAGAAATATTCAGTCATTTGGATGTATTTACATTGAGAATTGTATATACCAAAATTACTGGCAAAAAAAAAAAAAAAACAACTTTAGGAAGAGATATAGCTGTAATACCTTTGATCAGCTCAGCTAAAAACTATGCTCAGCTCCTCCCCAGTTGTTAATCTGCTACTGCCTCTCCCTCACAATTTCTCTATCACTTATACTTGTAATAAAGAATAGATTTGTCTTTACTGAGACTAATTCTACTTTAGTTTGCTTTTAAAAGAAATTGATGAAATTTAGCAAGAGTGAGACCTAACAACTCGTTACTAACAGATTGCAAATGTATTTGGTATCCATTATAAATAACTTAGTAAGGATACGTTAGTGTATTTTTAAATGGGTAGAAACCCAAAATGGTTTTACTTTGCTGCAGTAAATATTTATTGGGAAAATACTATATGAATATGCTGTGTTTATTTATAATAAAGAATGAGGAAATAGTTCTTTTCTTCATAAAACCTAGAATAAAGGAAGGGAGTTAAGATTACTTTACAAGTAAATATGTGGTATGGAGATTGTGAATGCCATAAAAGGTAATGTTGGGGTCCAGAAAAAAGCGGAGTCACACCTGGTACACACCTCTAGGAAAAAAGGATTATCCAGTAGGTTCACTTTGGGTGAACTTTGATCTTACAGAACAGGAAAATGAAGGTCTCTTACACAGTCAAGATAACATTATGTTTACTTAGAAAATAATCATTTTTTTTTTCTTTAAGAGTCTTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAATAATCATGTGGACCAGAGCACATGATCCCTGAAGGAGAATAAATAGATGTGAAGGTGAAGGGTTAATATGGGGTCTGAATGCTGACAGTCTGAAATGTCAGGCTTCTGGGTGTAAAATGTTTATAGAAGAACTTAAGTTTACACTTCTGATACTTTTATACAAGCATAAAATGAAGGACATTTATAAAATAAATATAAGAAAAACTACAAAATGAGCATTATTTTTATGTAAGGAGAAAATTTTCCAGTGTAAGTTACTGCTCACAAGGTAAATAACAGTACCGATCAGTGGCACAGCTGCTTCCTCATTTTCTTCAGCAAGTCTGTTCTGCTCACTGCTCTGATAACTCAATTTTCTTCTGATTGTTTCTTATGTGGTTGTCGTGACTCCTGCATACATACCATATCCCTTGATGTCATTTGATGTTCATGTGGCATTATGTTATCTGTATGGTCTGCAGGCTTGCAGTATGTAAAGGGTTACGTCATTGTGAAGCCATGTGTCTTTTCGTTGATGTCTAGTTAAAGCACAAATCCATTAAATAACTTAGACTCATATGAAACTATTTTCAGTTAAGGCTTATCCTTGCAAAAGAGAATGTTTTTTTCTGTTGTAAACTACTAAGAGAATTCAACATGAATATGATGGAATATGTAGGTTGATTAAATGTCATTTTGATGTTGCTGCTGCTGCTAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCACATTTTGATGTTAGGAAACCCCAATCTTAAAACTGCCATAGATGTGCTCATCAACACACATAAGTAAAATGTTATCATTCTAGGAGATTGGTTATTACTGGCAAGATTTTAAACACAAATGCACACTTGGGTACTAAAGTTAAATGGCCGTCTTGCATTAAAAAAGAGGTCATCTGGATGATCCAGAATATGACTATATCCATTGTTTTTATATTCTGTTGAAATTAAAAGTACAAAATTTAAAACTTCACATATAGAACTTGAAGTCCCTTGAAAATATATCATTCTCAGACTTCAGTTTAAGAAATACTCAGCTGATAGACAGGTGCAGATTCCTTATTAACAGAGTATACCAAAAAATGTCATTCTTAGTGCTCCCAAATATTATAAAGGATCTAGAAATAAATAGGAGAAGGCAATGGCAGCCCACTCCAGTACTTTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTAGGCTTCAGTTCCTGGGGTCGCTGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCACTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCATATTCTTGCTTGGAGAATCCCAGGGATGGCGGAGCCTGGTAGGCTGCCATCTCTGGGTCACAAAGAGTCGGACACGACTGACGTGACTTAGCAGCAGCAGGAATAAATAAACCTAACAAAGACACTTAAGGACTTCATGGAAAAAAATTATAAATCCTTTGAAAGATATAAAATAATATATATATTAATATATCAATAAATATAAATGGAGTGAGATGTCATTTATGCTGAAGAAACCTTAATATTGTAAAGATTACTTTTTCTAATATTAATACATAAACAGTTCATTCTGTCATTAACAGCTCAATAAGACTTTTTTCCAGAGAACTTGGAAACATTTTTATTTTGACATTAATATGGAAATATGAAGGTCTACAATAACACAGAGAAGGTACTTTTCCTGTCATGATCAAGGCATATTAAGAGGTTATAATAAATATAGTCTATGGCAACAGGATGGAATCCAGAAATAAGCTTATGAACAGATAGCAGCTTGCTGTTTGAAAGATAGACTATCATAAATCAGTAGGAAAAATGATGTACTATTAAATAGATTTTGCTGGGATGAATTGACTTTCTATGCAGTATAAATAAAATTTGATTCAGCTTCACACAGTACATAAAATTTCATTCCAAATAAAGACCTGAGTGTGGAAGAGTGCTATAAAGGAAAATGTGAAACTATTAGGCAAATATAAAGGAGAATAGATTGAGGAATTCAAGGTATTTGCATAATACAGACAAACAAATGCTCTTCAGATATGTACAGAACTCCTACATATTCATGAAAAGAGACGAATGACCCAGTGGAAAAAGAAAAATGGACAGAAGATATGAACAAGCAGTCTAGGGAAGAGCCAGTCTGGATGCTCAGAAGTGCAAATGGGCACAGCAGTAAGAGATGATTTCTCCTGTGCAATCCAAGTGCTGCCTGGACAGTTAACACCTGGGAGCAAAAATGACATTCTCACATGCTGCTGAGGGAAAGGAGGTTGGTGAATTGCCACAGCCACTTCAGGGAACATTTGACAGCATTAGTGAAATGGAAAATGCTTAGGTTCTGTGGCCCAGCAAGCCTGTCTCTGTGCACATGCCTAGAGAATTGTTGCATGTGTGCCCTAAAATCTAGAATGATTATTACCCCAGCCTTTATAAGGGTGAGAGAAAAGACTGGAAATAACCTAAATGTCTGCCTGCATGAGGATGAGTACATCAGATATGCCATATCTGTGTGATGGATCTTTAAAAGGGATTAATAAAATCTGAAAGAATTAACCTATAAAATTTAAAAGATATATAATGATTAACATTTATGTTAGGTTGGCGTGAACGTAATTGTGGTTTTGGACCATCAATTTTAAATCATTATAACTAAGCTCGAACATATCTTCATTAATCAAAATAGGAACCTTTTCAATCAACACATTTTTGCCAACAAGAAATAAGTTTACTTATTCCTGTAGTATAAAAATCTGTGCTCCAGATCAATCCTAAAGGGTTCTACTCTACAGCATTGTGTCTAGGATTATGGTCTGTACTGTGCACTTAAAATTTGCTGTGAAGGGAGATCTTACATTGTGTTATCACCAAAAATTAATAAATAGAGATGGGTGGAGAAAGTTTTAGGAGGTAATGGATATATTTATTGTATAACCTGTGGTGATGATGTTCAGATGCATACTAATTTGCAAATCCATCAAGTTGTACGGTAAATAGGTACAGCTCTTTGTATGTAAAAACTTTAAGAAAGTGGTTTCAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAATCCGTTCTTCAGGATTTGACTCTTAGAAAGCATTTTCTGCCTCAGGCTGGTTTGTGGAATCATTTTCCCTGCAAAAAGTTGTTGAGATGCTCAAAGAAGTAGTCAGTTGGTGAGAGGTCAGGTGAATATGGCGAATGAGGTAAAATTTTGTAGCCTGATTTGTTCAACTTCTGAAGCATTGGTTGTGCAACATGTGGTCAGGCATTGTCGTGGAGAAGATTTGGGCCCTTTCTGTTGACCAAAGATGGCTGTAAACATTGCAGTTTTCAGTGCATCTCATCGATTTGCTTAGCATACTTCTCAGATCAGTGGTTTCACCAGGGTTCAGAAAGCTGTAGTGGATCACAGTGGCAGCAGACTACCAAACAGTGACTGTGACCTTTCTTGGTGCAAGTCTGGCTTTGGGAAGTGCTTTGGACCTTCTTAGCAGTCCAACCACTGAGCTAGTCGTCACCAGTGGTCTTATAAAATCTACTTTTCATTGCATGTCACGATGTGATCAAGAAATGGTTTGTTGTTGTGGCGTAGAATAAGAGAAGATGATACTTCATAATGACGATTTATTTGATTTGTGGTCGGCTCATGAGGCACCCACTTACCGAGGTTTTTCACCTTTCCAATTGGCTTCAAATGCCAAATGACTGACCATAGCACGATCGACGTTGAGTTCTTTGGTGACTTCTAGTGGTTGTAAGAGGATCAGCTTTGATGATGTTGTTACCTTCCGATGGCTGGCCACTATGCTCCTCCTCTTCAAAGCTCTTGTCTCCTTTGCAGAACTTGAACCACTTGAACC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Seq C2 exon
TGATGCTAATTGGTGGAAAGGAGAAAATCACAGAGGAATTGGACTCTTCCCATCTAATTTTGTAACATGTAATTTAAACATAGAATCAGAGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001887:ENSBTAT00000002456:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.365 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0280915=UIM=PD(44.4=12.7),PF0001823=SH3_1=PU(58.7=42.9)
A:
NA
C2:
PF0001823=SH3_1=PD(39.1=54.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]