HsaINT0160267 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115145 | STAM2
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:11358]
Coordinates
chr2:152992023-153000527:-
Coord C1 exon
chr2:153000341-153000527
Coord A exon
chr2:152992118-153000340
Coord C2 exon
chr2:152992023-152992117
Length
8223 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
TTTTTGCACTGTATTTTTAGTGA
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
CTATTGAATTATCGCTGCAAGAACAGAAACAGCAACACACAGAAACAAAATCCTTATATCCATCTTCAGAAATTCAGTTAAATAATAAGGTTGCACGGAAAGTGAGAGCTTTATATGATTTTGAAGCTGTTGAGGACAATGAACTCACCTTTAAACATGGTGAAATAATTATTGTTTTGGATGACAG
Seq A exon
GTAAGTTTTAAATCTTTATGGGAAGGTTTAAAGTGTAATGCCCTTAATTTAGAATCCAGAGTATTCAGTTCTTTGACTTTTAGTGTATTTAAATCATAATAGAACCATTTCATACCTTGTTTTTTCTAAAATAAAAGTTAGGCATGTAATGTGAGCCTCTTCTCGTTATATTTGATAATTTATGTTTGTTATATTTGATAATTTATATCTTGGATGAAAGATGTATTAAATAATATTGTTGATGACCACAATTGGGAAACATGTAAATACTCAGTTACTTGAATATGTTTACGTTGGCAGTTGTGTGTACTGAAATTATTGGCAGAAAAACTTTAGGAAGAAATACAGCAATATACCCTTGATCAGAGCACCAAAAGCTATACTTGGCTCCTCCCCAATTCTTAATCTACTACTGTATTCTCCTCAGAATTTCTCTGCCATTTAAAGCTGTCATAAAAAATAGATCAATCTCTGTAGAGCTTAATACTGTTCTGTACTTTTAAAAGAAATTCATGAAATTTAGCAAGAGTGAGAAGTAAGCTTGTTGCTGTGAACACAGATTGCAGATGTATTTGGTATCCATTATAAATAACTTAGTTATTTATAACACACTAGTCTAATATATTTCTAGTATTTTTTAAATAAAGGGTAGATAAATAATGGTTTTACTTTACTGTGGTAAATATTTCTTGAGAAAATGTTATGTAATCAACTATTTAATAACAAATGAGGACACAGTTCTGTCTTCATAAAACCTAGAATAAAATAAGGGAGTTAAAATTACCATATAGACAATTGTATGGAAGGCAGAATGTGGTGAATACCATAAAAGAGGTGCTGTTGGAGCCCAGATAGCAGATTTACACTTGGTGCAAGCATCTGGCAAAGAAGGCTTATCCTGCGGCTCCATTTCAGGTGTGTATCTTGATTGGTTTTGATAAGATAAAAAATTTTGCAAGAAGTTGAGGATGGGAAAAGGAAGGTCTCTTAGGCAATCAAGATAGTACCATCTTCACTTAGAAAATCTTTTTTCCATAAAGAAAAATTTTTTAAATAATCATTTGGAGTGGAACACCATGATCCCTGAAGGAGAATAGATAGAAATACAGATGTTTCTCAACTTATATTAGCCTACAGTTGGGCAAAATCATCTAACACAAAACCTATTTATTATAATAAAGTATTGAATATCTCATGTAACTTATTGAATACTGTACTGAAAGTAAAAACCAGAATGGTTTATGGGTATCTGAGTGTGTATCACTTTTGCACCATCGTAAGTCATGCCATCATGAGTTTGACACTGTCTGTAAAGATGGAGAGATAGTGTGGGCTCTGAACACTGACAGTCTGAAATGTCAGGCTTATGAGTGTCTTTTAGTTAGAGTACTTACAAAAGAACTTAGGTTTACCGTTTTGATACTCTTATACAACTATGAAGTTAAAGATATTTATAAAATAAAAACAAAATGAGTGGTTTTGTCTAAGATTTTAATTTAGAGCATTACTTTATATAACAAAATTTTCTAAAATAAATTACTGCTCACAAAACAATTTTCAGTTAAGATTTATCACCTCAAAAAAGAACTTTTTTATTTGTAACTGCTAAGAGAATTCAACATGAATGTGATGGAATTTGTAGGTCAATTGCTGTCATTTTGACGATAGGACACCCTACTTTTATAGTTGCTGTAAGCATGCTTATGGGTAAAATATTGTCATTTTAGGTGATTGGTAATCGCTGGTAGACAAATGCAAACTTGCATGCTAAAGTTAAATGACAGTCTTCGGTTAAAAGGAAGTCATCCAGAAAATGACTCTATTCATTGTTTTTATACTTTTGTGGAATTTGAAGCATAAAATTTTCACACACAGAAGTCCCTTGAAGTCCCTTGAAAATATATCATTCTTGGATCTCCATTTAAGAACCATGGAGCTGGCAGGGCGTGGTGGCTAACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCACCCTGGTCAATATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGTGCATGGTGGCGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTGGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAAACATTGAGCTGATAGAAAAGGTGCACATTTCTTATTTATTTATTTGAGACAGAGTCTTGCTTTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCAGCTCACTGCAACCCCCGCCCCCTGTGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGGAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGATCTCAAACTCCTGACCTCAGGTAATCTGCCCATCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCGGCCCAAAGGCGCACATTTTTTATTAATGGAGTATATCAAGAAAAGCGTTTTACTTTCTACACTTTTAGCTTTATCTTACCACTCCATGTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCCACCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGAATTCAGGTGTGCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGGGGTAGAGACAGGGTTTAATCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCACAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCCACTCCATGTTTGTTTTCTGTGTACCATTTCAAATAATCAAGTGGAATTCTTGCAGTTCCAAAAATGCCATTTTCTGCTTAGTCCTCTGTAGCATTGCACCTTTGGTTCTGTCTGCCTGGAAAGCCCTGCTGAAGGAGGTAAAAGCATTTAGAAAAGGAAAAGAACTTTACTTTCAAGGACAGTTTGCAAGGGAGTCCAGGCTTTAGAAAAGTTGCCTCCCCATGTTAAAAAGTAAAACAGGTATTTTAAGGAAAAGACCCCCACAAGGTTACCAGGTTTTTCCAGGTTTGCTATTTATATGTTCATGGTAGAAATAGCAGTTTTCTCACGTGATAATTATATCCATAAAGGACATCACTACCTTCAGTCATTGTCATTGCAAAAGTTAGCAGGTGAGTACTTTTTGTTAAGAAATCAGTAGTTAAAAGGAAAGGCTCAAGTTTTTATGTACTTTGAGACCTAAAACTAAATATGGTAACATTTTTTGTTTTATCTCAGAGTGCAGAGTTTTTTGTTTGTTCGTGCCTTGTTTTCTTGCTTATCAATAATGGCAGGAGGGCAAAATGTCATTTTTATTTCCACAGACTTAATTTTCTTTTCCTCCTGGCAAGTGCCTACTTAACCTTCAAAACCCGTGTCAGATTTTATATCCTCTGAGAAGCCTTTCAACCTTTCTCTGCTTTTTAGCTCCCAGTGGAGTTAAGAGTTCTCTTCTTTGAGCTATAGCTCTCTGAACATATGTAACAGCATTTCTCATACTGTATTTTAAATAGAGTCATTTCTCAGTTCCTTAGAGAGTTGGTTCCAGAACCCCTGTTGATACCAAAATCCACAGATGCAAGTCTTCGATATAAAATGGCGTCATATTTGCATATAACTTACACACATCTTCCTGTATACTTTAAATTATCTCTAGATAACTTATAGTACCTGATACAATGTAAATGCTATGCAAATCATTATATTGTATTTTTAAATACAATATATTGTATTAAAAATTTTTTTTGTTGTTCTATTGTCATTTTTGTTTATCTTTCATGAATACTTTTGATTTGGGGTTTGTTGAGTCCATGGATGTAGCACTTGCCAGATACAGAGGGCAAACTGCGCTTCTTTACGTATGTCTCTCTACTAAATCAGTTGATTCTGAAGAGGCTCATGACTTCCTTGGGTGGGAGGAAGGAGAAAGGAGAAAAATTCTGAAGGTAAAGCAAGATAACATATTTTTAGTCAGTTCTGTAGGAGAGATTGTAAAACACTGCTAGATTTTTTTTTCTTGTTTTTATAGATAGGGTATGACTGGGTTACCGAGGCTGGAGTGCAGTGGTTATTCACAGGCGTGAGCATAGCACGCTACAGCCTGGACTCCTGGCCTCAAGCAGGCCTCCTCCCTCAGCCTCCTGGGTAGCTGGGACTACAGCTTTGTGCTAGATTTTAAACTTCTTGAGGGCACAAATGGTGTCTTAATTATCTTTGTAATTTCAGTGCTTAGCCTGAAGGTACTATTTTCTCCATGGTAGGTTTTCATAAATGTTAGCTGAATAATGTTTGTTGAAGGTGAGGTTTATGTTCTTTACACTTGTATCATTTTTTGTTTTTCACTCAGTTGTGATTTATTCTTTTTTTAATATAAAAAGCTCTAAATATAAATGCTACATTAAAATTTTCTTTAATTATTAAATGGTTTGTGTAAAATTAGAGTGCCAATTTCTTTAATTTGAGAATTTAAGCTTGAACAATGTTTTTTTGCTATCAACATTCCATAGAATCAACTTGTAGTCAGTGGAGAGAATATAGAGCTGGATTAGGGCTGGGAAGGAGTTGTCAATTTGGTTGCTTTGCCTACTTTTATGCTTCATCAAAGAGTTTGTAGTAGTGGCTGGGAGGAAAATTATCCTATATTGGTAGAACCACTAAGGAAGGGTACACACATACAGTTGTTGGTAGGTTCATATAAAACGCTTGCATCCATTTCACAGGTTTGGGTTTTCTCGTTTTATACAAAAATTTCTCAAGTTCAGCTCT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Seq C2 exon
TGATGCCAATTGGTGGAAAGGAGAAAATCACAGAGGAATAGGACTTTTCCCATCCAATTTTGTAACAACTAATTTAAACATAGAGACTGAGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115145-STAM2:NM_005843:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.222 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0280915=UIM=PD(44.4=12.7),PF0001823=SH3_1=PU(58.7=42.9)
A:
NA
C2:
PF0001823=SH3_1=PD(39.1=54.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)