BtaINT0157571 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002084 | UNC5C
Description
unc-5 homolog C (C. elegans) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12569]
Coordinates
chr6:30753772-30774709:+
Coord C1 exon
chr6:30753772-30754005
Coord A exon
chr6:30754006-30774559
Coord C2 exon
chr6:30774560-30774709
Length
20554 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
TTTGGGGCATGTCATTGCAGGAA
3' ss Score
5.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GACGTGGTGGTGGTTGGCGAGGAGAACTTCACCACCCCGTGCTACATCCAGCTGGACGCAGAGGCCTGCCACCTCCTCTCTGAGAACCTCGGCACCTACGCCCTGGTCGGGCAGTCCACCACCAAAGCAGCTGCAAAGCGCCTGAAGCTGGCCATCTTCGGGCCACTCTGCTGCTCCTCACTGGAGTACAGCCTCCGAGTGTACTGCCTAGATGACACTCAGGATGCCCTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGTTTTGCAGCTCGAGCGACAGATGGGAGGACAGCTCCTAGAAGAACCTAAGGCTCTTCACTTTAAAGGCAGCACCCACAACCTGCGCCTATCCATTCACGATATTGCCCATTCCCTCTGGAAGAGCAAGTTACTGGCCAAATATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002084:ENSBTAT00000039753:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]