MmuINT0170601 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059921 | Unc5c
Description
unc-5 homolog C (C. elegans) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1095412]
Coordinates
chr3:141466684-141479899:+
Coord C1 exon
chr3:141466684-141466917
Coord A exon
chr3:141466918-141479749
Coord C2 exon
chr3:141479750-141479899
Length
12832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTGGGGATGTGTCCTTGTAGGAA
3' ss Score
7.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTTGTGGTGGTTGGGGAGGAGAACTTCACAACCCCCTGTTACATTCAGCTGGATGCAGAGGCTTGCCATATCCTCACAGAGAACCTCAGTACCTATGCCCTGGTTGGGCAGTCCACCACCAAAGCAGCTGCCAAGCGTCTTAAACTGGCCATCTTTGGGCCCCTCTGCTGCTCTTCCCTGGAGTACAGCATTAGAGTCTACTGCCTGGATGACACACAGGATGCCCTGAAG
Seq A exon
GTAAGTGTCTCCTACTCAACCAACCCTCTTCACCCTTACCTGGAAGCTAAGGTTTGGACTGACCTTACACACCTGGTGGTGGCTCTGGCATGTGTGCAAACACATGCATTGGGTCCCAGAGGAAGCAGTTACACAAATAGATATATCTCAGAGGCCATGCTGATAAATAAGCTGTTTTCTCTGTGCTAATTCCTCCCAAGGGCTACTTTTGTTTATCTTACTTGAGTTCTTTTAATGAAAAATGTAGAAGAATTTGGCAACGAAGCCCATGGATGGTAAATAATCTGCTTCCATGTTTATCTCAGCTGCGTTCTTCCTATAAAAGAAATTGGCGTAATTGCTCACACTGTATGTTCCTCTAGTGTGCTACTTCATTTATATGCTTTCCCATTCTTTTTACGAGGGCTGTGAGAGAGAGGGTTAGCATTTGACAACAGGCTGCTGCTTTGCAGAATAAATGAGCTTAATTCCTGGTGTGATTATTGCCATTCGTTTTATCCCATTTGAAGCTTCAAGGGATATAATAAGTGCCTTTGAAGAAGTTATGATCTAGAAGGAGAAATAAAGGAAGTGTGCCAGGGTTGAGGAGATAAGCCAGAACGTGATGAATGTCACAGCTGAGATGCAACCTTCTCTGAGAGTTCAGGAAGAGAACCTACACAGTATTTTAAGAAAATCTGAACAAGAGCTAATATTTGAGTCTTGTTATAATGGAAAGTAAGATTTTAAGCATCGTTGAAAGGAAAAAAATCATTAAAGATGCCTAGATATATGGAAAAGGATGAAGACACACAAAAGTGAACAGTAATTAGTGCCTTTATGCAGGTGTATTATACCAGTAAGCTGAGGATAATAGCATCTTTGCATAAGATGGACCTTAGCCATCAGAGAGAGTCTGTGGTGTCTACAATAGTTTAAACAGAAGGTAGACATCACTGGAAATACACATTAGACCCATGGCTCGGACTTCAATGGGCAGAGTCAAGTTAATAGAAGATGTGGCAGAGCTGTGATGATAACAAAGGAAAGAGAAGTAAACAAGGATACAAGGTCCTGAGCAAGCAGCATGGTGGCTCAAGTAGTATACAGAAGATCAAACTTTTGTCTCTAACAATGGCAAATCTAGGGTGGGTTGCTCTGCAAATTTGTCAATTTAGGGTACTATGATGAAGACCATGGGAGAGGAGACCTAAATGTGAGCATTTATCCCTATCCTGTTGGAGGCTAGAGGCCAAATGTAAGGTGCCATCAGGTTGGGATGCAGTAAAGACTTCTTCTTGGCTTTAGACAGCCAGTCTCTTGCTGAGTCTTCACAAGGAAGAGGTGGTAGGAAAGGTATGGAGGCTCCTTGATAATGACATCTTTCTCAGTCAGTAGAGCCTTACCCTCAGCATCTAATTATCTTCCAAAAATCCAGTCTCTTAAAGCTCTCACCCTGTGGATGAGGATTATCAGCTATTAATTTCTGATAATACAAGCATTTGTTGACAATAGTAATTTTACTTATGGACTATTGAGTCAGGGGTATAAATCTGCCATCTGAAAATATCTAAGGGACAATTTTATATCTATAAATATGTAGACCTATTGTCTGATGCAAAAGTTCTAAAGTAACATATACATTTTAAAACAATCATATATGGGGTTAATTTTTTTGAACAGACAATAGATCCCAATGTGTAGATCCAGGCATCAAGGATATCATGGTGATATTTGTTCACTGCTCTTAGAAGAAAAAATATCCAAAGAGAAGTGTAGAGTAATAAAAATAATGACTATTACTGAGTGCTTCCATTTATCAGTCAAAATTCTACATATTTTTATTAACGCATTCAATCTTTACAGTAGCTCAAGAAAGTATGATTATTCTTTTACTAGACGTGGACTCCAACGATCAGGAAAGTTTAAGGGTGCTAGGTCACATAGCAATGGTATAGAGAAAGCAAGCCTTGCCTCAGGTGTGGGGAGTTAACTATAGTTGGTCAATGGAACTAACTTGAATGAAAAGCCAGATGGGGATTAAGGAGATGTTGCCATGATGTGGGAGCAGGAAGGCCAGTCAGCCAAAGAAAATTAGAGTACCAGGGGAGGAAAATCAGAGTGAAAAGAGCCAAGAAAGTCAAGGGAAGAACATTTTGACTGTTAGGGTATTTCTTTATGCAGTTTCTGACCAGAGAATAATTTTGGACTGTGAAAAAATGGAGGGTACAGTTCAGGGATCCTGGGAAGTCACCTCAAAGAGCATGGCAAGGGAGATATGAACAGCCATAGGTAACTGTGCAGTTCTCATGGTGGAAATGGCCACCAACCTTTCCAGGGAGAGGAAAAGAACCTTGCTGGTCACTGTATATATTCTTAATGACTGAGATTGTTGGGTTTTCTGATGTGGAAGTGAGTGATCTGAATGTGGCCCTGTGTAAGGCTTGCAGTTGTTTTCTATATCCTCCTTGCAGATATAACTTTTAAGGCACTGTCAGAATACAAATCATGCTAGATGTAAATTCTTCCTGGAAAATAAAACTATAGTTGTTACAGAGCCATGGGGTCTGATTAAAGTGAATCCTCTGAACAATTCCATGAAAAATCACTGTAAGAAGCACACAGCCAAAGACATTGAGTGGCATCTAAAATGTTTCATACACGTAACTTATCTTCTGTTATAGCAATATACTCAAGATCTCCTAACCTGCCTTCCCAATAGACACAAAAATTATGCAAAATGTTGTACTTTTTCCAAAAAAGCACATTTGAGTATGTTAATTATAGAATGGGGATAGAAATGGTCAATTCAAAAAACAAACAAATAAAAAAAAAAAAGACCAGTGAATTGCTTTCATCTGTGAAAGCAGCCCAAGAGCAGTTTGTATCATGGTCAATGCTTTCCAGATAGACATTTATAAACCTTCAGCATCCAGGGACCCAGCACTTAGCTGGAAAGAAATGTGAATTATGGATGAGGCATTCTTACACCTCTTAGCCTTTTAATGATGCAGGAATACCAAAATCCTGGTAATAAGTGAACGATCTACTCAACACTCTGAAGAGACAGTTTAGCCATGTCTGTACTACCTTACCCATACTTGAATGGGAACCTGGAGGCTCATTAGCTCAAAAGAGCTCTCCAGTGCTAAAAGCATACCTTCTTGACATAACTCCTGCTGGTTCTCACTGCCACGCTGGCATCTCCATGCTCATCTTGTCGTCCTTACATCTCCAAGCTCTGACCACCACCCTTCCCAGTCCTTCCTTCTCCTTTCTTTGTCATTTCCTTTCACAGTAATTCTTATTTAGTAATTCTTTATCACCGCACAAACACAGAATCTACTTGGGATTCAGGGTCCTTCTACAAAAGCTCTAGTCTACATTGACTGGAACTGGGAGTCTTACCACAATGATTTCTGCATATTGTATAGTCACTTAAAGACTAGCATCTTAAACATGTTTATATATCCATGTGTGAGTCCATTAAGGACAAACATCTTGCATCCTTAAGTTATCCATTCCCCCATTTCTTCACTTAACTCAGCCATTACTGGACCTTCCGGGCAGCTCTTCTTTTCTTCCAGTACCCACAGGGAAGCCCCATTCTCTTAATTCACCACAAGGCTGAGAAATAAATCTCTACTCATTCTCACATTCCATATCTGCTCTGGGACATTGCTCCACTTGTGAGTTGGATTTTTCTCATGCTGTTCATAGATACCCATTGTATTTTCTTAAGTACAAACCACTGCTTGTACCAGCCCCAGCAGGGCCTATTTTGTGGTCTTTCCACTTATATTACTCCAAGTTTCCTTCAAATTCCATGTTACCCCCAGATTTGCCATTCTAGGTATGTGTTATTTAGTCTTCTTCCCACTCATGTCATTCATCTAGCCATGTAGATGTGTTCATATTCTAGTCTCAGCAGTAACTTCTTTGTCAGGATTTCCAATCTGAACATGTGTCCTAGTATTAGACTAAAATCTCATGAGCATGCATCTTGGTTGCAAGGAAGCTGCCACTTGCTTTTAGAAGCAGCTTCCTCAACCTTCTCTAGTCTCCTTATCCAAACATCCTCTTTTCTCTTTATTGATCTTTGGAGAGAACTCATCTCAAACACATTCTCCCATTGAGCTATAGCAAACTACGATGATTCCCATCACCAATGATGCACACAAATTAACAAATTCTCTACTTTTTGTTCAGGCTCATTTCCAATTAGGCTCATTACAATCCCAGGATGACTAATCTAAGCAGTGCCTCTCCTGCTCCCCTTGTTCTTTTATTGATCTCTTCCCAATGCATTATATTTTAACAGCAGTTGTTTGGTTTGAAACTTCTTATTTATCTTCCATGTCCTGATCATATCACAGTCATCTACACTCTATAAGCTTGGTCCTCTATGCCGCCTTGTCTTTGATGTAGTCTCTTCTCTCTAAATCTGGGCAATGGGAGAAAGGCGACCTTCTTCCTGCTTTATGCTTAAAGCTAACTCCTTACCACTAACACTGGTAGCCCAGCATTGTGTCTCCAAGAACTTGACCTTCTCATAAAGTTGCAGCTGAATATAGAGAGTCTTTCTGGATTCAAGAAAAACAGAAACATGAGACTATGGTGGGGGTCCAGAGGAGTGCTCATTTTCAATGAATACAACTACTTAGTCCTTGCAAGTTATTAGAAAAGATGGTTGCCTGAATGTACCAAGACTATTAATTTTTACTTTTTAAAATCAATTCTGGGTATATTAAAATATTTTTAATCTAGTTATATTATTATGGGTATGGCTAGACAAAGAAAAGGAGGCTCCCTATCAGTTGGACTCAAGAAGCCCTGAAATGTCCTTTCATCTTTCTGCCTACCTCTTTGAGTTTGGCAGCTTTTGTAACAGTTTTCCTGAGTTTTGTTAAGCCCTGAAGCAAAAATGGTCACCTGAAACTTAAAAGCTTCAGTTAGCAATTTGGAAGCACTGATGTAGAATCAGAATGCCAGCAGTGACTGCTGGGGTAAAAGTCAAGGCC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Seq C2 exon
GAAGTTCTACAACTGGAGAGGCAAATGGGAGGACAGCTCCTAGAAGAACCCAAGGCTCTTCATTTTAAAGGCAGCATCCACAACCTGCGCCTGTCTATTCATGACATCGCCCATTCCCTCTGGAAGAGCAAATTGCTGGCTAAGTATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059921-Unc5c:NM_009472:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: