RnoINT0160616 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000029071 | Unc5c
Description
unc-5 netrin receptor C [Source:RGD Symbol;Acc:735109]
Coordinates
chr2:247366215-247379786:+
Coord C1 exon
chr2:247366215-247366448
Coord A exon
chr2:247366449-247379636
Coord C2 exon
chr2:247379637-247379786
Length
13188 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTTGGAATGTGTCATTGTAGGAA
3' ss Score
6
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGTTCTACAACTGGAAAGGCAAATGGGAGGACAGCTCCTAGAAGAACCCAAGGCTCTTCATTTTAAAGGCAGCATCCACAACCTGCGCCTCTCAATTCATGACATCACCCATTCCCTCTGGAAGAGCAAATTGCTGGCTAAGTATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000029071:ENSRNOT00000050330:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]